Si aún no tiene cuenta, regístrese en Galaxy e inicie una nueva ‘Historia’. Personalice el nombre de esta historia, de forma que le sea fácil recordarla, pinchando sobre “Unnamed history” y tecleando el nuevo nombre.
Una vez hecho esto, siga los siguientes pasos.
Extracción de datos del servidor de la UCSC (table browser)
Obtención de los exones
“Get Data -> UCSC Main“:
El panel central de Galaxy’s cambiará a este:
Asegúrese de elegir exactamente las opciones que se muestran en la imagen de arriba (en particular, position –> “chr22″, output format –> “BED – browser extensible data”, y “Galaxy” –> Send output to ). Cuando pinche en get outputobtendrá la siguiente pantalla:
Asegúrese de que en el bloque Create one BED record per elija “Coding Exons” y pinche en Send Query to Galaxy. Después de eso, le aparecerá un nuevo elemento en su Historia (panel derecho). Aparecerá primero en gris (en espera), luego en amarillo (en ejecución) y finalmente en verde:
Obtención de los SNPs
“Get Data -> UCSC Main“:
pero cambie ahora group a “Variation”:
Obtendrá una pantalla parecida a esta (algunos campos pueden contener datos más actualizados que los que se muestran en la imagen):
Cuando pinche en get output obtendrá esto:
Asegúrese de seleccionar Whole Gene y pinche Send Query to Galaxy. Obtendrá un segundo item en su historia:
Pinchando en el icono de lápiz que hay a la derecha de cada item en la historia, renombre los dos items a “Exons” and “SNPs”:
Utilice el boton ‘Ojo’ (situado a la derecha de cada item) para examinar los listados de exones y de SNPs.