{"id":12,"date":"2013-05-29T20:29:56","date_gmt":"2013-05-29T18:29:56","guid":{"rendered":"https:\/\/bioinfo2.ugr.es\/bioinfo\/?page_id=12"},"modified":"2024-02-05T09:15:27","modified_gmt":"2024-02-05T07:15:27","slug":"comparacion-de-secuencias","status":"publish","type":"page","link":"https:\/\/bioinfo2.ugr.es\/bioinfo\/comparacion-de-secuencias\/","title":{"rendered":"Alineamiento m\u00faltiple: filogenia molecular"},"content":{"rendered":"\n<p>Un alineamiento m\u00faltiple consiste en alinear tres o m\u00e1s secuencias a la vez. El resultado es una \u2018pila\u2019 de secuencias alineadas de la que se pueden inferir relaciones evolutivas o funcionales.<\/p>\n\n\n\n<h2><\/h2>\n\n\n\n<h2>Datos de ejemplo<\/h2>\n\n\n\n<ul><li><a href=\"https:\/\/bioinfo2.ugr.es\/bioinfo\/wp-content\/uploads\/2022\/01\/insulin_wo.txt\">Preproinsulina<\/a><\/li><li><a href=\"https:\/\/bioinfo2.ugr.es\/bioinfo\/wp-content\/uploads\/2022\/01\/insulin.txt\">Preproinsulina (con especies a\u00f1adidas)<\/a><\/li><li><a href=\"https:\/\/bioinfo2.ugr.es\/bioinfo\/wp-content\/uploads\/2022\/01\/ins_cds.txt\">Insulina (CDS)<\/a><\/li><li><a href=\"https:\/\/bioinfo2.ugr.es\/bioinfo\/wp-content\/uploads\/2022\/01\/spike_5.txt\">Spike protein<\/a>\n<ul>\n<li>Comparar los resultados con este <a href=\"https:\/\/www.ncbi.nlm.nih.gov\/pmc\/articles\/PMC7095063\/\" target=\"_blank\" rel=\"noopener\">art\u00edculo<\/a><\/li>\n<li>O <a href=\"https:\/\/elpais.com\/especiales\/coronavirus-covid-19\/el-genoma-del-nuevo-coronavirus\/\">\u00e9ste<\/a><\/li>\n<\/ul>\n<\/li><li><a href=\"https:\/\/bioinfo2.ugr.es\/bioinfo\/wp-content\/uploads\/2022\/01\/alus_small.txt\">Secuencias de diferentes familias de Alus<\/a><\/li><\/ul>\n\n\n\n<h2><span id=\"Programa_CLUSTAL\">Programas de alineamiento m\u00faltiple<br><\/span><\/h2>\n\n\n\n<ul><li><a href=\"https:\/\/www.ebi.ac.uk\/jdispatcher\/msa\/muscle\">MUSCLE<\/a><\/li><li><a href=\"https:\/\/www.ebi.ac.uk\/jdispatcher\/msa\/clustalo\" target=\"_blank\" rel=\"noreferrer noopener\">Clustal Omega<\/a><\/li><li><a href=\"https:\/\/www.ebi.ac.uk\/jdispatcher\/phylogeny\/simple_phylogeny\">CLUSTALW2 \u2013 Filogenia<\/a><\/li><\/ul>\n\n\n\n<h2><span id=\"Otros_programas_para_representar_filogenias\">Programas para representar filogenias<\/span><\/h2>\n\n\n\n<div>\n<ul>\n<li><a href=\"http:\/\/iubio.bio.indiana.edu\/treeapp\/treeprint-form.html\" target=\"_blank\" rel=\"noopener noreferrer\">Phylodendron \u2013 IUBio Indiana<\/a><\/li>\n<li><a href=\"http:\/\/www.trex.uqam.ca\/index.php?action=newick&amp;project=trex\" target=\"_blank\" rel=\"noopener noreferrer\">Newick viewer<\/a><\/li>\n<li><a href=\"http:\/\/bioinfo2.ugr.es\/phylowidget_project\/web\/\" target=\"_blank\" rel=\"noopener noreferrer\">PhyloWidget<\/a><\/li>\n<li><a href=\"http:\/\/sticklebrowser.stanford.edu\/cgi-bin\/phyloGif\" target=\"_blank\" rel=\"noopener noreferrer\">phyloGif<\/a><\/li>\n<li><a href=\"http:\/\/journals.plos.org\/plosone\/article?id=10.1371\/journal.pone.0008934\" target=\"_blank\" rel=\"noopener noreferrer\">TreeVector<\/a><\/li>\n<li><a href=\"https:\/\/itol.embl.de\/\" target=\"_blank\" rel=\"noopener noreferrer\">iToL<\/a><\/li>\n<li><a href=\"http:\/\/www.onezoom.org\/\" target=\"_blank\" rel=\"noopener noreferrer\">OneZoom Tree of Life Explorer<\/a>\n<ul>\n<li><a href=\"http:\/\/www.onezoom.org\/OneZoom\/static\/OZLegacy\/OZ_VPX361_mammals.htm\" target=\"_blank\" rel=\"noopener noreferrer\">Explore sus datos<\/a><\/li>\n<li><a href=\"http:\/\/bioinfo2.ugr.es\/PDFsClase\/biocomputacion\/OneZoom_journal.pbio.1001406.pdf\" target=\"_blank\" rel=\"noopener noreferrer\">Art\u00edculo<\/a><\/li>\n<\/ul>\n<\/li>\n<\/ul>\n<hr \/>\n<h2><span id=\"Recoleccion_de_datos\">Recolecci\u00f3n de datos<\/span><\/h2>\n<div class=\"entry-content clearfix\">\n<p>Como hemos visto, para un alineamiento m\u00faltiple se necesitan tres o m\u00e1s secuencias de ADN o prote\u00ednas en formato multi-fasta.<\/p>\n<p>Hay dos posibilidades para recolectar estas secuencias:<\/p>\n<p>1. A partir de una secuencia an\u00f3nima:<\/p>\n<blockquote>\n<p>MVKPIIAPSI LASDFANLGC ECHKVINAGA DWLHIDVMDG HFVPNITLGQ PIVTSLRRSV<br \/>PRPGDASNTE KKPTAFFDCH MMVENPEKWV DDFAKCGADQ FTFHYEATQD PLHLVKLIKS<br \/>KGIKAACAIK PGTSVDVLFE LAPHLDMALV MTVEPGFGGQ KFMEDMMPKV ETLRAKFPHL<br \/>NIQVDGGLGK ETIPKAAKAG ANVIVAGTSV FTAADPHDVI SFMKEEVSKE LRSRDLLD<\/p>\n<\/blockquote>\n<blockquote>\n<p>En este caso se usa <a href=\"http:\/\/www.ebi.ac.uk\/Tools\/sss\/fasta\/\" target=\"_blank\" rel=\"noopener noreferrer\">FASTA <\/a>para obtener las secuencias m\u00e1s relacionadas con esta secuencia problema. Marcaremos aquellas secuencias en las que estemos interesados:<\/p>\n<\/blockquote>\n<figure><a href=\"http:\/\/bioinfo2.ugr.es\/bioinfo\/wp-content\/uploads\/2014\/01\/sshot-2.png\"><img loading=\"lazy\" class=\"alignnone size-full wp-image-1061\" src=\"http:\/\/bioinfo2.ugr.es\/bioinfo\/wp-content\/uploads\/2014\/01\/sshot-2.png\" alt=\"sshot-2\" width=\"728\" height=\"524\" \/><\/a><\/figure>\n<div align=\"left\">\u00a0<\/div>\n<blockquote>\n<p>Al pulsar sobre el boton \u2018<b>Download\u2019 obtendremos <\/b>nuestras secuencias en formato multi-fasta:<\/p>\n<\/blockquote>\n<div align=\"center\">\n<blockquote>\n<figure><a href=\"http:\/\/bioinfo2.ugr.es\/bioinfo\/wp-content\/uploads\/2014\/01\/sshot-3.png\"><img loading=\"lazy\" class=\"alignnone size-full wp-image-1060\" src=\"http:\/\/bioinfo2.ugr.es\/bioinfo\/wp-content\/uploads\/2014\/01\/sshot-3.png\" alt=\"sshot-3\" width=\"848\" height=\"392\" \/><\/a><\/figure>\n<\/blockquote>\n<\/div>\n<blockquote>\n<p>Copiando\/pegando este multifasta en el Bloc de Notas, por ejemplo, podremos editar este archivo para poner el nombre adecuado a cada secuencia.<\/p>\n<\/blockquote>\n<div align=\"left\">2. A partir del nombre de una prote\u00edna: rpe, rpoB, p53, etc.<\/div>\n<div align=\"left\">En este caso, utilizaremos una b\u00fasqueda en <a href=\"http:\/\/www.ncbi.nlm.nih.gov\/\" target=\"_blank\" rel=\"noopener noreferrer\">NCBI <\/a>\u2013 Protein:<\/div>\n<figure><a href=\"http:\/\/bioinfo2.ugr.es\/bioinfo\/wp-content\/uploads\/2014\/01\/sshot-4.png\"><img loading=\"lazy\" class=\"alignnone size-full wp-image-1059\" src=\"http:\/\/bioinfo2.ugr.es\/bioinfo\/wp-content\/uploads\/2014\/01\/sshot-4.png\" alt=\"sshot-4\" width=\"347\" height=\"424\" \/><\/a><\/figure>\n<div align=\"left\">\u00a0<\/div>\n<div align=\"left\">A partir de aqu\u00ed, el proceso es similar al anterior. Se marcan las secuencias que nos interesen, se elige el formato FASTA en \u2018Display Settings\u2019, y con el bot\u00f3n \u2018Send to\u2019 se crea un archivo multi-fasta con las secuencias.<\/div>\n<div align=\"left\">\u00a0<\/div>\n<hr \/>\n<h2 align=\"left\"><span id=\"Ejercicio\">Ejercicio<\/span><\/h2>\n<div align=\"left\">\n<div class=\"entry-content clearfix\">\n<p>Se trata de generar una filogenia utilizando alguna prote\u00edna que sea de inter\u00e9s: rpe, rpoB, p53, etc.<\/p>\n<ol>\n<li>Recolecte los datos para hacer un alineamiento m\u00faltiple de la manera que se ha visto en el apartado \u2018Recolecci\u00f3n de datos\u2019.<\/li>\n<li>Una vez obtenido y formateado adecuadamente el archivo multi-fasta, utilice MUSCLE para obtener el alineamiento m\u00faltiple.<\/li>\n<li>Copie el alineamiento m\u00faltiple obtenido, y util\u00edcelo como datos para generar una filogenia mediante \u2018ClustalW2 \u2013 Filogenia\u2019.<\/li>\n<li>Recuerde poner en \u2018on\u2019 las pesta\u00f1as \u2018Distance correction\u2019 y \u2018Exclude Gaps\u2019.<\/li>\n<li>Copie el arbol resultante (en formato Newick o de par\u00e9ntesis anidados), y represente la filogenia mediante Phylodendron, PhyloWidget, phyloGif, OneZoom\u2026<\/li>\n<\/ol>\n<\/div>\n<p>\u00a0<\/p>\n<\/div>\n<\/div>\n<\/div>\n","protected":false},"excerpt":{"rendered":"<p>Un alineamiento m\u00faltiple consiste en alinear tres o m\u00e1s secuencias a la vez. 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