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Ejercicio 1
- Busque ‘hiv2ben’ en el NCBI
- Verá que aparecen 2 registros en el apartado ‘Nucleotide sequences’
- Pinche sobre ‘2’ y luego sobre ‘Human immunodeficiency virus type 2, complete proviral genome’. Se obtiene la entrada del HIV en formato GenBank.
- Examine los primeros apartados de la anotación: LOCUS, DEFINITION, ACCESSION… y sus distintos campos. Anote el número de registro asignado a esta secuencia: U38293
- Analice en detalle la tabla de FEATURES: gene, CDS, translation…
- Busque la linea ORIGIN y preste atención a la manera en que se lista la secuencia de nucleótidos
- Guarde en disco una copia de la entrada (Send –> Complete record –> File –> Format GenBank –> Create File) y elija una carpeta para guardarla. Después enviese el archivo a su buzón de correo.
Ejercicio 2
- Vuelva al principio de la entrada anterior y pinche en ‘FASTA’.
- Nótese el formato compacto para la secuencia y la única linea de anotación comenzando por el símbolo ‘>’
Ejercicio 3
- Pinche ahora en ‘Graphics’ y explore la secuencia con ayuda del navegador gráfico
- Haga zoom hasta el nivel de secuencia mediante el boton ‘ATG’ y examine los codones de inicio y de stop de cada gen
- Utilice el botón ‘Link to this page’ para obtener un enlace a esa página (Tiny URL) y enviarlo a su buzón de correo
Ejercicio 4
- Usando el numero de registro U38293, busque ahora esta secuencia en la base de datos de nucleótidos del EMBL
- Pinche en el enlace correspondiente en el apartado ‘Nucleotide sequences’ y examine la entrada en formato EMBL. Note las diferencias con el formato GenBank
- Examine la entrada con el navegador integrado
- En el panel ‘Overview’ cambie las coordenadas para examinar distintas partes de la secuencia
- Pinchando con el botón derecho sobre el panel ‘Overview’, guarde una imagen de una región de la secuencia y enviela a su buzon de correo