{"id":66,"date":"2013-05-29T21:09:52","date_gmt":"2013-05-29T19:09:52","guid":{"rendered":"http:\/\/bioinfo2.ugr.es\/biocomputacion\/?page_id=66"},"modified":"2013-09-30T15:28:24","modified_gmt":"2013-09-30T13:28:24","slug":"ejercicios1","status":"publish","type":"page","link":"https:\/\/bioinfo2.ugr.es\/biocomputacion\/bases-de-datos\/ejercicios1\/","title":{"rendered":"Ejercicios"},"content":{"rendered":"

Ejercicio 1<\/h4>\n
    \n
  1. Busque ‘hiv2ben’ en el NCBI<\/a><\/li>\n
  2. Ver\u00e1 que aparecen 2 registros en el apartado ‘Nucleotide sequences’<\/li>\n
  3. Pinche sobre ‘2’ y luego sobre ‘Human immunodeficiency virus type 2, complete proviral genome’. Se obtiene la entrada del HIV en formato GenBank.<\/li>\n
  4. Examine los primeros apartados de la anotaci\u00f3n: LOCUS, DEFINITION, ACCESSION… y sus distintos campos. Anote el n\u00famero de registro asignado a esta secuencia: U38293<\/li>\n
  5. Analice en detalle la tabla de FEATURES: gene, CDS, translation…<\/li>\n
  6. Busque la linea ORIGIN y preste atenci\u00f3n a la manera en que se lista la secuencia de nucle\u00f3tidos<\/li>\n
  7. Guarde en disco una copia de la entrada (Send –> Complete record –> File –> Format GenBank –> Create File) y elija una carpeta para guardarla. Despu\u00e9s enviese el archivo a su buz\u00f3n de correo.<\/li>\n<\/ol>\n

    Ejercicio 2<\/h4>\n
      \n
    1. Vuelva al principio de la entrada anterior y pinche en ‘FASTA’.<\/li>\n
    2. N\u00f3tese el formato compacto para la secuencia y la \u00fanica linea de anotaci\u00f3n comenzando por el s\u00edmbolo ‘>’<\/li>\n<\/ol>\n

      Ejercicio 3<\/h4>\n
        \n
      1. Pinche ahora en ‘Graphics’ y explore la secuencia con ayuda del navegador gr\u00e1fico<\/li>\n
      2. Haga zoom hasta el nivel de secuencia mediante el boton ‘AT<\/span>G’ y examine los codones de inicio y de stop de cada gen<\/li>\n
      3. Utilice el bot\u00f3n ‘Link to this page’ para obtener un enlace a esa p\u00e1gina (Tiny URL) y enviarlo a su buz\u00f3n de correo<\/li>\n<\/ol>\n

        Ejercicio 4<\/h4>\n
          \n
        1. Usando el numero de registro U38293, busque ahora esta secuencia en la base de datos de nucle\u00f3tidos del EMBL<\/a><\/li>\n
        2. Pinche en el enlace correspondiente en el apartado ‘Nucleotide sequences’ y examine la entrada en formato EMBL. Note las diferencias con el formato GenBank<\/li>\n
        3. Examine la entrada con el navegador integrado<\/li>\n
        4. En el panel ‘Overview’ cambie las coordenadas para examinar distintas partes de la secuencia<\/li>\n
        5. Pinchando con el bot\u00f3n derecho sobre el panel ‘Overview’, guarde una imagen de una regi\u00f3n de la secuencia y enviela a su buzon de correo<\/li>\n<\/ol>\n","protected":false},"excerpt":{"rendered":"

          Ejercicio 1 Busque ‘hiv2ben’ en el NCBI Ver\u00e1 que aparecen 2 registros en el apartado ‘Nucleotide sequences’ Pinche sobre ‘2’ y luego sobre ‘Human immunodeficiency virus type 2, complete proviral genome’. Se obtiene la entrada del HIV en formato GenBank. Read More …<\/a><\/p>\n","protected":false},"author":1,"featured_media":0,"parent":6,"menu_order":4,"comment_status":"closed","ping_status":"closed","template":"","meta":[],"_links":{"self":[{"href":"https:\/\/bioinfo2.ugr.es\/biocomputacion\/wp-json\/wp\/v2\/pages\/66"}],"collection":[{"href":"https:\/\/bioinfo2.ugr.es\/biocomputacion\/wp-json\/wp\/v2\/pages"}],"about":[{"href":"https:\/\/bioinfo2.ugr.es\/biocomputacion\/wp-json\/wp\/v2\/types\/page"}],"author":[{"embeddable":true,"href":"https:\/\/bioinfo2.ugr.es\/biocomputacion\/wp-json\/wp\/v2\/users\/1"}],"replies":[{"embeddable":true,"href":"https:\/\/bioinfo2.ugr.es\/biocomputacion\/wp-json\/wp\/v2\/comments?post=66"}],"version-history":[{"count":5,"href":"https:\/\/bioinfo2.ugr.es\/biocomputacion\/wp-json\/wp\/v2\/pages\/66\/revisions"}],"predecessor-version":[{"id":906,"href":"https:\/\/bioinfo2.ugr.es\/biocomputacion\/wp-json\/wp\/v2\/pages\/66\/revisions\/906"}],"up":[{"embeddable":true,"href":"https:\/\/bioinfo2.ugr.es\/biocomputacion\/wp-json\/wp\/v2\/pages\/6"}],"wp:attachment":[{"href":"https:\/\/bioinfo2.ugr.es\/biocomputacion\/wp-json\/wp\/v2\/media?parent=66"}],"curies":[{"name":"wp","href":"https:\/\/api.w.org\/{rel}","templated":true}]}}