Hemos visto cómo buscar secuencias mediante palabras clave. Pero en Bioinformática es más frecuente tener como dato de partida una secuencia parcial sin anotar, es decir una secuencia anónima. En este caso se hace necesario hacer un ‘rastreo’ de toda la base de datos de secuencias conocidas. Para ello es necesario alinear nuestra secuencia problema con todas y cada una de las secuencias que hay en la base de datos. Esto se consigue mediante los algoritmos de alineamiento local: FASTA y BLAST.