{"id":1159,"date":"2015-05-09T13:49:51","date_gmt":"2015-05-09T11:49:51","guid":{"rendered":"https:\/\/bioinfo2.ugr.es\/bioinfo\/?page_id=1159"},"modified":"2015-05-09T14:30:26","modified_gmt":"2015-05-09T12:30:26","slug":"micrornas","status":"publish","type":"page","link":"https:\/\/bioinfo2.ugr.es\/bioinfo\/micrornas\/","title":{"rendered":"microRNAs"},"content":{"rendered":"<div><\/div>\n<div>\n<p><span style=\"font-family: tahoma, arial, helvetica, sans-serif; font-size: large;\"><b>microRNA: determinar los perfiles de expresi\u00f3n mediante secuenciaci\u00f3n masiva<\/b><\/span><\/p>\n<p>&nbsp;<\/p>\n<p><b>Objetivo:<\/b><\/p>\n<p>En esta sesi\u00f3n vamos a analizar algunas propiedades de los microRNAs. Vamos a aprender c\u00f3mo (i) usar la base de datos miRBase, (ii) analizar los patrones de conservaci\u00f3n de los microRNAs, (iii) detectar los niveles de expresi\u00f3n y los microRNAs que se expresan de forma diferencial entre dos condiciones.<\/p>\n<p>&nbsp;<\/p>\n<p><b>Programas que vamos a necesitar<\/b><\/p>\n<p>El editor de texto: <a href=\"http:\/\/notepad-plus-plus.org\/download\/v6.2.3.html\">Notepad++<\/a><\/p>\n<p><b>Informaci\u00f3n general<\/b><\/p>\n<p>La base de datos m\u00e1s importante referente a los microRNA se llama <a href=\"http:\/\/www.mirbase.org\/\">miRBase<\/a>. Podemos descargar todas las secuencias de los microRNA, buscar informaci\u00f3n acerca de uno en concreto o en funci\u00f3n de la especie.<\/p>\n<p><b><i>Cuestiones:<\/i><\/b><\/p>\n<ul>\n<li>Los nombres de los microRNA maduros del microRNA asignado<\/li>\n<li>Secuencias del pre-microRNA y de los microRNAs maduros<\/li>\n<li>\u00bfcual de los microRNAs maduros es el funcional (5p o 3p)?<\/li>\n<\/ul>\n<p>&nbsp;<\/p>\n<p>&nbsp;<\/p>\n<p><b>Detectar los perfiles de expresi\u00f3n y expresi\u00f3n diferencial<\/b><\/p>\n<p>Para detectar los perfiles de expresi\u00f3n de los microRNAs y la posible expresi\u00f3n diferencial usaremos el programa <a href=\"http:\/\/bioinfo5.ugr.es\/srnatoolbox\/srnabench\" target=\"_blank\">sRNAbench<\/a><\/p>\n<p>Usaremos datos de c\u00e1ncer de mama para comprobar cu\u00e1les de los ocomiRs que estamos analizando se expresan de forma diferencial entre el tejido sano y el canceroso. La descripci\u00f3n de los datos podemos encontrar <a href=\"http:\/\/www.ncbi.nlm.nih.gov\/geo\/query\/acc.cgi?acc=GSE39162\">aqu\u00ed<\/a>.<\/p>\n<p>No tenemos que descargar los datos, podemos facilitar directamente un enlace:<\/p>\n<p>Por ejemplo para los datos con ID: SRR518946<br \/>\nftp:\/\/ftp-trace.ncbi.nih.gov\/sra\/sra-instant\/reads\/ByRun\/sra\/SRR\/SRR518\/SRR518946\/SRR518946.sra<\/p>\n<p>&nbsp;<\/p>\n<p>IDs de los procesos de prueba:<\/p>\n<p>JDXCE500DPI8QZZ:NOW8PTCSXGDGOOF:LPCUAXR1XW5GI2V#BYLZKUGOXLIVVZP:8ZSDIBIWM8E6BCP:UT013BRQTGP8W41<\/p>\n<p>Adenoma#Carcinoma<\/p>\n<p><b><i>Cuestiones:<\/i><\/b><\/p>\n<ul>\n<li>\u00bfCu\u00e1ntos isomiRs tiene el microRNA?<\/li>\n<li>\u00bfLa secuencia anotada en miRBase es la m\u00e1s frecuente en el an\u00e1lisis?<\/li>\n<li>\u00bfQu\u00e9 es el nivel de expresi\u00f3n del microRNA en la muestra analizada?<\/li>\n<li>\u00bfEl microRNA muestra expresi\u00f3n diferencial?<\/li>\n<\/ul>\n<p>&nbsp;<\/p>\n<p><b>An\u00e1lisis Funcional<\/b><\/p>\n<p>Para detectar t\u00e9rminos funcionales de los microRNAs que se sobre o infra-expresan podemos usar el programa <a href=\"http:\/\/diana.imis.athena-innovation.gr\/DianaTools\/index.php?r=mirpath\/index\" target=\"_blank\">miRPath<\/a><br \/>\n<b><i>Cuestiones:<\/i><\/b><\/p>\n<ul>\n<li>\u00bfEn que rutas los target genes estan sobrerepresentados?<\/li>\n<li>\u00bfQue genes est\u00e1n regulados en estas rutas?<\/li>\n<\/ul>\n<\/div>\n<p>&nbsp;<\/p>\n<p><b>Conservaci\u00f3n \/ regi\u00f3n del seed <\/b><\/p>\n<p>Fichero de prueba <a href=\"https:\/\/bioinfo2.ugr.es\/datosAsignaturas\/mir-139_fam.fa\" target=\"_blank\">miR-139<\/a><\/p>\n<blockquote><p>Descargamos el fichero de familias (<a href=\"http:\/\/www.mirbase.org\/ftp.shtml\">en la secci\u00f3n de descargas<\/a>) o directamente de este enlace (<a href=\"https:\/\/bioinfo2.ugr.es\/datosAsignaturas\/miFam19.txt\" target=\"_blank\">miFam.txt<\/a>).<\/p>\n<p>Buscamos la familia miR-139 una y descargamos (mediante la opci\u00f3n de \u2018search\u2019 &amp; \u2018Get sequence\u2019) las secuencias de 5 miembros de la familia (en 5 especies diferentes) poniendo las secuencias en un fichero multifasta.<\/p>\n<p>Mediante el programa <a href=\"http:\/\/www.ebi.ac.uk\/Tools\/msa\/clustalw2\/\">ClustalW2<\/a> podemos alinear las secuencias y determinar las regiones conservadas.<\/p><\/blockquote>\n<p>&nbsp;<\/p>\n<p><b><i>Cuestiones:<\/i><\/b><\/p>\n<ul>\n<li>\u00bfCu\u00e1les son las regiones m\u00e1s conservadas en los alineamientos?<\/li>\n<li>\u00bfCu\u00e1ntas substituciones se observa en el pre-microRNA, microRNA maduro, regi\u00f3n del seed?<\/li>\n<li>\u00bfCu\u00e1l es la especie evolutivamente m\u00e1s alejado de los humanos en la que se encuentra el microRNA asignado al alumno?<\/li>\n<\/ul>\n<p>&nbsp;<\/p>\n<p>&nbsp;<\/p>\n","protected":false},"excerpt":{"rendered":"<p>microRNA: determinar los perfiles de expresi\u00f3n mediante secuenciaci\u00f3n masiva &nbsp; Objetivo: En esta sesi\u00f3n vamos a analizar algunas propiedades de los microRNAs. Vamos a aprender c\u00f3mo (i) usar la base de datos miRBase, (ii) analizar los patrones de conservaci\u00f3n de los microRNAs, (iii) detectar los niveles de expresi\u00f3n y los microRNAs que se expresan de &hellip; <a href=\"https:\/\/bioinfo2.ugr.es\/bioinfo\/micrornas\/\">Continue reading <span class=\"meta-nav\">&rarr;<\/span><\/a><\/p>\n","protected":false},"author":1,"featured_media":0,"parent":0,"menu_order":0,"comment_status":"closed","ping_status":"closed","template":"","meta":[],"_links":{"self":[{"href":"https:\/\/bioinfo2.ugr.es\/bioinfo\/wp-json\/wp\/v2\/pages\/1159"}],"collection":[{"href":"https:\/\/bioinfo2.ugr.es\/bioinfo\/wp-json\/wp\/v2\/pages"}],"about":[{"href":"https:\/\/bioinfo2.ugr.es\/bioinfo\/wp-json\/wp\/v2\/types\/page"}],"author":[{"embeddable":true,"href":"https:\/\/bioinfo2.ugr.es\/bioinfo\/wp-json\/wp\/v2\/users\/1"}],"replies":[{"embeddable":true,"href":"https:\/\/bioinfo2.ugr.es\/bioinfo\/wp-json\/wp\/v2\/comments?post=1159"}],"version-history":[{"count":5,"href":"https:\/\/bioinfo2.ugr.es\/bioinfo\/wp-json\/wp\/v2\/pages\/1159\/revisions"}],"predecessor-version":[{"id":1169,"href":"https:\/\/bioinfo2.ugr.es\/bioinfo\/wp-json\/wp\/v2\/pages\/1159\/revisions\/1169"}],"wp:attachment":[{"href":"https:\/\/bioinfo2.ugr.es\/bioinfo\/wp-json\/wp\/v2\/media?parent=1159"}],"curies":[{"name":"wp","href":"https:\/\/api.w.org\/{rel}","templated":true}]}}