La actividad propuesta pretende familiarizar al alumno con el uso de un navegador genómico ampliamente utilizado (‘UCSC Genome Browser’). Además de darle a conocer las asociaciones que presenta la metilación del ADN con otras marcas epigenéticas (Modificaciones de histonas o marcas de hipersensibilidad a la DNasa), así como con otros elementos del genoma (como genes, islas CpG o elementos repetidos entre otros).
Actividades propuestas:
1. Abrir en un navegador el Genome Browser de la UCSC: https://genome.ucsc.edu/
Ratón (Advertencia: Aseguraros de estar usando el ensamblado mm9)
2. Seleccionar Genomes → Mouse NCBI37/mm9
3. My Data → Track Hubs → Connect (DNA Methylation Hub Name)
4. Mostrar pistas de metilación ESC y BRAIN (DNA Methylation)
5. Mostrar pistas de modificaciones de histonas (LICR Histone) para las muestras Cortex y ES (Expression and Regulation)
6. Seleccionar las siguientes marcas de histonas: H3K4m1, H3K4m3, H3K9m3, H3K27ac, H3K27m3, H3K36m3
7. Analizar la región chr12:80,326,350-80,926,304
→ Ayuda: http://bioinfo2.ugr.es/bioinfougr/histone-modifications/
Humano (Advertencia: Aseguraros de estar usando el ensamblado hg19)
2. Seleccionar Genomes → Human GRCh37/hg19
3. My Data → Track Hubs → Connect (ROADMAP Epigenomics Data)
4. Mostrar pistas de metilación HUES64 y Brain Hippocampus middle (DNA Methylation)
5. Mostrar pistas de modificaciones de histonas para las muestras HUES64 y Brain Hippocampus middle (Broad Histone)
6. Seleccionar las siguientes marcas de histonas: H3K4m1, H3K4m3, H3K9m3, H3K27ac, H3K27m3, H3K36m3
7. Analizar la región chr21:33,928,265-33,994,491
→ Ayuda: http://bioinfo2.ugr.es/bioinfougr/histone-modifications/
Secuencia Anónima
Anota y analiza tu secuencia anónima con datos de metilación y/o cualquier otra marca epigenética utilizada en el desarrollo de esta práctica, que puedan resultar interesantes para los elementos genéticos que hayas encontrado en la misma.
Cuestiones a resolver (Apoyaros con búsquedas bibliográficas):
¿Cómo se asocian las distintas modificaciones de histonas con otros elementos y con la metilación?
¿Qué significa la hipersensibilidad a la DNasa y cómo se asocia con la metilación?
¿Qué ocurre con la metilación en los elementos repetidos?
¿Y cuál es la relación entre la unión de factores de transcripción y metilación?
¿Qué ocurre con la metilación en las islas CpG?
¿Cómo se distribuye la metilación a lo largo del cuerpo génico?