{"id":2464,"date":"2024-10-16T08:48:35","date_gmt":"2024-10-16T06:48:35","guid":{"rendered":"https:\/\/bioinfo2.ugr.es\/biocomputacion\/?page_id=2464"},"modified":"2024-10-16T08:53:06","modified_gmt":"2024-10-16T06:53:06","slug":"ejercicio-python-mirgenedb","status":"publish","type":"page","link":"https:\/\/bioinfo2.ugr.es\/biocomputacion\/ejercicio-python-mirgenedb\/","title":{"rendered":"Ejercicio python: MirGeneDB"},"content":{"rendered":"<p>Tenemos el fichero MGDB-pri.fa dentro de la carpeta (\/opt\/sRNAtoolboxDB\/libs) que contiene todas las secuencias precursoras de microRNAs anotadas en la base de datos MirGeneDB.<\/p>\n<p>1) reportar la longitud de la secuencia m\u00e1s corta, m\u00e1s larga y la longitud media<br \/>\n2) determinar la distribuci\u00f3n del contenido en G+C. \u00c1nalizar visualmente la distribuci\u00f3n<br \/>\n3) determinar el n\u00famero de especies diferentes. En el nombre de un microRNA como Aae-Mir-2-P3_pri:<\/p>\n<ul>\n<li>Aae es la especie &#8211; Aedes aegypti en este caso,<\/li>\n<li>Mir-2 es el nombre de la familia,<\/li>\n<li>Mir-2-P3: es el nombre del gen, con P se indica de que copia par\u00e1loga se trata<\/li>\n<\/ul>\n<p>4) determinar el n\u00famero de especies diferentes en las que se ecuentran un gene. Generar una salida ordenado de mayor a menor n\u00famero.<\/p>\n<p>5) determinar el\u00a0 n\u00famero de microRNA genes que contienen el patr\u00f3n GNNG en la regi\u00f3n flanqueante 3&#8242; (v\u00e9ase abajo un esquema con los patrones que pueden existir en la secuencia)<img src=\"https:\/\/new.mirgenedb.org\/static\/figs\/microRNA.png\" \/><\/p>\n","protected":false},"excerpt":{"rendered":"<p>Tenemos el fichero MGDB-pri.fa dentro de la carpeta (\/opt\/sRNAtoolboxDB\/libs) que contiene todas las secuencias precursoras de microRNAs anotadas en la base de datos MirGeneDB. 1) reportar la longitud de la secuencia m\u00e1s corta, m\u00e1s larga y la longitud media 2) <a href=\"https:\/\/bioinfo2.ugr.es\/biocomputacion\/ejercicio-python-mirgenedb\/\" class=\"read-more\">Read More &#8230;<\/a><\/p>\n","protected":false},"author":1,"featured_media":0,"parent":0,"menu_order":0,"comment_status":"closed","ping_status":"closed","template":"","meta":[],"_links":{"self":[{"href":"https:\/\/bioinfo2.ugr.es\/biocomputacion\/wp-json\/wp\/v2\/pages\/2464"}],"collection":[{"href":"https:\/\/bioinfo2.ugr.es\/biocomputacion\/wp-json\/wp\/v2\/pages"}],"about":[{"href":"https:\/\/bioinfo2.ugr.es\/biocomputacion\/wp-json\/wp\/v2\/types\/page"}],"author":[{"embeddable":true,"href":"https:\/\/bioinfo2.ugr.es\/biocomputacion\/wp-json\/wp\/v2\/users\/1"}],"replies":[{"embeddable":true,"href":"https:\/\/bioinfo2.ugr.es\/biocomputacion\/wp-json\/wp\/v2\/comments?post=2464"}],"version-history":[{"count":3,"href":"https:\/\/bioinfo2.ugr.es\/biocomputacion\/wp-json\/wp\/v2\/pages\/2464\/revisions"}],"predecessor-version":[{"id":2467,"href":"https:\/\/bioinfo2.ugr.es\/biocomputacion\/wp-json\/wp\/v2\/pages\/2464\/revisions\/2467"}],"wp:attachment":[{"href":"https:\/\/bioinfo2.ugr.es\/biocomputacion\/wp-json\/wp\/v2\/media?parent=2464"}],"curies":[{"name":"wp","href":"https:\/\/api.w.org\/{rel}","templated":true}]}}