{"id":1040,"date":"2017-09-15T12:38:36","date_gmt":"2017-09-15T10:38:36","guid":{"rendered":"http:\/\/bioinfo2.ugr.es\/biocomputacion\/?page_id=1040"},"modified":"2025-09-22T10:32:13","modified_gmt":"2025-09-22T08:32:13","slug":"alineamientos","status":"publish","type":"page","link":"https:\/\/bioinfo2.ugr.es\/biocomputacion\/alineamientos\/","title":{"rendered":"Ejercicios Alineamientos"},"content":{"rendered":"<h3>An\u00e1lisis de una secuencia an\u00f3nima (<a href=\"http:\/\/bioinfo2.ugr.es\/biocomputacion\/wp-content\/uploads\/2017\/09\/sequence.txt\">sequence<\/a>) mediante <a href=\"https:\/\/blast.ncbi.nlm.nih.gov\/Blast.cgi\" target=\"_blank\" rel=\"noopener noreferrer\">BLAST<\/a><\/h3>\n<p><strong>Preguntas:<\/strong><\/p>\n<ul>\n<li>\u00bfDe gen se trata y a que especie pertenece?<\/li>\n<li>\u00bfEste gen tiene hom\u00f3logos en otras especies?<\/li>\n<li>\u00bfEste gen tiene variaci\u00f3n transcripcional y diferentes isoformas a nivel de prote\u00edna?<\/li>\n<\/ul>\n<h3><strong>Buscar informaci\u00f3n del gen en <a href=\"https:\/\/www.ncbi.nlm.nih.gov\/gene\" target=\"_blank\" rel=\"noopener noreferrer\">NCBI gene<\/a><\/strong><\/h3>\n<p><strong>Preguntas:<\/strong><\/p>\n<ul>\n<li>\u00bfQu\u00e9 es la funci\u00f3n de este gen?<\/li>\n<li>\u00bfCuantas isoformas tiene?<\/li>\n<\/ul>\n<p><strong>Ejercicios:<\/strong><\/p>\n<ul>\n<li>Descargar la secuencia del mRNA correspondiente<\/li>\n<li>Obtener y descargar la regi\u00f3n codificante (CDS) del mRNA<\/li>\n<li>Comprobar la anotaci\u00f3n de la CDS mediante <a href=\"https:\/\/www.ncbi.nlm.nih.gov\/orffinder\/\" target=\"_blank\" rel=\"noopener\">ORFfinder<\/a><\/li>\n<li>Obtener las secuencias hom\u00f3logas en el rat\u00f3n (Mus musculus) y gorlilla (<em>Gorilla gorilla gorilla<\/em>)<\/li>\n<li>Guardar las secuencias en formato fasta<\/li>\n<\/ul>\n<p>&nbsp;<\/p>\n<h3>Generar un alineamiento local usando el algoritmo de Smith-Waterman<\/h3>\n<p><a href=\"https:\/\/www.ebi.ac.uk\/jdispatcher\/psa\/emboss_water\" target=\"_blank\" rel=\"noopener noreferrer\">EMBOSS &#8211; Water en el EBI<\/a><\/p>\n<p><a href=\"https:\/\/www.ebi.ac.uk\/jdispatcher\/psa\/emboss_needle\">EMBOSS &#8211; Needle en el EBI<\/a><\/p>\n<p>P1: Descargamos las secuencias NP_000549.1, NP_000509.1.<\/p>\n<ul>\n<li>\u00bfQue grado de similitud hay entra estas dos prote\u00ednas?<\/li>\n<li>\u00bfSon prote\u00ednas hom\u00f3logas (<a href=\"https:\/\/www.nlm.nih.gov\/ncbi\/workshops\/2023-08_BLAST_evol\/ortho_para.html\" target=\"_blank\" rel=\"noopener\">ort\u00f3logos, par\u00e1logos<\/a>)?<\/li>\n<li>\u00bfQue observamos a nivel de RNA?<\/li>\n<\/ul>\n<p>P2: Secuencias: <a href=\"https:\/\/www.ncbi.nlm.nih.gov\/protein\/237681119?report=genbank&amp;log$=prottop&amp;blast_rank=7&amp;RID=W6UHS5YY01R\" target=\"_blank\" rel=\"noopener noreferrer\">NP_009231.2<\/a> y <a href=\"https:\/\/www.ncbi.nlm.nih.gov\/protein\/6552299?report=genbank&amp;log$=prottop&amp;blast_rank=1&amp;RID=W6UHS5YY01R\" target=\"_blank\" rel=\"noopener noreferrer\">NP_009225.1<\/a><\/p>\n<ul>\n<li>\u00bfA que corresponde el hueco en el alineamiento? <span style=\"color: #ffffff;\">(<a style=\"color: #ffffff;\" href=\"http:\/\/bioinfo2.ugr.es\/biocomputacion\/wp-content\/uploads\/2025\/09\/splicing.pdf\" target=\"_blank\" rel=\"noopener\">soluci\u00f3n<\/a>)<\/span><\/li>\n<\/ul>\n<p>Ejercicios:<\/p>\n<ul>\n<li>Descargar las secuencia de mRNA de <a href=\"https:\/\/www.ncbi.nlm.nih.gov\/protein\/237681119?report=genbank&amp;log$=prottop&amp;blast_rank=7&amp;RID=W6UHS5YY01R\" target=\"_blank\" rel=\"noopener noreferrer\">NP_009231.2<\/a> y <a href=\"https:\/\/www.ncbi.nlm.nih.gov\/protein\/6552299?report=genbank&amp;log$=prottop&amp;blast_rank=1&amp;RID=W6UHS5YY01R\" target=\"_blank\" rel=\"noopener noreferrer\">NP_009225.1<\/a><\/li>\n<li>Obtener las correspondientes secuencias a nivel de mRNA<\/li>\n<li>Alinear las secuencias usando tanto <em>water<\/em> (alineamiento local) como <em>needle<\/em> (alineamiento global)<\/li>\n<\/ul>\n<h3>B\u00fasqueda de una secuencia (<a href=\"http:\/\/bioinfo2.ugr.es\/biocomputacion\/wp-content\/uploads\/2017\/09\/sec29.txt\" target=\"_blank\" rel=\"noopener noreferrer\">sec29<\/a>) en el genoma: <a href=\"https:\/\/genome.ucsc.edu\/cgi-bin\/hgBlat?command=start\" target=\"_blank\" rel=\"noopener noreferrer\">BLAT<\/a><\/h3>\n<p><strong>Preguntas:<\/strong><\/p>\n<ul>\n<li>\u00bfA que cromosoma y coordenadas corresponde esta secuencia?<\/li>\n<li>\u00bfQu\u00e9 gen contiene la secuencia?<\/li>\n<li>\u00bfQu\u00e9 funci\u00f3n tiene este gen, y\/o a que enfermedad(es) est\u00e1 asociado?<\/li>\n<\/ul>\n","protected":false},"excerpt":{"rendered":"<p>An\u00e1lisis de una secuencia an\u00f3nima (sequence) mediante BLAST Preguntas: \u00bfDe gen se trata y a que especie pertenece? \u00bfEste gen tiene hom\u00f3logos en otras especies? \u00bfEste gen tiene variaci\u00f3n transcripcional y diferentes isoformas a nivel de prote\u00edna? Buscar informaci\u00f3n del <a href=\"https:\/\/bioinfo2.ugr.es\/biocomputacion\/alineamientos\/\" class=\"read-more\">Read More &#8230;<\/a><\/p>\n","protected":false},"author":1,"featured_media":0,"parent":0,"menu_order":0,"comment_status":"closed","ping_status":"closed","template":"","meta":[],"_links":{"self":[{"href":"https:\/\/bioinfo2.ugr.es\/biocomputacion\/wp-json\/wp\/v2\/pages\/1040"}],"collection":[{"href":"https:\/\/bioinfo2.ugr.es\/biocomputacion\/wp-json\/wp\/v2\/pages"}],"about":[{"href":"https:\/\/bioinfo2.ugr.es\/biocomputacion\/wp-json\/wp\/v2\/types\/page"}],"author":[{"embeddable":true,"href":"https:\/\/bioinfo2.ugr.es\/biocomputacion\/wp-json\/wp\/v2\/users\/1"}],"replies":[{"embeddable":true,"href":"https:\/\/bioinfo2.ugr.es\/biocomputacion\/wp-json\/wp\/v2\/comments?post=1040"}],"version-history":[{"count":21,"href":"https:\/\/bioinfo2.ugr.es\/biocomputacion\/wp-json\/wp\/v2\/pages\/1040\/revisions"}],"predecessor-version":[{"id":2561,"href":"https:\/\/bioinfo2.ugr.es\/biocomputacion\/wp-json\/wp\/v2\/pages\/1040\/revisions\/2561"}],"wp:attachment":[{"href":"https:\/\/bioinfo2.ugr.es\/biocomputacion\/wp-json\/wp\/v2\/media?parent=1040"}],"curies":[{"name":"wp","href":"https:\/\/api.w.org\/{rel}","templated":true}]}}