{"id":1691,"date":"2017-12-21T18:31:11","date_gmt":"2017-12-21T16:31:11","guid":{"rendered":"http:\/\/bioinfo2.ugr.es\/biocomputacion\/?page_id=1691"},"modified":"2017-12-21T22:22:54","modified_gmt":"2017-12-21T20:22:54","slug":"simulacro","status":"publish","type":"page","link":"https:\/\/bioinfo2.ugr.es\/biocomputacion\/simulacro\/","title":{"rendered":"Simulacro"},"content":{"rendered":"<h4>Generalidades:<\/h4>\n<p>Duraci\u00f3n: 1,25 horas<\/p>\n<p>Medios: Podemos usar todo\u00a0<strong>MENOS<\/strong>\u00a0al vecino, el m\u00f3vil, programas de chateo u otras formas de comunicar con terceros<\/p>\n<p><strong>Importante: no navegar ni copiar nada dentro de la carpeta de otro estudiante<\/strong><\/p>\n<p>Las respuestas se dan en un fichero de texto (por ejemplo Word) que se mandar\u00e1 a <a href=\"mailto:hackenberg@ugr.es\">hackenberg@ugr.es<\/a> al finalizar la prueba poniendo \u2018prueba biocomputaci\u00f3n\u2019 en el asunto<\/p>\n<h4>1. En el servidor de docencia (bioinfo2.ugr.es \u2013 puerto 2424) se ha generado un carpeta \/home\/biocomp\/simulacro<\/h4>\n<p>(2 puntos) Crear una carpeta dentro de la carpeta \u2018simulacro\u2019 que tenga como nombre el primer apellido y nombre del estudiante sustituyendo \u00f1 por n y omitiendo acentos.<\/p>\n<p>&nbsp;<\/p>\n<h4>2. La poliposis adenomatosa familiar (PAF) es una enfermedad hereditaria caracterizada por la aparici\u00f3n de gran n\u00famero (m\u00e1s de 100 en la forma cl\u00e1sica) de p\u00f3lipos del tipo adenomatoso (tumores benignos) en el colon y recto a partir de los 20 o 30 a\u00f1os. Dichos p\u00f3lipos tienen una gran probabilidad de malignizarse a partir de los 30 a\u00f1os y transformarse en c\u00e1ncer de colon. Responsable de la poliposis adenomatosa familiar es el gen APC.<\/h4>\n<p>Se ha logrado aislar y secuenciar un transcrito de este gen de un individuo sin antecedentes familiares que sufre esta enfermedad.<\/p>\n<ul>\n<li>(1 P) Descargar la secuencia y guardarla en la carpeta del estudiante en el servidor (<span style=\"color: #993366;\"><strong><a style=\"color: #993366;\" href=\"http:\/\/bioinfo2.ugr.es\/biocomputacion\/wp-content\/uploads\/2017\/12\/secuencia_paciente_1.txt\" target=\"_blank\" rel=\"noopener\">secuencia paciente<\/a><\/strong><\/span>)<\/li>\n<li>(6 P) \u00bfQue ha causado la aparici\u00f3n de la enfermedad en este individuo? Razonar brevemente.<\/li>\n<\/ul>\n<ul>\n<li>(1 P) \u00bfDe que isoforma del gen APC se trata?<\/li>\n<\/ul>\n<p>&nbsp;<\/p>\n<h4>3. Obtener una secuencia gen\u00f3mica y calcular el G+C y contenido en CpG<\/h4>\n<p>Tenemos las coordenadas gen\u00f3micas del ensamblado balAcu1 de la ballena enana (Balaenoptera acutorostrata \/ Minke whale)\u00a0<strong>KI537194:1,922,188-1,994,847<\/strong><\/p>\n<ul>\n<li>(2 P) Descargar la secuencia y depositarla bajo el nombre <strong>balAcu_simu.fa<\/strong> en la carpeta<\/li>\n<li>(2 P) Calcular el G+C de la secuencia<\/li>\n<li>(2 P) Calcular las frecuencias de dinucleotidos<\/li>\n<li>(4 P) \u00bfQue dinucle\u00f3tidos ocurren mas frecuente y cuales menos frecuente de los esperado por azar? Razonar las frecuencias de al menos 3 dinucle\u00f3tidos diferentes<\/li>\n<\/ul>\n<h4>4. Programaci\u00f3n del Perl<\/h4>\n<p>Hay un fichero que se encuentra en el servidor de docencia el la ruta <strong>\/home\/biocomp\/simulacro\/cpg_chr1_sort.txt<\/strong> que contiene cierta informaci\u00f3n de todas las islas CpG del cromosoma 21. Las columnas del fichero est\u00e1n separadas mediante el tabulador (\\t). Hay 4 columnas que corresponden a \u2018nombre de la islas\u2019, \u2018longitud de la isla\u2019, \u2018numero de CpGs\u2019 y \u2018contenido en G+C\u2019<\/p>\n<ol>\n<li>(1 P) copiar el fichero a la carpeta del estudiante<\/li>\n<li>(7 P) generar un peque\u00f1o script en perl para calcular la longitud media y el G+C medio de estas islas (dar estas medias en el fichero Word) y depositar el script en la carpeta del alumno<\/li>\n<\/ol>\n","protected":false},"excerpt":{"rendered":"<p>Generalidades: Duraci\u00f3n: 1,25 horas Medios: Podemos usar todo\u00a0MENOS\u00a0al vecino, el m\u00f3vil, programas de chateo u otras formas de comunicar con terceros Importante: no navegar ni copiar nada dentro de la carpeta de otro estudiante Las respuestas se dan en un <a href=\"https:\/\/bioinfo2.ugr.es\/biocomputacion\/simulacro\/\" class=\"read-more\">Read More &#8230;<\/a><\/p>\n","protected":false},"author":1,"featured_media":0,"parent":0,"menu_order":0,"comment_status":"closed","ping_status":"closed","template":"","meta":[],"_links":{"self":[{"href":"https:\/\/bioinfo2.ugr.es\/biocomputacion\/wp-json\/wp\/v2\/pages\/1691"}],"collection":[{"href":"https:\/\/bioinfo2.ugr.es\/biocomputacion\/wp-json\/wp\/v2\/pages"}],"about":[{"href":"https:\/\/bioinfo2.ugr.es\/biocomputacion\/wp-json\/wp\/v2\/types\/page"}],"author":[{"embeddable":true,"href":"https:\/\/bioinfo2.ugr.es\/biocomputacion\/wp-json\/wp\/v2\/users\/1"}],"replies":[{"embeddable":true,"href":"https:\/\/bioinfo2.ugr.es\/biocomputacion\/wp-json\/wp\/v2\/comments?post=1691"}],"version-history":[{"count":4,"href":"https:\/\/bioinfo2.ugr.es\/biocomputacion\/wp-json\/wp\/v2\/pages\/1691\/revisions"}],"predecessor-version":[{"id":1714,"href":"https:\/\/bioinfo2.ugr.es\/biocomputacion\/wp-json\/wp\/v2\/pages\/1691\/revisions\/1714"}],"wp:attachment":[{"href":"https:\/\/bioinfo2.ugr.es\/biocomputacion\/wp-json\/wp\/v2\/media?parent=1691"}],"curies":[{"name":"wp","href":"https:\/\/api.w.org\/{rel}","templated":true}]}}