{"id":408,"date":"2013-06-01T18:57:50","date_gmt":"2013-06-01T16:57:50","guid":{"rendered":"http:\/\/bioinfo2.ugr.es\/biocomputacion\/?page_id=408"},"modified":"2014-01-18T14:09:37","modified_gmt":"2014-01-18T12:09:37","slug":"recoleccion-de-datos","status":"publish","type":"page","link":"https:\/\/bioinfo2.ugr.es\/biocomputacion\/comparacion-de-secuencias\/alineamiento-multiple\/recoleccion-de-datos\/","title":{"rendered":"Recolecci\u00f3n de datos"},"content":{"rendered":"<p>Como hemos visto, para un alineamiento m\u00faltiple se necesitan tres o m\u00e1s secuencias de ADN o prote\u00ednas en formato multi-fasta.<\/p>\n<p>Hay dos posibilidades para recolectar estas secuencias:<\/p>\n<p>1. A partir de una secuencia an\u00f3nima:<\/p>\n<blockquote><p><span style=\"font-family: courier new,courier;\">MVKPIIAPSI LASDFANLGC ECHKVINAGA DWLHIDVMDG HFVPNITLGQ PIVTSLRRSV<br \/>\nPRPGDASNTE KKPTAFFDCH MMVENPEKWV DDFAKCGADQ FTFHYEATQD PLHLVKLIKS<br \/>\nKGIKAACAIK PGTSVDVLFE LAPHLDMALV MTVEPGFGGQ KFMEDMMPKV ETLRAKFPHL<br \/>\nNIQVDGGLGK ETIPKAAKAG ANVIVAGTSV FTAADPHDVI SFMKEEVSKE LRSRDLLD<\/span><\/p><\/blockquote>\n<blockquote><p>En este caso se usa FASTA para obtener las secuencias m\u00e1s relacionadas con esta secuencia problema. Marcaremos aquellas secuencias en las que estemos interesados:<\/p><\/blockquote>\n<blockquote><p>\u00a0<a href=\"http:\/\/bioinfo2.ugr.es\/biocomputacion\/wp-content\/uploads\/2014\/01\/sshot-2.png\"><img loading=\"lazy\" class=\"alignnone size-full wp-image-1013\" alt=\"sshot-2\" src=\"http:\/\/bioinfo2.ugr.es\/biocomputacion\/wp-content\/uploads\/2014\/01\/sshot-2.png\" width=\"728\" height=\"524\" \/><\/a><\/p><\/blockquote>\n<blockquote><p>Al pulsar sobre el boton &#8216;<b>Download&#8217; obtendremos <\/b>nuestras secuencias en formato multi-fasta:<\/p><\/blockquote>\n<div align=\"center\">\n<blockquote><p><a href=\"http:\/\/bioinfo2.ugr.es\/biocomputacion\/wp-content\/uploads\/2014\/01\/sshot-3.png\"><img loading=\"lazy\" class=\"alignnone size-full wp-image-1012\" alt=\"sshot-3\" src=\"http:\/\/bioinfo2.ugr.es\/biocomputacion\/wp-content\/uploads\/2014\/01\/sshot-3.png\" width=\"848\" height=\"392\" \/><\/a><\/p><\/blockquote>\n<\/div>\n<blockquote><p>Copiando\/pegando este multifasta en el Bloc de Notas, por ejemplo, podremos editar este archivo para poner el nombre adecuado a cada secuencia.<\/p><\/blockquote>\n<div align=\"left\">2. A partir del nombre de una prote\u00edna: rpe, rpoB, p53, etc.<\/div>\n<div align=\"left\"><\/div>\n<div align=\"left\">En este caso, utilizaremos una b\u00fasqueda con PubMed &#8211; Protein:<\/div>\n<div align=\"left\"><\/div>\n<div align=\"left\"><a href=\"http:\/\/bioinfo2.ugr.es\/biocomputacion\/wp-content\/uploads\/2014\/01\/sshot-4.png\"><img loading=\"lazy\" class=\"alignnone size-full wp-image-1011\" alt=\"sshot-4\" src=\"http:\/\/bioinfo2.ugr.es\/biocomputacion\/wp-content\/uploads\/2014\/01\/sshot-4.png\" width=\"347\" height=\"424\" \/><\/a><\/div>\n<div align=\"left\">A partir de aqu\u00ed, el proceso es similar al anterior. Se marcan las secuencias que nos interesen, se elige el formato FASTA en &#8216;Display Settings&#8217;, y con el bot\u00f3n &#8216;Send to&#8217; se crea un archivo multi-fasta con las secuencias.<\/div>\n","protected":false},"excerpt":{"rendered":"<p>Como hemos visto, para un alineamiento m\u00faltiple se necesitan tres o m\u00e1s secuencias de ADN o prote\u00ednas en formato multi-fasta. Hay dos posibilidades para recolectar estas secuencias: 1. A partir de una secuencia an\u00f3nima: MVKPIIAPSI LASDFANLGC ECHKVINAGA DWLHIDVMDG HFVPNITLGQ PIVTSLRRSV <a href=\"https:\/\/bioinfo2.ugr.es\/biocomputacion\/comparacion-de-secuencias\/alineamiento-multiple\/recoleccion-de-datos\/\" class=\"read-more\">Read More &#8230;<\/a><\/p>\n","protected":false},"author":1,"featured_media":0,"parent":348,"menu_order":4,"comment_status":"closed","ping_status":"closed","template":"","meta":[],"_links":{"self":[{"href":"https:\/\/bioinfo2.ugr.es\/biocomputacion\/wp-json\/wp\/v2\/pages\/408"}],"collection":[{"href":"https:\/\/bioinfo2.ugr.es\/biocomputacion\/wp-json\/wp\/v2\/pages"}],"about":[{"href":"https:\/\/bioinfo2.ugr.es\/biocomputacion\/wp-json\/wp\/v2\/types\/page"}],"author":[{"embeddable":true,"href":"https:\/\/bioinfo2.ugr.es\/biocomputacion\/wp-json\/wp\/v2\/users\/1"}],"replies":[{"embeddable":true,"href":"https:\/\/bioinfo2.ugr.es\/biocomputacion\/wp-json\/wp\/v2\/comments?post=408"}],"version-history":[{"count":5,"href":"https:\/\/bioinfo2.ugr.es\/biocomputacion\/wp-json\/wp\/v2\/pages\/408\/revisions"}],"predecessor-version":[{"id":1015,"href":"https:\/\/bioinfo2.ugr.es\/biocomputacion\/wp-json\/wp\/v2\/pages\/408\/revisions\/1015"}],"up":[{"embeddable":true,"href":"https:\/\/bioinfo2.ugr.es\/biocomputacion\/wp-json\/wp\/v2\/pages\/348"}],"wp:attachment":[{"href":"https:\/\/bioinfo2.ugr.es\/biocomputacion\/wp-json\/wp\/v2\/media?parent=408"}],"curies":[{"name":"wp","href":"https:\/\/api.w.org\/{rel}","templated":true}]}}