Existen varias utilidades de EMBOSS para el descubrimiento de patrones (o motivos), tanto en el ADN (fuzznuc) como en las proteínas (fuzzpro, antigenic).
Una manera visualizar estos patrones es mediante el llamado ‘juego del caos’. El programa de EMBOSS que permite obtener una representación caótica de una secuencia de ADN es chaos. Puede usar la secuencia de la región de la beta-globina humana para obtener su representación caótica, y compararla con la imagen que se obtiene tras aleatorizar la secuencia mediante suffleseq.