Los ejercicios se realizarán en un directorio o carpeta que cada alumno creará a tal fin en el escritorio.
Ejercicio 1
Aplicar el programa <ori_1.pl> sobre la secuencia de Borrelia burgdorferi <Bbur.fasta>. Obtener el fichero de coordenadas y representarla en un fichero EXCEL. Discutir el resultado.
Ejercicio 2
Analizar una modificación del programa anterior <ori_2.pl> para obtener esta vez las coordenadas de un cursor que se desplaza desde el origen de coordenadas (x = 0, y = 0) por el eje X avanzado un paso hacia la derecha por cada base y ascendiendo un paso si la base encontrada es una C o descendiendo un paso si la base encontrada es una G. Aplicar el programa <ori_2.pl> sobre la secuencia <Bbur.fasta>, representar las coordenadas en una hoja EXCEL y discutir el resultado.
Ejercicio 3
Aplicar el programa anterior <ori_2.pl> sobre el genoma de Escherichia coli <Ecoli.fasta> y guardar el resultado en una nueva hoja del libro de ejercicios con el nombre Ecoli_1. Discutir el resultado y localizar las posiciones de oriC y ter.
Ejercicio 4
Elegir el nombre de una bacteria cuyo nombre empiece por la misma letra que el primer apellido propio. Descargar el genoma del NCBI (formato FASTA) y aplicar el programa <ori_2.pl> para ver si es posible identificar las posiciones de oriC y ter.
Ejercicio 5
Analizar las modificaciones realizadas sobre el programa <ori_1.pl> que han dado lugar al programa <bases.pl>. Aplicar este programa sobre la bacteria elegida para calcular el número total de bases y el porcentaje de cada base en el genoma. Comparar los resultados obtenidos con los que aparecen en la página ‘Microbial genomes’.