Ejercicios

Ejercicio 1

  1. Busque ‘hiv2ben’ en el NCBI
  2. Verá que aparecen 2 registros en el apartado ‘Nucleotide sequences’
  3. Pinche sobre ‘2’ y luego sobre ‘Human immunodeficiency virus type 2, complete proviral genome’. Se obtiene la entrada del HIV en formato GenBank.
  4. Examine los primeros apartados de la anotación: LOCUS, DEFINITION, ACCESSION… y sus distintos campos. Anote el número de registro asignado a esta secuencia: U38293
  5. Analice en detalle la tabla de FEATURES: gene, CDS, translation…
  6. Busque la linea ORIGIN y preste atención a la manera en que se lista la secuencia de nucleótidos
  7. Guarde en disco una copia de la entrada (Send –> Complete record –> File –> Format GenBank –> Create File) y elija una carpeta para guardarla. Después enviese el archivo a su buzón de correo.

Ejercicio 2

  1. Vuelva al principio de la entrada anterior y pinche en ‘FASTA’.
  2. Nótese el formato compacto para la secuencia y la única linea de anotación comenzando por el símbolo ‘>’

Ejercicio 3

  1. Pinche ahora en ‘Graphics’ y explore la secuencia con ayuda del navegador gráfico
  2. Haga zoom hasta el nivel de secuencia mediante el boton ‘ATG’ y examine los codones de inicio y de stop de cada gen
  3. Utilice el botón ‘Link to this page’ para obtener un enlace a esa página (Tiny URL) y enviarlo a su buzón de correo

Ejercicio 4

  1. Usando el numero de registro U38293, busque ahora esta secuencia en la base de datos de nucleótidos del EMBL
  2. Pinche en el enlace correspondiente en el apartado ‘Nucleotide sequences’ y examine la entrada en formato EMBL. Note las diferencias con el formato GenBank
  3. Examine la entrada con el navegador integrado
  4. En el panel ‘Overview’ cambie las coordenadas para examinar distintas partes de la secuencia
  5. Pinchando con el botón derecho sobre el panel ‘Overview’, guarde una imagen de una región de la secuencia y enviela a su buzon de correo