Utilizaremos el programa FatiGO del paquete Babelomics para explorar los procesos funcionales en los que están implicados un conjunto de genes dado. La lista de genes que enviemos al servidor la compararemos frente al resto del genoma, obteniendo así los términos GO significativamente enriquecidos en ese conjunto de genes.
El archivo ‘fatigo_example.1‘ contiene una lista de genes de Saccharomyces cerevisiae. Guarde este archivo en su escritorio o carpeta local y examínelo con cualquier editor de texto. A continuación, súbalo a Babelomics (Upload):
Presione ‘Choose file’, seleccione el archivo ‘fatigo_example.1’ de su escritorio y seleccione ‘Upload’.
Pulse OK para seleccionar ese archivo.
A continuación, lance un nuevo trabajo mediante Functional -> Single enrichment -> FatiGO:
- Elija como List2 ‘Rest the genome’
- En Select an organism, elija Saccharomyces cerevisiae
- Marque GO – biological process
- Proporcione un nombre en job name (por ejemplo, example1FatiGO)
- Para el resto de parámetros elija las opciones por defecto
- Envie el trabajo al servidor (pinche en el botón Launch job)
En la salida del programa, el número de términos funcionales significativos se resume en una tabla. Ordene los resultados por el valor P corregido para pruebas múltiples (adjusted p-value). Obtendrá una tabla para cada base de datos que haya solicitado con un gráfico mostrando los términos funcionales significativos:
En este ejemplo, los términos significativos son bastante generales y están relacionados con la regulación del ciclo celular.