<\/h4>\nDeterminar la longitud y el contenido global en G+C (%GC) de una secuencia mediante el programa infoseq<\/i><\/a>.<\/strong><\/h4>\n<\/div>\npara lanzar infoseq en linea de comando:<\/p>\n
infoseq -help<\/pre>\nSecuencia de ejemplo:\u00a0sec29<\/a><\/p>\n<\/div>\n<\/h4>\nAnalizar la variaci\u00f3n espacial del %GC a lo largo de una secuencia (freak<\/i><\/b><\/a>).<\/h4>\nfreak -help<\/span><\/pre>\nSecuencia de ejemplo:\u00a0secuencia_MHC<\/a><\/p>\nEjercicio: <\/strong><\/p>\nComparar la fluctuaci\u00f3n del %G+C de la secuencia_MHC con la de NC_006461.1<\/p>\n
Preguntas:\u00a0<\/strong><\/p>\n\n- \u00bfQue observamos en la distribuci\u00f3n del G+C en la secuencia MHC y que explicaci\u00f3n puede tener?<\/li>\n
- \u00bfQue diferencias observamos si comparamos la distribuci\u00f3n espacial del G+C entre las dos secuencias?<\/li>\n<\/ul>\n
La composici\u00f3n de una secuencia de ADN se puede estudiar determinando las frecuencias de mononucle\u00f3tidos, dinucle\u00f3tidos, etc<\/h4>\n\nPara ello se usa una ventana movil que se va desplazando posici\u00f3n a posici\u00f3n a lo largo de la secuencia (compseq<\/i><\/b><\/a>). Por ejemplo, para determinar la frecuencia de dinucle\u00f3tidos se usa una ventana de tama\u00f1o 2 y salto de 1:<\/p>\nATTCCGTGAACTG\u2026<\/p>\n
AT, TT, TC, CG, GT\u2026<\/p>\n
Secuencias de ejemplo<\/strong>:\u00a0sec29<\/a>,\u00a0Mycoplasma capricolum<\/a>\u00a0,\u00a0secuencia_N<\/a><\/p>\nEjercicios:<\/strong><\/p>\n\n- Comparar la composici\u00f3n de la\u00a0\u00a0sec29<\/a>\u00a0con una secuencia obtenida de C. elegans (\u00bfComo?)<\/a><\/em><\/li>\n
- Determinar el uso de nucle\u00f3tidos de las 3 secuencias<\/li>\n
- Aleatorizar (suffleseq<\/a>) la sec29<\/a>\u00a0y determinar el uso de dinucle\u00f3tidos<\/li>\n<\/ul>\n
Preguntas:<\/strong><\/p>\n<\/div>\n\n- \u00bfCu\u00e1l es el m\u00e9todo m\u00e1s indicado para estimar la frecuencia esperada de los dinucle\u00f3tidos?<\/li>\n
- \u00bfExisten algunos dinucle\u00f3tidos con frecuencias observadas muy distintas a las esperadas?<\/li>\n
- \u00bfA qu\u00e9 mecanismos bioqu\u00edmicos y evolutivos se deben este fen\u00f3meno?<\/li>\n
- \u00bfQue observamos para la secuencia de un procariota?<\/li>\n
- \u00bfQue diferencias hay en el uso de dinucle\u00f3tidos entre las sec29 y su secuencia randomizada? \u00bfPorque?<\/li>\n<\/ul>\n
<\/p>\n
\nUso de codones<\/h2>\n
Es importante subrayar que los codones no se cuentan c\u00f3mo los trinucle\u00f3tidos. Estos \u00faltimos se cuentan mediante compseq <\/b><\/i>con una ventana solapante. Los codones son tambi\u00e9n trinucl\u00e9otidos, pero NO solapantes. Otra cuesti\u00f3n a tener en cuenta es que los codones hay que contarlos en la fase correcta. El recuento de codones hay que hacerlo pues con el programa cusp<\/b><\/i>. El uso de codones (o dialecto gen\u00e9tico) es especie-espec\u00edfico en organismos unicelulares y regi\u00f3n-espec\u00edfico en multicelulares.<\/p>\n\n- Tabla del c\u00f3digo gen\u00e9tico standard<\/a><\/li>\n
- CDS de la alfa-globina humana<\/a><\/li>\n
- cusp \u2013 EMBOSS<\/a><\/li>\n
- Codon Usage Database<\/a><\/li>\n
- Ejercicio: Usando cusp<\/i><\/b>, determine y compare las tablas de uso de codones de dos genes (CDSs) del HIV<\/a>.<\/li>\n<\/ul>\n<\/div>\n
Ejercicios<\/h4>\n\n- Analizar el uso de codones de la\u00a0sec29<\/a><\/li>\n
- Analizar el uso de codones de la bacteria Thermus thermophilus<\/a>\n
\n- Obtener todas las secuencias de las CDS<\/li>\n
- Obtener el uso de codones mediante el programa CUSP<\/a><\/li>\n<\/ol>\n<\/li>\n<\/ul>\n<\/div>\n","protected":false},"excerpt":{"rendered":"
An\u00e1lisis composicional La composici\u00f3n de la secuencia permite en muchos casos obtener una primera idea acerca de la especie de que proviene, sobre los elementos funcionales que podr\u00eda contener y sobre los procesos evolutivos. Para ello, de especial inter\u00e9s ser\u00e1n Read More …<\/a><\/p>\n","protected":false},"author":1,"featured_media":0,"parent":0,"menu_order":0,"comment_status":"closed","ping_status":"closed","template":"","meta":[],"_links":{"self":[{"href":"https:\/\/bioinfo2.ugr.es\/biocomputacion\/wp-json\/wp\/v2\/pages\/1056"}],"collection":[{"href":"https:\/\/bioinfo2.ugr.es\/biocomputacion\/wp-json\/wp\/v2\/pages"}],"about":[{"href":"https:\/\/bioinfo2.ugr.es\/biocomputacion\/wp-json\/wp\/v2\/types\/page"}],"author":[{"embeddable":true,"href":"https:\/\/bioinfo2.ugr.es\/biocomputacion\/wp-json\/wp\/v2\/users\/1"}],"replies":[{"embeddable":true,"href":"https:\/\/bioinfo2.ugr.es\/biocomputacion\/wp-json\/wp\/v2\/comments?post=1056"}],"version-history":[{"count":7,"href":"https:\/\/bioinfo2.ugr.es\/biocomputacion\/wp-json\/wp\/v2\/pages\/1056\/revisions"}],"predecessor-version":[{"id":2564,"href":"https:\/\/bioinfo2.ugr.es\/biocomputacion\/wp-json\/wp\/v2\/pages\/1056\/revisions\/2564"}],"wp:attachment":[{"href":"https:\/\/bioinfo2.ugr.es\/biocomputacion\/wp-json\/wp\/v2\/media?parent=1056"}],"curies":[{"name":"wp","href":"https:\/\/api.w.org\/{rel}","templated":true}]}}
para lanzar infoseq en linea de comando:<\/p>\n
infoseq -help<\/pre>\nSecuencia de ejemplo:\u00a0sec29<\/a><\/p>\n<\/div>\n
<\/h4>\n
Analizar la variaci\u00f3n espacial del %GC a lo largo de una secuencia (freak<\/i><\/b><\/a>).<\/h4>\n
freak -help<\/span><\/pre>\nSecuencia de ejemplo:\u00a0secuencia_MHC<\/a><\/p>\n
Ejercicio: <\/strong><\/p>\n
Comparar la fluctuaci\u00f3n del %G+C de la secuencia_MHC con la de NC_006461.1<\/p>\n
Preguntas:\u00a0<\/strong><\/p>\n
\n
- \u00bfQue observamos en la distribuci\u00f3n del G+C en la secuencia MHC y que explicaci\u00f3n puede tener?<\/li>\n
- \u00bfQue diferencias observamos si comparamos la distribuci\u00f3n espacial del G+C entre las dos secuencias?<\/li>\n<\/ul>\n
La composici\u00f3n de una secuencia de ADN se puede estudiar determinando las frecuencias de mononucle\u00f3tidos, dinucle\u00f3tidos, etc<\/h4>\n
\nPara ello se usa una ventana movil que se va desplazando posici\u00f3n a posici\u00f3n a lo largo de la secuencia (compseq<\/i><\/b><\/a>). Por ejemplo, para determinar la frecuencia de dinucle\u00f3tidos se usa una ventana de tama\u00f1o 2 y salto de 1:<\/p>\n
ATTCCGTGAACTG\u2026<\/p>\n
AT, TT, TC, CG, GT\u2026<\/p>\n
Secuencias de ejemplo<\/strong>:\u00a0sec29<\/a>,\u00a0Mycoplasma capricolum<\/a>\u00a0,\u00a0secuencia_N<\/a><\/p>\n
Ejercicios:<\/strong><\/p>\n
\n
- Comparar la composici\u00f3n de la\u00a0\u00a0sec29<\/a>\u00a0con una secuencia obtenida de C. elegans (\u00bfComo?)<\/a><\/em><\/li>\n
- Determinar el uso de nucle\u00f3tidos de las 3 secuencias<\/li>\n
- Aleatorizar (suffleseq<\/a>) la sec29<\/a>\u00a0y determinar el uso de dinucle\u00f3tidos<\/li>\n<\/ul>\n
Preguntas:<\/strong><\/p>\n<\/div>\n
\n
- \u00bfCu\u00e1l es el m\u00e9todo m\u00e1s indicado para estimar la frecuencia esperada de los dinucle\u00f3tidos?<\/li>\n
- \u00bfExisten algunos dinucle\u00f3tidos con frecuencias observadas muy distintas a las esperadas?<\/li>\n
- \u00bfA qu\u00e9 mecanismos bioqu\u00edmicos y evolutivos se deben este fen\u00f3meno?<\/li>\n
- \u00bfQue observamos para la secuencia de un procariota?<\/li>\n
- \u00bfQue diferencias hay en el uso de dinucle\u00f3tidos entre las sec29 y su secuencia randomizada? \u00bfPorque?<\/li>\n<\/ul>\n
<\/p>\n
\nUso de codones<\/h2>\n
Es importante subrayar que los codones no se cuentan c\u00f3mo los trinucle\u00f3tidos. Estos \u00faltimos se cuentan mediante compseq <\/b><\/i>con una ventana solapante. Los codones son tambi\u00e9n trinucl\u00e9otidos, pero NO solapantes. Otra cuesti\u00f3n a tener en cuenta es que los codones hay que contarlos en la fase correcta. El recuento de codones hay que hacerlo pues con el programa cusp<\/b><\/i>. El uso de codones (o dialecto gen\u00e9tico) es especie-espec\u00edfico en organismos unicelulares y regi\u00f3n-espec\u00edfico en multicelulares.<\/p>\n
\n
- Tabla del c\u00f3digo gen\u00e9tico standard<\/a><\/li>\n
- CDS de la alfa-globina humana<\/a><\/li>\n
- cusp \u2013 EMBOSS<\/a><\/li>\n
- Codon Usage Database<\/a><\/li>\n
- Ejercicio: Usando cusp<\/i><\/b>, determine y compare las tablas de uso de codones de dos genes (CDSs) del HIV<\/a>.<\/li>\n<\/ul>\n<\/div>\n
Ejercicios<\/h4>\n
\n
- Analizar el uso de codones de la\u00a0sec29<\/a><\/li>\n
- Analizar el uso de codones de la bacteria Thermus thermophilus<\/a>\n
\n
- Obtener todas las secuencias de las CDS<\/li>\n
- Obtener el uso de codones mediante el programa CUSP<\/a><\/li>\n<\/ol>\n<\/li>\n<\/ul>\n
<\/div>\n","protected":false},"excerpt":{"rendered":"An\u00e1lisis composicional La composici\u00f3n de la secuencia permite en muchos casos obtener una primera idea acerca de la especie de que proviene, sobre los elementos funcionales que podr\u00eda contener y sobre los procesos evolutivos. Para ello, de especial inter\u00e9s ser\u00e1n Read More …<\/a><\/p>\n","protected":false},"author":1,"featured_media":0,"parent":0,"menu_order":0,"comment_status":"closed","ping_status":"closed","template":"","meta":[],"_links":{"self":[{"href":"https:\/\/bioinfo2.ugr.es\/biocomputacion\/wp-json\/wp\/v2\/pages\/1056"}],"collection":[{"href":"https:\/\/bioinfo2.ugr.es\/biocomputacion\/wp-json\/wp\/v2\/pages"}],"about":[{"href":"https:\/\/bioinfo2.ugr.es\/biocomputacion\/wp-json\/wp\/v2\/types\/page"}],"author":[{"embeddable":true,"href":"https:\/\/bioinfo2.ugr.es\/biocomputacion\/wp-json\/wp\/v2\/users\/1"}],"replies":[{"embeddable":true,"href":"https:\/\/bioinfo2.ugr.es\/biocomputacion\/wp-json\/wp\/v2\/comments?post=1056"}],"version-history":[{"count":7,"href":"https:\/\/bioinfo2.ugr.es\/biocomputacion\/wp-json\/wp\/v2\/pages\/1056\/revisions"}],"predecessor-version":[{"id":2564,"href":"https:\/\/bioinfo2.ugr.es\/biocomputacion\/wp-json\/wp\/v2\/pages\/1056\/revisions\/2564"}],"wp:attachment":[{"href":"https:\/\/bioinfo2.ugr.es\/biocomputacion\/wp-json\/wp\/v2\/media?parent=1056"}],"curies":[{"name":"wp","href":"https:\/\/api.w.org\/{rel}","templated":true}]}}