{"id":1224,"date":"2017-10-19T14:05:18","date_gmt":"2017-10-19T12:05:18","guid":{"rendered":"http:\/\/bioinfo2.ugr.es\/biocomputacion\/?page_id=1224"},"modified":"2020-10-05T09:17:58","modified_gmt":"2020-10-05T07:17:58","slug":"getdnaandcopy","status":"publish","type":"page","link":"https:\/\/bioinfo2.ugr.es\/biocomputacion\/getdnaandcopy\/","title":{"rendered":"Obtener una secuencia gen\u00f3mica"},"content":{"rendered":"

Protocolo para<\/h3>\n
    \n
  1. obtener una secuencia gen\u00f3mica<\/li>\n
  2. copiarla a un servidor Linux<\/li>\n<\/ol>\n

     <\/p>\n

    Obtener la secuencia<\/h3>\n
      \n
    1. abrir el navegador gen\u00f3mico de UCSC<\/a><\/li>\n
    2. elegir la especie (C. elegans<\/em>), versi\u00f3n del ensamblado y coordenadas<\/li>\n
    3. pinchar en ‘View’ –> ‘DNA’<\/li>\n
    4. en la pagina que se abre –> pinchar ‘get DNA’<\/li>\n
    5. copiar la URL de la pagina de salida<\/li>\n<\/ol>\n

      Copiarla al servidor<\/h3>\n

      Usar el navegador ‘en linea de comando w3m<\/h4>\n

      Dentro del servidor al que queremos copiar la secuencia tecleamos\/(pegamos la URL copiada). \u00a1Tenemos que encomillar la URL!<\/span><\/p>\n

      w3m -dump\u00a0 'URL' > outfile.fa<\/pre>\n
      Esta secuencia de salida contiene una l\u00ednea en blanco al inicio y al final.<\/p>\n
      Para eliminar l\u00edneas en blanco podemos usar la herramienta grep<\/p>\n
      w3m -dump\u00a0 'URL' | grep -P '[a-zA-Z]' > outfileFixed.fa\r\n\r\no en dos pasos\r\ngrep -P '[a-zA-Z]' outfile.fa > outfileFixed.fa<\/pre>\n
      grep busca l\u00edneas que cumplen la expresi\u00f3n regular que damos mediante el par\u00e1metro -P<\/p>\n
      Mas sobre expresiones regulares<\/h4>\n
      http:\/\/jkorpela.fi\/perl\/regexp.html\u00a0<\/a><\/p>\n","protected":false},"excerpt":{"rendered":"
      Protocolo para obtener una secuencia gen\u00f3mica copiarla a un servidor Linux   Obtener la secuencia abrir el navegador gen\u00f3mico de UCSC elegir la especie (C. elegans), versi\u00f3n del ensamblado y coordenadas pinchar en ‘View’ –> ‘DNA’ en la pagina que Read More …<\/a><\/p>\n","protected":false},"author":1,"featured_media":0,"parent":0,"menu_order":0,"comment_status":"closed","ping_status":"closed","template":"","meta":[],"_links":{"self":[{"href":"https:\/\/bioinfo2.ugr.es\/biocomputacion\/wp-json\/wp\/v2\/pages\/1224"}],"collection":[{"href":"https:\/\/bioinfo2.ugr.es\/biocomputacion\/wp-json\/wp\/v2\/pages"}],"about":[{"href":"https:\/\/bioinfo2.ugr.es\/biocomputacion\/wp-json\/wp\/v2\/types\/page"}],"author":[{"embeddable":true,"href":"https:\/\/bioinfo2.ugr.es\/biocomputacion\/wp-json\/wp\/v2\/users\/1"}],"replies":[{"embeddable":true,"href":"https:\/\/bioinfo2.ugr.es\/biocomputacion\/wp-json\/wp\/v2\/comments?post=1224"}],"version-history":[{"count":5,"href":"https:\/\/bioinfo2.ugr.es\/biocomputacion\/wp-json\/wp\/v2\/pages\/1224\/revisions"}],"predecessor-version":[{"id":2098,"href":"https:\/\/bioinfo2.ugr.es\/biocomputacion\/wp-json\/wp\/v2\/pages\/1224\/revisions\/2098"}],"wp:attachment":[{"href":"https:\/\/bioinfo2.ugr.es\/biocomputacion\/wp-json\/wp\/v2\/media?parent=1224"}],"curies":[{"name":"wp","href":"https:\/\/api.w.org\/{rel}","templated":true}]}}