Análisis de metilomas

En esta actividad, además de aprender las bases del paquete de R “methylKit” (paquete orientado al análisis de metilomas obtenidos mediante secuenciación masiva con tratamiento de bisulfito), se utilizarán y explicarán las bases de algunas herramientas muy útiles para el análisis de elementos genómicos proporcionadas por el “UCSC Genome Browser”.


 

Actividades propuestas:

Ficheros SAM de prueba

Máquina virtual

  1. Descomprimir la carpeta en la línea de comandos: “tar -xvzf ReducedMethSet.tar.gz
  2. Abrir el paquete estadístico R
  3. Fichero de guiones con código de R de ejemplo: MethylKit Examples

Durante el análisis de los datos de metilación, además del manejo del paquete methylKit: se subirán pistas y se descargarán anotaciones de la base de datos del “UCSC Genome Browser“, y en caso de ser necesario también se utilizará “liftover“.

Cuestiones a resolver:

¿Qué es un metiloma?
¿Cómo se agrupan los metilomas, por individuos o por tejidos?
¿Entre qué valores oscila la metilación en una citosina estimada mediante HTS con tratamiento con bisulfito? ¿A qué se debe?
¿Qué se conocen como DMCs?
¿Con qué elementos genéticos suelen asociarse?