{"id":2305,"date":"2022-01-25T10:57:13","date_gmt":"2022-01-25T08:57:13","guid":{"rendered":"https:\/\/bioinfo2.ugr.es\/biocomputacion\/?page_id=2305"},"modified":"2022-01-26T10:40:20","modified_gmt":"2022-01-26T08:40:20","slug":"examen2022","status":"publish","type":"page","link":"https:\/\/bioinfo2.ugr.es\/biocomputacion\/examen2022\/","title":{"rendered":"examen2022"},"content":{"rendered":"<p><strong>Generalidades:<\/strong><\/p>\r\n<!-- \/wp:paragraph -->\r\n\r\n<!-- wp:paragraph -->\r\n<p>Duraci\u00f3n: 2 horas<\/p>\r\n<!-- \/wp:paragraph -->\r\n\r\n<!-- wp:paragraph -->\r\n<p><strong>Medios:<\/strong> Todo MENOS el contacto con terceros mediante m\u00f3vil, programas de chateo u otras formas de comunicaci\u00f3n<\/p>\r\n<!-- \/wp:paragraph -->\r\n\r\n<!-- wp:paragraph -->\r\n<p><strong>Importante:<\/strong> no navegar ni copiar nada dentro de la carpeta de otro estudiante<\/p>\r\n<!-- \/wp:paragraph -->\r\n\r\n<!-- wp:paragraph -->\r\n<p>Las respuestas se dar\u00e1n en un fichero de texto (por ejemplo Word) que se mandar\u00e1 a <a href=\"mailto:hackenberg@ugr.es\">hackenberg@go.ugr.es<\/a> al finalizar la prueba poniendo \u2018prueba biocomputaci\u00f3n\u2019 en el asunto<\/p>\r\n<!-- \/wp:paragraph -->\r\n\r\n<!-- wp:paragraph -->\r\n<p>En el servidor de docencia (epigenoma.ugr.es \u2013 puerto 2220) se ha generado un carpeta <strong>\/home\/biocomp\/examen<\/strong> \u00a0 \u00a0 \u00a0 \u00a0<\/p>\r\n<p><strong>1) (1 punto) Crear una carpeta dentro de la carpeta \u2018\/home\/biocomp\/examen\u2019 que tenga como nombre el primer apellido y nombre del estudiante. Incluir dentro un fichero de texto llamado \u2018Asistencia.txt\u2019 que contenga la frase \u2018He asistido al examen de Biocomputaci\u00f3n\u2019 y el nombre completo del estudiante.<\/strong> \u00a0<\/p>\r\n<p><strong>2) (18 puntos) Las Alus son los retrotransposon mas frecuente en el genoma humano.\u00a0 Tenemos el <a href=\"http:\/\/bioinfo2.ugr.es\/biocomputacion\/wp-content\/uploads\/2022\/01\/aluJ.txt\">siguiente fichero <\/a>con las coordenadas de los miembros de la familia AluJ. En este fichero, las columnas 2 y 3 indican las coordenadas de inicio y final mientras que la ultima indica la clase a la que pertenece (AluJb, AluJo, etc).<\/strong><\/p>\r\n<p>Escribir un script en python que calcula la longitud total, longitud media y el n\u00famero en funci\u00f3n de la clase. La salida ha de efectuarse en pantalla de la siguiente forma: (los n\u00fameros son solo en modo de ejemplo y no corresponden al resultado esperable)<\/p>\r\n<p>Clase\u00a0 \u00a0Longitud_total\u00a0 \u00a0Longitud_media\u00a0 n\u00famero<\/p>\r\n<p>AluJo\u00a0 \u00a0 \u00a0 \u00a0100000\u00a0 \u00a0 \u00a0 \u00a0 \u00a0 \u00a0250\u00a0 \u00a0 \u00a0 \u00a0 \u00a0 \u00a0 \u00a0 \u00a0 \u00a0 \u00a0 10<\/p>\r\n<p>AluJb &#8230;&#8230;&#8230;..<\/p>\r\n<p>AluJr &#8230;&#8230;.<\/p>\r\n<p>&#8230;&#8230;.<\/p>\r\n<ul>\r\n<li>Copiar la salida del script al documento del examen<\/li>\r\n<li>Indicar la linea de comando (recordar: el script tiene que ser ejecutable por el profesor)\u00a0<\/li>\r\n<\/ul>\r\n<p>3) (11 puntos) En la direcci\u00f3n \/home\/biocomp\/examen del servidor de docencia encontramos este fichero: <span class=\"s1\">X_cell-lines_10000.fa que contiene las lecturas colapsadas de un experimento de miRNA-seq en este formato :&#8217;ID-count&#8217;. En el encabezado del formato fasta por tanto tenemos primero una ID separado por un guion del numero de veces que se ha observado esta secuencia en el experimento.\u00a0<\/span><\/p>\r\n<ul>\r\n<li>(1 punto) copiar el fichero a la carpeta del estudiante<\/li>\r\n<li>(10 puntos) escribir un script en python que produce la siguiente salida:\r\n<ul>\r\n<li>n\u00famero de lecturas \u00fanicas<\/li>\r\n<li>numero total de lecturas<\/li>\r\n<li>contenido en G+C ponderado (no la media del G+C de las lecturas colapsadas si no el G+C de una hipot\u00e9tica secuencia agregada)<\/li>\r\n<\/ul>\r\n<\/li>\r\n<li>Indicar la linea de comando (recordar: el script tiene que ser ejecutable por el profesor)\u00a0<\/li>\r\n<\/ul>\r\n<p><strong>4) (6 puntos) Tenemos las siguientes secuencias an\u00f3nimas: <a href=\"http:\/\/bioinfo2.ugr.es\/biocomputacion\/wp-content\/uploads\/2020\/01\/anonSeq_1.txt\">sec1<\/a> y <a href=\"http:\/\/bioinfo2.ugr.es\/biocomputacion\/wp-content\/uploads\/2020\/01\/anonSeq_2.txt\">sec2<\/a>\u00a0<\/strong><\/p>\r\n<p style=\"padding-left: 40px;\">a) (1 punto) descargar y depositar las secuencias dentro de una carpeta llamada &#8216;pregunta4&#8217; (dentro de la carpeta del examen del alumno)<\/p>\r\n<p style=\"padding-left: 40px;\">b) (5 puntos) \u00bfCu\u00e1l de las dos secuencias proviene mas probablemente de un mam\u00edfero? (razonar brevemente)<\/p>\r\n<p>&nbsp;<\/p>\r\n<p><strong>5) (9 puntos) Una mujer y un hombre sin antecedentes familiares de enfermedades mendelianas planean tener hijos y se someten a un screening general.\u00a0<\/strong><\/p>\r\n<p><!-- \/wp:paragraph -->\r\n\r\n<!-- wp:list --><\/p>\r\n<ul>\r\n<li>(5 puntos) Genotipar a esta mujer: <a href=\"http:\/\/bioinfo2.ugr.es\/biocomputacion\/wp-content\/uploads\/2017\/11\/29-B_read1.fq_.gz\">29-B_read1.fq<\/a> y a este hombre: <a href=\"http:\/\/bioinfo2.ugr.es\/biocomputacion\/wp-content\/uploads\/2017\/11\/29-G_read1.fq_.gz\">29-G_read1.fq<\/a> y reportar los resultados (cromosoma, genotipos, genes y enfermedades implicadas).<\/li>\r\n<li>(4 puntos) \u00bfCu\u00e1l es la probabilidad de que los hijos tengan alguna enfermedad mendeliana o sean portadores de ella?<\/li>\r\n<\/ul>\r\n<p><strong>6) (15 puntos) tenemos la <a href=\"http:\/\/bioinfo2.ugr.es\/biocomputacion\/wp-content\/uploads\/2022\/01\/sequence_transcript.txt\">siguiente secuencia<\/a> de un mRNA y <a href=\"http:\/\/bioinfo2.ugr.es\/biocomputacion\/wp-content\/uploads\/2022\/01\/sequence_transcript_CDS.txt\">la secuencia<\/a> que corresponde solamente a la CDS.\u00a0<\/strong><\/p>\r\n<ul>\r\n<li>(6 puntos) Reportar la especie y los nombres del transcrito (RefSeq) y gen<\/li>\r\n<li>(2 puntos) Averiguar las coordenadas cromos\u00f3micas del transcrito<\/li>\r\n<li>(2 puntos) Determinar la estructura g\u00e9nica, es decir el n\u00famero de exones y intrones\u00a0<\/li>\r\n<li>(5 puntos) Determinar si la estructura g\u00e9nica se encuentra conservada en las siguientes especies: chimpanc\u00e9 com\u00fan (panTro6), babuino (papAnu4), l\u00e9mur rat\u00f3n (micMur2),\u00a0 rat\u00f3n (mm10) y pez zebra (danRer11).\u00a0<\/li>\r\n<\/ul>","protected":false},"excerpt":{"rendered":"<p>Generalidades: Duraci\u00f3n: 2 horas Medios: Todo MENOS el contacto con terceros mediante m\u00f3vil, programas de chateo u otras formas de comunicaci\u00f3n Importante: no navegar ni copiar nada dentro de la carpeta de otro estudiante Las respuestas se dar\u00e1n en un <a href=\"https:\/\/bioinfo2.ugr.es\/biocomputacion\/examen2022\/\" class=\"read-more\">Read More &#8230;<\/a><\/p>\n","protected":false},"author":1,"featured_media":0,"parent":0,"menu_order":0,"comment_status":"closed","ping_status":"closed","template":"","meta":[],"_links":{"self":[{"href":"https:\/\/bioinfo2.ugr.es\/biocomputacion\/wp-json\/wp\/v2\/pages\/2305"}],"collection":[{"href":"https:\/\/bioinfo2.ugr.es\/biocomputacion\/wp-json\/wp\/v2\/pages"}],"about":[{"href":"https:\/\/bioinfo2.ugr.es\/biocomputacion\/wp-json\/wp\/v2\/types\/page"}],"author":[{"embeddable":true,"href":"https:\/\/bioinfo2.ugr.es\/biocomputacion\/wp-json\/wp\/v2\/users\/1"}],"replies":[{"embeddable":true,"href":"https:\/\/bioinfo2.ugr.es\/biocomputacion\/wp-json\/wp\/v2\/comments?post=2305"}],"version-history":[{"count":21,"href":"https:\/\/bioinfo2.ugr.es\/biocomputacion\/wp-json\/wp\/v2\/pages\/2305\/revisions"}],"predecessor-version":[{"id":2328,"href":"https:\/\/bioinfo2.ugr.es\/biocomputacion\/wp-json\/wp\/v2\/pages\/2305\/revisions\/2328"}],"wp:attachment":[{"href":"https:\/\/bioinfo2.ugr.es\/biocomputacion\/wp-json\/wp\/v2\/media?parent=2305"}],"curies":[{"name":"wp","href":"https:\/\/api.w.org\/{rel}","templated":true}]}}