Fluctuaci\u00f3n espacial de la composici\u00f3n: freak<\/i><\/b><\/a><\/h3>\nEste programa nos permite determinar la variaci\u00f3n espacial del %GC a lo largo de una secuencia<\/p>\n
\n- Determinar la fluctuaci\u00f3n del contenido en G+C a lo largo de esta secuencia: secuencia humana<\/a><\/li>\n
- Determinar la fluctuaci\u00f3n a lo largo de las secuencias anon2 y anon3.\n
\n- \u00bfQu\u00e9 diferencias podemos observar entre las secuencias del genoma humano y de la Bacteria?<\/li>\n
- \u00bfQue podr\u00edan representan las estructuras detectadas?<\/li>\n
- \u00bfComo se puede verificar la identidad de estas estructuras?<\/li>\n<\/ul>\n<\/li>\n<\/ul>\n
Ejemplo de uso:<\/strong><\/p>\n<\/div>\n<\/div>\n\n\nfreak -seqall anon3.txt -letters gc -outfile anon.freak -step 500 -window 1000\n<\/pre>\nCon salida gr\u00e1fica:<\/strong><\/p>\nfreak -seqall anon3.txt -letters gc -outfile anon.freak -step 500 -window 1000 -graph png -plot\n\n<\/pre>\n<\/div>\n\nAn\u00e1lisis de las frecuencias de k-meros: compseq<\/i><\/b><\/a><\/h3>\nLa composici\u00f3n de una secuencia de ADN se puede estudiar determinando las frecuencias de mononucle\u00f3tidos, dinucle\u00f3tidos, etc<\/p>\n
Para ello se usa una ventana movil que se va desplazando posici\u00f3n a posici\u00f3n a lo largo de la secuencia (Por ejemplo, para determinar la frecuencia de dinucle\u00f3tidos se usa una ventana de tama\u00f1o 2 y salto de 1:<\/p>\n
ATTCCGTGAACTG\u2026<\/p>\n
AT, TT, TC, CG, GT\u2026<\/p>\n
\n- Determinar las frecuencias de dinucle\u00f3tidos de esta secuencia an\u00f3nima (hsa)<\/a> y de la bacteria Thermus thermophilus<\/a><\/li>\n
- Determinar las frecuencias de dinucle\u00f3tidos de una secuencia de C. elegans mediante el navegador gen\u00f3mico de Santa Cruz<\/a><\/li>\n
- Comparar los resultados con los de una secuencia aleatorizada mediante suffleseq<\/a>.<\/li>\n<\/ul>\n
Cuestiones<\/strong><\/em><\/p>\n\n- \u00bfQu\u00e9 diferencias podemos observar entre la secuencia del genoma humano de de la Bacteria?\u00a0\u00bfA que se pueden deber estas diferencias?<\/li>\n
- \u00bfQue observamos en C. elegans<\/em>?\u00bfQu\u00e9 explicaci\u00f3n puede tener?<\/li>\n<\/ul>\n
\nUso de codones<\/span><\/h2>\nEs importante subrayar que los codones no se cuentan c\u00f3mo los trinucle\u00f3tidos. Estos \u00faltimos se cuentan mediante compseq <\/b><\/i>con una ventana solapante. Los codones son tambi\u00e9n trinucl\u00e9otidos, pero NO solapantes. Otra cuesti\u00f3n a tener en cuenta es que los codones hay que contarlos en la fase correcta. El recuento de codones hay que hacerlo pues con el programa cusp<\/b><\/i>. El uso de codones (o dialecto gen\u00e9tico) es especie-espec\u00edfico en organismos unicelulares y regi\u00f3n-espec\u00edfico en multicelulares.<\/p>\n\n- Tabla del c\u00f3digo gen\u00e9tico standard<\/a><\/li>\n
- CDS de la alfa-globina humana<\/a><\/li>\n
- cusp \u2013 EMBOSS<\/a><\/li>\n
- Codon Usage Database<\/a><\/li>\n
- Codon optimization: GenScript<\/a> GeneWiz<\/a><\/li>\n<\/ul>\n
Ejercicios<\/strong><\/p>\n\n- Analizar el uso de codones de la bacteria Thermus thermophilus<\/a>\n
\n- Obtener todas las secuencias de las CDS<\/li>\n
- Obtener el uso de codones mediante el programa CUSP<\/a><\/li>\n<\/ol>\n<\/li>\n
- Analizar el uso de codones en Mycoplasma capricolum<\/a><\/li>\n
- Usar la base de datos del NCBI: http:\/\/www.ncbi.nlm.nih.gov\/genome\/browse\/<\/a>\n
\n- Seleccionar una bacteria<\/li>\n
- Determinar el uso de codones y el G+C del genoma<\/li>\n<\/ol>\n<\/li>\n<\/ul>\n
Cuestiones<\/strong><\/p>\n\n- \u00bfA que se se pueden deber las diferencias en el contenido en G+C?<\/li>\n
- \u00bfPor que el G+C es tan diferente en las distintas posiciones del cod\u00f3n?<\/li>\n<\/ul>\n<\/div>\n\n
Patrones en el ADN<\/span><\/del><\/h2>\n\nExisten varias utilidades de EMBOSS para el descubrimiento de patrones (o motivos), tanto en el ADN (fuzznuc<\/b><\/a>) como en las prote\u00ednas (fuzzpro<\/a>, antigenic<\/b>).<\/del><\/p>\nUna manera visualizar estos patrones es mediante el llamado \u2018juego del caos\u2019. El programa de EMBOSS que permite obtener una representaci\u00f3n ca\u00f3tica de una secuencia de ADN es chaos<\/a>. Puede usar la secuencia de la regi\u00f3n de la beta-globina humana<\/a> para obtener su representaci\u00f3n ca\u00f3tica, y compararla con la imagen que se obtiene tras aleatorizar la secuencia mediante suffleseq<\/a>.<\/del><\/p>\n
\nMapas de restricci\u00f3n<\/span><\/del><\/h2>\nEl programa de EMBOSS restrict\u00a0<\/strong><\/em>permite obtener un listado de las dianas que presenta una secuencia problema de ADN para distintas enzimas de restricci\u00f3n. Se pueden especificar una o dos enzimas de restricci\u00f3n, o bien todas las enzimas de REBASE. Existen opciones para controlar los sitios que se quieren obtener y para elegir el formato de salida.<\/del><\/p>\n<\/div>\n<\/div>\n<\/div>\n<\/p>\n
Resultados<\/a><\/h2>\n","protected":false},"excerpt":{"rendered":"A partir de una secuencia de ADN podemos calcular una serie de propiedades composicionales que nos pueden facilitar informaci\u00f3n valida acerca de la secuencia e incluso del organismo del que proviene. El contenido en G+C de una secuencia es simplemente la fracci\u00f3n de guaninas y citosinas sobre el total de las 4 bases (en ausencia … Continue reading
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- \u00bfQu\u00e9 diferencias podemos observar entre las secuencias del genoma humano y de la Bacteria?<\/li>\n
- \u00bfQue podr\u00edan representan las estructuras detectadas?<\/li>\n
- \u00bfComo se puede verificar la identidad de estas estructuras?<\/li>\n<\/ul>\n<\/li>\n<\/ul>\n
Ejemplo de uso:<\/strong><\/p>\n<\/div>\n<\/div>\n
\n\nfreak -seqall anon3.txt -letters gc -outfile anon.freak -step 500 -window 1000\n<\/pre>\n
Con salida gr\u00e1fica:<\/strong><\/p>\n
freak -seqall anon3.txt -letters gc -outfile anon.freak -step 500 -window 1000 -graph png -plot\n\n<\/pre>\n<\/div>\n
\nAn\u00e1lisis de las frecuencias de k-meros: compseq<\/i><\/b><\/a><\/h3>\n
La composici\u00f3n de una secuencia de ADN se puede estudiar determinando las frecuencias de mononucle\u00f3tidos, dinucle\u00f3tidos, etc<\/p>\n
Para ello se usa una ventana movil que se va desplazando posici\u00f3n a posici\u00f3n a lo largo de la secuencia (Por ejemplo, para determinar la frecuencia de dinucle\u00f3tidos se usa una ventana de tama\u00f1o 2 y salto de 1:<\/p>\n
ATTCCGTGAACTG\u2026<\/p>\n
AT, TT, TC, CG, GT\u2026<\/p>\n
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- Determinar las frecuencias de dinucle\u00f3tidos de esta secuencia an\u00f3nima (hsa)<\/a> y de la bacteria Thermus thermophilus<\/a><\/li>\n
- Determinar las frecuencias de dinucle\u00f3tidos de una secuencia de C. elegans mediante el navegador gen\u00f3mico de Santa Cruz<\/a><\/li>\n
- Comparar los resultados con los de una secuencia aleatorizada mediante suffleseq<\/a>.<\/li>\n<\/ul>\n
Cuestiones<\/strong><\/em><\/p>\n
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- \u00bfQu\u00e9 diferencias podemos observar entre la secuencia del genoma humano de de la Bacteria?\u00a0\u00bfA que se pueden deber estas diferencias?<\/li>\n
- \u00bfQue observamos en C. elegans<\/em>?\u00bfQu\u00e9 explicaci\u00f3n puede tener?<\/li>\n<\/ul>\n
\nUso de codones<\/span><\/h2>\n
Es importante subrayar que los codones no se cuentan c\u00f3mo los trinucle\u00f3tidos. Estos \u00faltimos se cuentan mediante compseq <\/b><\/i>con una ventana solapante. Los codones son tambi\u00e9n trinucl\u00e9otidos, pero NO solapantes. Otra cuesti\u00f3n a tener en cuenta es que los codones hay que contarlos en la fase correcta. El recuento de codones hay que hacerlo pues con el programa cusp<\/b><\/i>. El uso de codones (o dialecto gen\u00e9tico) es especie-espec\u00edfico en organismos unicelulares y regi\u00f3n-espec\u00edfico en multicelulares.<\/p>\n
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- Tabla del c\u00f3digo gen\u00e9tico standard<\/a><\/li>\n
- CDS de la alfa-globina humana<\/a><\/li>\n
- cusp \u2013 EMBOSS<\/a><\/li>\n
- Codon Usage Database<\/a><\/li>\n
- Codon optimization: GenScript<\/a> GeneWiz<\/a><\/li>\n<\/ul>\n
Ejercicios<\/strong><\/p>\n
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- Analizar el uso de codones de la bacteria Thermus thermophilus<\/a>\n
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- Obtener todas las secuencias de las CDS<\/li>\n
- Obtener el uso de codones mediante el programa CUSP<\/a><\/li>\n<\/ol>\n<\/li>\n
- Analizar el uso de codones en Mycoplasma capricolum<\/a><\/li>\n
- Usar la base de datos del NCBI: http:\/\/www.ncbi.nlm.nih.gov\/genome\/browse\/<\/a>\n
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- Seleccionar una bacteria<\/li>\n
- Determinar el uso de codones y el G+C del genoma<\/li>\n<\/ol>\n<\/li>\n<\/ul>\n
Cuestiones<\/strong><\/p>\n
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- \u00bfA que se se pueden deber las diferencias en el contenido en G+C?<\/li>\n
- \u00bfPor que el G+C es tan diferente en las distintas posiciones del cod\u00f3n?<\/li>\n<\/ul>\n<\/div>\n\n
Patrones en el ADN<\/span><\/del><\/h2>\n\nExisten varias utilidades de EMBOSS para el descubrimiento de patrones (o motivos), tanto en el ADN (fuzznuc<\/b><\/a>) como en las prote\u00ednas (fuzzpro<\/a>, antigenic<\/b>).<\/del><\/p>\nUna manera visualizar estos patrones es mediante el llamado \u2018juego del caos\u2019. El programa de EMBOSS que permite obtener una representaci\u00f3n ca\u00f3tica de una secuencia de ADN es chaos<\/a>. Puede usar la secuencia de la regi\u00f3n de la beta-globina humana<\/a> para obtener su representaci\u00f3n ca\u00f3tica, y compararla con la imagen que se obtiene tras aleatorizar la secuencia mediante suffleseq<\/a>.<\/del><\/p>\n
\nMapas de restricci\u00f3n<\/span><\/del><\/h2>\nEl programa de EMBOSS restrict\u00a0<\/strong><\/em>permite obtener un listado de las dianas que presenta una secuencia problema de ADN para distintas enzimas de restricci\u00f3n. Se pueden especificar una o dos enzimas de restricci\u00f3n, o bien todas las enzimas de REBASE. Existen opciones para controlar los sitios que se quieren obtener y para elegir el formato de salida.<\/del><\/p>\n<\/div>\n<\/div>\n<\/div>\n<\/p>\n
Resultados<\/a><\/h2>\n","protected":false},"excerpt":{"rendered":"
A partir de una secuencia de ADN podemos calcular una serie de propiedades composicionales que nos pueden facilitar informaci\u00f3n valida acerca de la secuencia e incluso del organismo del que proviene. El contenido en G+C de una secuencia es simplemente la fracci\u00f3n de guaninas y citosinas sobre el total de las 4 bases (en ausencia … Continue reading
- Analizar el uso de codones en Mycoplasma capricolum<\/a><\/li>\n
- CDS de la alfa-globina humana<\/a><\/li>\n
- Tabla del c\u00f3digo gen\u00e9tico standard<\/a><\/li>\n
- Determinar las frecuencias de dinucle\u00f3tidos de una secuencia de C. elegans mediante el navegador gen\u00f3mico de Santa Cruz<\/a><\/li>\n
- Determinar las frecuencias de dinucle\u00f3tidos de esta secuencia an\u00f3nima (hsa)<\/a> y de la bacteria Thermus thermophilus<\/a><\/li>\n