Exones con más SNPs (1)

Si aún no tiene cuenta, regístrese en Galaxy (asegúrese que se registra en el servidor europeo) e inicie una nueva ‘Historia’. Personalice el nombre de esta historia, de forma que le sea fácil recordarla, pinchando sobre “Unnamed history” y tecleando el nuevo nombre.

Una vez hecho esto, siga los siguientes pasos.


Extracción de datos del servidor de la UCSC (table browser)

Obtención de los exones

Get Data -> UCSC Main“:

Galaxy nos redireccionará al Table Browser del UCSC:

Asegúrese de elegir exactamente las opciones que se muestran en la imagen de arriba (en particular, position –> “chr22″, output format –> “BED – browser extensible data”, y “Galaxy” –> Send output to ). Cuando pinche en get output obtendrá la siguiente pantalla:

Asegúrese de que en el bloque Create one BED record per elija “Coding Exons” y pinche en Send Query to Galaxy. Después de eso, le aparecerá un nuevo elemento en su Historia (panel derecho). Aparecerá primero en gris (en espera), luego en amarillo (en ejecución) y finalmente en verde:

Obtención de los SNPs

Get Data -> UCSC Main“:

En este caso seleccionaremos en el menú  group a “Variation”, tal y como se muestra en la imagen:

Cuando pinche en get output obtendrá esto:

Asegúrese de seleccionar Whole Gene y pinche Send Query to Galaxy. Obtendrá un segundo item en su historia:

Pinchando en el icono de lápiz que hay a la derecha de cada item en la historia, renombre los dos items a “Exons” and “SNPs”:

Utilice el botón ‘Ojo’ (situado a la derecha de cada item) para examinar los listados de exones y de SNPs.