{"id":1648,"date":"2017-11-25T20:26:14","date_gmt":"2017-11-25T18:26:14","guid":{"rendered":"http:\/\/bioinfo2.ugr.es\/biocomputacion\/?page_id=1648"},"modified":"2017-11-25T20:26:14","modified_gmt":"2017-11-25T18:26:14","slug":"intro-biocomp","status":"publish","type":"page","link":"https:\/\/bioinfo2.ugr.es\/biocomputacion\/intro-biocomp\/","title":{"rendered":"Intro Biocomp"},"content":{"rendered":"<p>En castellano hay al menos 3 t\u00e9rminos que frecuentemente se usan como sin\u00f3nimos: biocomputaci\u00f3n, bioinform\u00e1tica y biolog\u00eda computacional. Los dos \u00faltimos tienen t\u00e9rminos correspondientes en ingl\u00e9s; <em>bioinformatics<\/em> y <em>computational biology<\/em>. El t\u00e9rmino de biocomputaci\u00f3n ser\u00eda una especie de hibrido entre los dos anteriores y no debe ser confundido con la traducci\u00f3n del ingl\u00e9s de <em>Biological computing, <\/em>que es el campo que usa mol\u00e9culas como las prote\u00ednas o el ADN para llevar a cabo operaciones computacionales.<\/p>\n<p>No obstante, algunos autores (Altman, 2009) discrepan del uso como sin\u00f3nimos y definen:<\/p>\n<ul>\n<li>La <strong>biolog\u00eda computacional<\/strong> es el estudio de la biolog\u00eda usando m\u00e9todos computacionales. El objetivo es el descubrimiento biol\u00f3gico; el \u00e1rea las ciencias de la vida.<\/li>\n<li>La <strong>bioinform\u00e1tica<\/strong> es el campo que desarrolla las herramientas (algoritmos, bases de datos) para resolver problemas biol\u00f3gicos. El objetivo ser\u00eda el desarrollo de herramientas aplicables a datos biol\u00f3gicos. El \u00e1rea seria de las ciencias de la computaci\u00f3n o de la ingenier\u00eda de <em>software<\/em>.<\/li>\n<\/ul>\n<p>El problema de esta definici\u00f3n es la falta de finalidad o intencionalidad biol\u00f3gica que atribuye esta definici\u00f3n a la bioinform\u00e1tica. Probablemente ser\u00eda una definici\u00f3n valida si esta disciplina hubiera nacido en el seno de las ciencias de la computaci\u00f3n, pero como veremos en la pr\u00f3xima secci\u00f3n, la s\u00edntesis de ordenadores y datos biol\u00f3gicos sali\u00f3 claramente de la biolog\u00eda molecular. Ninguna disciplina cient\u00edfica tiene como\u00a0 objetivo crear solamente herramientas sin la finalidad de resolver preguntas o cuestiones. Si aplicamos esta misma definici\u00f3n a la biolog\u00eda molecular, habr\u00eda que definir el desarrollo de m\u00e9todos como la secuenciaci\u00f3n del ADN o la PCR como ingenier\u00eda y no como ciencia. Dado que hasta se galardonaron los inventores de algunas de estas t\u00e9cnicas con un premio Nobel parece claro que es m\u00e1s apropiado de considerar el desarrollo de t\u00e9cnicas que permiten resolver problemas biol\u00f3gicos como un ejercicio cient\u00edfico y no como ingenier\u00eda.<\/p>\n<p>Finalmente, muchos de los grandes proyectos gen\u00f3micos dedicados a preguntas fundamentales como la determinaci\u00f3n y caracterizaci\u00f3n de todos los elementos funcionales en el genoma humano est\u00e1n liderados por bioinform\u00e1ticos. Los ejemplos m\u00e1s notables son Ewan Birney quien es el director del Instituto Europeo de Bioinform\u00e1tica (EMBL-EBI) y coordinador de ENCODE, un proyecto financiado con casi 400 millones de d\u00f3lares en total, o el proyecto 1000 genomas liderado por Richard Durbin. Esto pone de manifiesto que se debe relacionar a la bioinform\u00e1tica con las grandes preguntas de las ciencias de la vida y no reducirla meramente a su aspecto t\u00e9cnico.<\/p>\n<p>A las t\u00e9cnicas computacionales habr\u00eda que aplicar un razonamiento similar al que Gilbert (Gilbert, 1991) trazaba en 1991 para las t\u00e9cnicas moleculares:<\/p>\n<p><em>\u201cThe question of science always lie in what is not yet known. Although our techniques determine what questions we can study, <strong>they are not themselves the goal\u2026<\/strong>. Widely used techniques begin as breakthroughs in a single laboratory, move to being used by many researchers, then by technicians, then to being taught in undergraduate courses.\u2026\u201d<\/em><\/p>\n<p>Por eso, en esta asignatura no trataremos a la bioinform\u00e1tica y la biolog\u00eda computacional como campos diferentes sino como aspectos (t\u00e9cnicos y conceptuales) diferentes de una misma disciplina. Por eso se trabajar\u00e1 con la siguiente definici\u00f3n:<\/p>\n<p><strong>La bioinform\u00e1tica o biolog\u00eda computacional es aquella disciplina que se dedica a resolver problemas o cuestiones biol\u00f3gicas y\/o biom\u00e9dicas aplicando m\u00e9todos computacionales.<\/strong><\/p>\n<p>Es decir, los m\u00e9todos ser\u00e1n computacionales, incluyendo modelos matem\u00e1ticos, estad\u00edsticos y f\u00edsicos, sin embargo la finalidad ser\u00e1 siempre biol\u00f3gica o biom\u00e9dica.<\/p>\n<p>La bioinform\u00e1tica es clave en muchos campos como la gen\u00e9tica molecular, la biotecnolog\u00eda, la evoluci\u00f3n molecular o la gen\u00f3mica, que nace a partir de la ingenier\u00eda gen\u00e9tica y los m\u00e9todos de secuenciaci\u00f3n del ADN. El ejemplo por excelencia es el proyecto genoma humano que ten\u00eda como objetivo principal la generaci\u00f3n de las secuencias de la parte eucromatina del genoma humano. La bioinform\u00e1tica avanzaba mucho durante este proyecto convirti\u00e9ndose en uno de los motivos por los que se pudo terminar el proyecto incluso algunos a\u00f1os antes de lo previsto.<\/p>\n<p>En general, las t\u00e9cnicas computacionales han sido adoptadas en virtualmente todas las ramas de las ciencias de la vida. Un ejemplo es la gen\u00e9tica molecular que estudia la estructura y funci\u00f3n de los genes a nivel molecular y en cuyo proceso la bioinform\u00e1tica es hoy en d\u00eda de vital importancia. Podemos encontrar trabajando en este campo tanto genetistas que aprendieron bioinform\u00e1tica o bioinform\u00e1ticos que aplican sus m\u00e9todos a los problemas conceptuales de esta disciplina.<\/p>\n<p>Hoy en d\u00eda, se puede resumir que la bioinform\u00e1tica o biolog\u00eda computacional tiene dos aspectos, las t\u00e9cnicas computacionales y los problemas a los que se aplican que pueden ser de virtualmente todas las ramas de las ciencias de la vida. As\u00ed que se podr\u00eda decir que como tecnolog\u00eda, la bioinform\u00e1tica se encarga de analizar y almacenar datos experimentales en bases de datos interconectados. Como disciplina, la bioinform\u00e1tica es un acercamiento hol\u00edstico que usa datos masivos, a nivel de genoma completo que genera nuevas hip\u00f3tesis y que detecta nuevos elementos funcionales.<\/p>\n<p id=\"MSykSZJ\">\n","protected":false},"excerpt":{"rendered":"<p>En castellano hay al menos 3 t\u00e9rminos que frecuentemente se usan como sin\u00f3nimos: biocomputaci\u00f3n, bioinform\u00e1tica y biolog\u00eda computacional. Los dos \u00faltimos tienen t\u00e9rminos correspondientes en ingl\u00e9s; bioinformatics y computational biology. 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