{"id":1106,"date":"2017-09-21T08:34:34","date_gmt":"2017-09-21T06:34:34","guid":{"rendered":"http:\/\/bioinfo2.ugr.es\/biocomputacion\/?page_id=1106"},"modified":"2026-01-09T06:24:41","modified_gmt":"2026-01-09T04:24:41","slug":"trabajos","status":"publish","type":"page","link":"https:\/\/bioinfo2.ugr.es\/biocomputacion\/trabajos\/","title":{"rendered":"Trabajos"},"content":{"rendered":"<h3>Trabajos no presenciales (20 puntos en total)<\/h3>\n<h4>Problema 1 (2025) &#8211; 5 puntos<\/h4>\n<p>En el servidor de docencia, en la carpeta \/opt\/trabajos tenemos 3 ficheros:<\/p>\n<ul>\n<li><strong>gencode_v48.tsv<\/strong>: La notaci\u00f3n de genes GenCode (versi\u00f3n 48). La primera columna contiene el nombre del transcrito y la segunda el cromosoma<\/li>\n<li><strong>mapping_table.tsv<\/strong>: Una tabla que contiene sin\u00f3nimos para los nombres de los transcritos. La primera columna contiene el nombre del transcrito (GenCode) y la segunda el nombre correspondiente en la base de datos RefSeq<\/li>\n<li><strong>chromosome_length.tsv<\/strong>: un fichero que contiene informaci\u00f3n acerca de los cromosomas de hg38. La segunda columna contiene el nombre del cromosoma, la tercera el inicio y la cuarta el final.<\/li>\n<\/ul>\n<p><strong>Tarea principal (evaluada):<\/strong><\/p>\n<p>Escribir un programa que contabiliza el n\u00famero de transcritos por cromosoma y calcula su densidad en transcritos por Mbp (el n\u00famero de transcritos * 1000000\/(longitud del cromosoma)).<\/p>\n<p>El programa debe de generar la siguente salida<\/p>\n<pre>cromosoma\\tconteo\\tdensidad\r\nchr1\\tint\\tfloat\r\n...<\/pre>\n<p><span style=\"color: #ff0000;\">Fecha l\u00edmite de entrega: 15 de enero (2026)<\/span><\/p>\n<p><span style=\"color: #ff0000;\">El alumno ha de enviar un correo indicando el comando para ejecutar el programa dentro del servidor de docencia. Por ejemplo: <\/span><\/p>\n<pre><span style=\"color: #ff0000;\">python3 \/home\/michael\/tarea1\/tarea1.py\u00a0<\/span><\/pre>\n<p><strong>Tareas adicionales (no evaluadas, para practicar):<\/strong><\/p>\n<ol>\n<li>Cambiar el primer programa para que escriba la tabla de resultado en un fichero si el usuario especifica un par\u00e1metro en l\u00ednea de comando.<\/li>\n<li>Generar un nuevo fichero con la anotaci\u00f3n de genes, cambiando los nombres de GenCode por los de RefSeq. El resto de las columnas debe de mantenerse.<\/li>\n<li>Calcular la densidad de transcritos eliminando transcritos que tienen igual inicio y final de transcripci\u00f3n (es decir, contando solamente uno)<\/li>\n<li>(M\u00e1s dif\u00edcil) Calcular la densidad de genes. Definimos que dos transcritos pertenecen al mismo gen si comparten al menos un exon.<\/li>\n<li>Calcular la densidad para genes no-codificantes (las que empiezan con NR o XR)<\/li>\n<\/ol>\n<p><a href=\"https:\/\/bioinfo2.ugr.es\/biocomputacion\/trabajo-genotipado-2025\/\" target=\"_blank\" rel=\"noopener noreferrer\"><strong>Problema 2 &#8211; Genotipado (2025) &#8211; 5 puntos<\/strong><\/a><\/p>\n<h4><strong>Problema 3 (10 puntos): an\u00e1lisis de datos de secuenciaci\u00f3n masiva de ARN peque\u00f1os:<\/strong><\/h4>\n<p>Este ejercicio se har\u00e1 en grupos de hasta 4 estudiantes. El grupo ha de:<\/p>\n<ul>\n<li>Elegir el experimento (miRNA-seq) de un repositorio publico<\/li>\n<li>Analizar las muestras individualmente (2 por estudiante)<\/li>\n<li>Llevar a cabo un an\u00e1lisis de expresi\u00f3n diferencial<\/li>\n<li>Escribir y entregar un resumen de hasta 2 paginas con los resultados<\/li>\n<\/ul>\n<p>&nbsp;<\/p>\n<p>&nbsp;<\/p>\n<p>&nbsp;<\/p>\n<h3>&#8212; Trabajos de otros a\u00f1os &#8212;<\/h3>\n<h4>Problema 1 (2024) 5 puntos:<\/h4>\n<p>Fecha limite: 8 de noviembre (2024)<\/p>\n<p>Terminar el programa de la pr\u00e1ctica 1 para que:<\/p>\n<ul>\n<li>Acepte 3 par\u00e1metros posicionales:\n<ul>\n<li>el fichero de entrada<\/li>\n<li>la longitud de la palabra (N-mero)<\/li>\n<li>un fichero de salida<\/li>\n<\/ul>\n<\/li>\n<li>Genere un fichero de salida igual que el programa <em>compseq<\/em> (ordenado alfanum\u00e9ricamente)<\/li>\n<li>Imprima texto de ayuda cuando el programa se lanza sin par\u00e1metros<\/li>\n<\/ul>\n<p>Indicar en un correo a hackenberg@go.ugr.es el comando para lanzar el programa (sin par\u00e1metros) en el servidor de docencia.<\/p>\n<p><strong>Problema 1 (2023 )(5 puntos): descargar una secuencia, copiarla al servidor y analizar su composici\u00f3n<\/strong><\/p>\n<p>Fecha limite: 17 de noviembre (2023)<\/p>\n<p>Cada alumno ha de:<\/p>\n<ol>\n<li>Generar dentro del directorio &#8216;\/home\/biocomp\/ejercicio1&#8217; una carpeta cuya nombre est\u00e9 compuesto por el nombre y primer apellido del estudiante (separado ambos por un gui\u00f3n bajo &#8216;_&#8217;)<\/li>\n<li>Elegir una regi\u00f3n de aproximadamente 200 kb del genoma<strong> de un pez.<\/strong><\/li>\n<li>Descargar la secuencia y depositarla dentro de la carpeta generada en el primer punto<\/li>\n<li>Determinar las frecuencias de los dinucle\u00f3tidos usando tanto el programa desarrollado en python como el programa compseq de EMBOS. Discutir brevemente el resultado &#8211; depositar un fichero (PDF, txt, word) con la discusi\u00f3n (m\u00e1ximo media p\u00e1gina) en la carpeta. Depositar el programa en python en la carpeta.<\/li>\n<\/ol>\n<p><strong>Problema 0 (5 puntos): descargar una secuencia, copiarla al servidor y analizar su composici\u00f3n<\/strong><\/p>\n<p>Cada alumno ha de:<\/p>\n<ul>\n<li>Elegir un gen codificante y descargar la secuencia del NCBI<\/li>\n<li>Generar dentro del directorio &#8216;\/home\/biocomp\/ejercicio1&#8217; una carpeta cuya nombre est\u00e9 compuesto por el nombre y primer apellido del estudiante (separado ambos por un gui\u00f3n bajo &#8216;_&#8217;)<\/li>\n<li>Subir el fichero con la secuencia al servidor de docencia y depositarlo en la carpeta generada<\/li>\n<li><strong>Determinar el uso de codones y depositar un fichero con las frecuencias de los codones en la misma carpeta<\/strong><\/li>\n<\/ul>\n<p><a href=\"http:\/\/bioinfo2.ugr.es\/biocomputacion\/trabajo-genotipado\/\" target=\"_blank\" rel=\"noopener noreferrer\"><strong>Problema 2 (5 puntos): genotipado<\/strong><\/a><\/p>\n<h3><strong style=\"font-size: 16px;\">Problema 3 (10 puntos): an\u00e1lisis de datos de secuenciaci\u00f3n masiva de ARN peque\u00f1os:<\/strong><\/h3>\n<p>Este ejercicio se har\u00e1 en grupos de hasta 4 estudiantes. El grupo ha de:<\/p>\n<ul>\n<li>Elegir el experimento (miRNA-seq) de un repositorio publico<\/li>\n<li>Analizar las muestras individualmente (2 por estudiante)<\/li>\n<li>Llevar a cabo un an\u00e1lisis de expresi\u00f3n diferencial<\/li>\n<li>Escribir y entregar un resumen de hasta 2 paginas con los resultados<\/li>\n<\/ul>\n<p>&nbsp;<\/p>\n","protected":false},"excerpt":{"rendered":"<p>Trabajos no presenciales (20 puntos en total) Problema 1 (2025) &#8211; 5 puntos En el servidor de docencia, en la carpeta \/opt\/trabajos tenemos 3 ficheros: gencode_v48.tsv: La notaci\u00f3n de genes GenCode (versi\u00f3n 48). La primera columna contiene el nombre del <a href=\"https:\/\/bioinfo2.ugr.es\/biocomputacion\/trabajos\/\" class=\"read-more\">Read More &#8230;<\/a><\/p>\n","protected":false},"author":1,"featured_media":0,"parent":0,"menu_order":0,"comment_status":"closed","ping_status":"closed","template":"","meta":[],"_links":{"self":[{"href":"https:\/\/bioinfo2.ugr.es\/biocomputacion\/wp-json\/wp\/v2\/pages\/1106"}],"collection":[{"href":"https:\/\/bioinfo2.ugr.es\/biocomputacion\/wp-json\/wp\/v2\/pages"}],"about":[{"href":"https:\/\/bioinfo2.ugr.es\/biocomputacion\/wp-json\/wp\/v2\/types\/page"}],"author":[{"embeddable":true,"href":"https:\/\/bioinfo2.ugr.es\/biocomputacion\/wp-json\/wp\/v2\/users\/1"}],"replies":[{"embeddable":true,"href":"https:\/\/bioinfo2.ugr.es\/biocomputacion\/wp-json\/wp\/v2\/comments?post=1106"}],"version-history":[{"count":27,"href":"https:\/\/bioinfo2.ugr.es\/biocomputacion\/wp-json\/wp\/v2\/pages\/1106\/revisions"}],"predecessor-version":[{"id":2658,"href":"https:\/\/bioinfo2.ugr.es\/biocomputacion\/wp-json\/wp\/v2\/pages\/1106\/revisions\/2658"}],"wp:attachment":[{"href":"https:\/\/bioinfo2.ugr.es\/biocomputacion\/wp-json\/wp\/v2\/media?parent=1106"}],"curies":[{"name":"wp","href":"https:\/\/api.w.org\/{rel}","templated":true}]}}