{"id":13,"date":"2013-05-29T20:30:21","date_gmt":"2013-05-29T18:30:21","guid":{"rendered":"https:\/\/bioinfo2.ugr.es\/bioinfo\/?page_id=13"},"modified":"2024-01-19T13:37:57","modified_gmt":"2024-01-19T11:37:57","slug":"prediccion-de-genes","status":"publish","type":"page","link":"https:\/\/bioinfo2.ugr.es\/bioinfo\/prediccion-de-genes\/","title":{"rendered":"Predicci\u00f3n de genes"},"content":{"rendered":"<h2><span id=\"Estrategias_para_la_bsqueda_computacional_de_genes\">Estrategias para la b\u00fasqueda computacional de genes<\/span><\/h2>\n<p>Directa<\/p>\n<ul>\n<li>Emparejamiento m\u00e1s o menos exacto con EST, \u00a0cDNA o prote\u00ednas del mismo organismo o de otros relacionados<\/li>\n<\/ul>\n<p>Indirecta<\/p>\n<ul>\n<li>Homolog\u00eda con otros genes conocidos<\/li>\n<li>B\u00fasqueda de algo que se parece a un modelo te\u00f3rico de gen (ab initio)<\/li>\n<li>H\u00edbrida, combinando homolog\u00eda y b\u00fasqueda ab initio (y quizas tambi\u00e9n evidencia experimental)<\/li>\n<\/ul>\n<h2><span id=\"Qu_podemos_medir_para_predecir_genes\">\u00bfQu\u00e9 podemos medir para predecir genes?<\/span><\/h2>\n<p>No existe a\u00fan la herramienta perfecta para predecir genes: todo se basa en \u2018se\u00f1ales d\u00e9biles\u2019.<\/p>\n<p>Genes codificadores de prote\u00ednas:<\/p>\n<ul>\n<li>ORFs (Open Reading Frames)<\/li>\n<li>Uso de codones<\/li>\n<li>Frecuencias de nucle\u00f3tidos y correlaciones<\/li>\n<\/ul>\n<p>Sitios funcionales:<\/p>\n<ul>\n<li>Sitios de splicing, promotores, UTRs, sitios de poliadenilaci\u00f3n<\/li>\n<\/ul>\n<h2>Datos de ejemplo<\/h2>\n<div class=\"entry-content clearfix\">\n<ul>\n<li><a href=\"http:\/\/www.ebi.ac.uk\/Tools\/dbfetch\/dbfetch?db=embl&amp;id=U00096&amp;style=raw\" target=\"_blank\" rel=\"noopener\">Genoma de <i>E. coli<\/i><\/a><\/li>\n<li><a href=\"http:\/\/www.ncbi.nlm.nih.gov\/nuccore\/157843848?report=genbank\">Genome de <em>Rickettsia massiliae<\/em>\u00a0 <\/a><\/li>\n<li><a href=\"http:\/\/genome.ucsc.edu\/cgi-bin\/hgc?hgsid=223291837&amp;g=htcGetDna2&amp;table=&amp;i=mixed&amp;o=181421796&amp;l=181421796&amp;r=181480885&amp;getDnaPos=chr1%3A181%2C421%2C797-181%2C480%2C885&amp;db=hg18&amp;hgSeq.cdsExon=1&amp;hgSeq.padding5=0&amp;hgSeq.padding3=0&amp;hgSeq.casing=upper&amp;boolshad.hgSeq.maskRepeats=0&amp;hgSeq.repMasking=lower&amp;boolshad.hgSeq.revComp=0&amp;submit=get+DNA\" target=\"_blank\" rel=\"noopener\">Gen LAMC2 (secuencia)<\/a><\/li>\n<li><a href=\"http:\/\/genome.ucsc.edu\/cgi-bin\/hgTracks?clade=mammal&amp;org=Human&amp;db=hg18&amp;position=chr1%3A181421797-181480885&amp;hgt.suggest=&amp;pix=800&amp;Submit=submit&amp;hgsid=180879233\" target=\"_blank\" rel=\"noopener\">Gen LAMC2 (mapa en UCSC)<\/a><\/li>\n<li><a href=\"http:\/\/www.ebi.ac.uk\/ena\/data\/view\/U23808&amp;display=fasta\" target=\"_blank\" rel=\"noopener\">Rodopsina de <i>Xenopus<\/i><\/a><\/li>\n<li>Region gen\u00f3mica de hg19: (chrY:2,654,671-2,656,016)<\/li>\n<li><a href=\"https:\/\/bioinfo2.ugr.es\/bioinfo\/wp-content\/uploads\/2018\/01\/secuencia_anonima_ORFfinder.txt\" target=\"_blank\" rel=\"noopener\">Secuencia an\u00f3nima (ORFfinder)<\/a><\/li>\n<li><a href=\"https:\/\/bioinfo2.ugr.es\/bioinfo\/wp-content\/uploads\/2018\/01\/secuencia_anonima_multiExon.txt\" target=\"_blank\" rel=\"noopener\">Secuencia an\u00f3nima (multi exon)<\/a><\/li>\n<\/ul>\n<hr \/>\n<h2>Predicci\u00f3n de ORFs<\/h2>\n<div class=\"entry-content clearfix\">\n<p>La primera tarea para predecir genes en una secuencia an\u00f3nima es localizar los marcos abiertos de lectura, es decir segmentos de ADN libres de codones de stop en alguna de las fases (Open Reading Frames, ORFs).<\/p>\n<ul>\n<li><a href=\"https:\/\/www.ncbi.nlm.nih.gov\/orffinder\/\" target=\"_blank\" rel=\"noopener\">ORF Finder<\/a> \u2013 NCBI, USA<\/li>\n<li><a href=\"http:\/\/www.nih.go.jp\/%7Ejun\/cgi-bin\/frameplot.pl\" target=\"_blank\" rel=\"noopener\">FramePlot <\/a>&#8211; NIH, Jap\u00f3n<\/li>\n<\/ul>\n<p>Para practicar con estos programas, utilizaremos:<\/p>\n<ul>\n<li><a href=\"https:\/\/bioinfo2.ugr.es\/bioinfo\/wp-content\/uploads\/2018\/01\/secuencia_anonima_ORFfinder.txt\" target=\"_blank\" rel=\"noopener\">Secuencia an\u00f3nima (ORFfinder)<\/a><\/li>\n<li>Las primeras 10 kbp de <a href=\"http:\/\/www.ebi.ac.uk\/Tools\/dbfetch\/dbfetch?db=embl&amp;id=U00096&amp;style=raw\" target=\"_blank\" rel=\"noopener\"><i>E. coli<\/i><\/a>. Compararemos los resultados con la propia anotaci\u00f3n de este genoma.<\/li>\n<\/ul>\n<hr \/>\n<h2>Genes procari\u00f3ticos<\/h2>\n<div class=\"entry-content clearfix\">\n<ul>\n<li><a href=\"http:\/\/exon.gatech.edu\/GeneMark\/genemarks2.cgi\" target=\"_blank\" rel=\"noopener\">GeneMarkS-2<\/a><\/li>\n<li><a href=\"http:\/\/exon.gatech.edu\/GeneMark\/heuristic_gmhmmp.cgi\" target=\"_blank\" rel=\"noopener\">GeneMark.hmm<\/a> \u2013 Atlanta, USA<\/li>\n<li><a href=\"http:\/\/nar.oxfordjournals.org\/cgi\/content\/full\/26\/4\/1107\" target=\"_blank\" rel=\"noopener\">Art\u00edculo<\/a><\/li>\n<\/ul>\n<p>Para practicar con este programa, utilizaremos las primeras 10 kbp de <a href=\"http:\/\/www.ebi.ac.uk\/Tools\/dbfetch\/dbfetch?db=embl&amp;id=U00096&amp;style=raw\" target=\"_blank\" rel=\"noopener\"><i>E. coli<\/i><\/a>. Posteriormente, podemos explorar otras regiones.<\/p>\n<h2>Genes nocodificantes<\/h2>\n<ul>\n<li>tRNA: <a href=\"http:\/\/trna.ucsc.edu\/tRNAscan-SE\/\" target=\"_blank\" rel=\"noopener\">tRNAscan<\/a><\/li>\n<li><a href=\"http:\/\/eddylab.org\/infernal\/\" target=\"_blank\" rel=\"noopener\">Infernal<\/a>: predicci\u00f3n de todas las familias de ARNs<\/li>\n<\/ul>\n<pre>cmscan --rfam --cut_ga --nohmmonly --tblout mrum-genome.tblout --fmt 2 --clanin \/home\/biocomp\/RFAM\/Rfam.clanin \/home\/biocomp\/RFAM\/Rfam.cm \/home\/biocomp\/bioinfo_genomas\/26_1000.fa \n\n<\/pre>\n<hr \/>\n<h2>Genes eucari\u00f3ticos<\/h2>\n<table style=\"height: 531px; width: 692px;\" border=\"1\" cellspacing=\"5\">\n<tbody>\n<tr>\n<th style=\"width: 306px;\" scope=\"col\" align=\"left\">Programas<\/th>\n<th style=\"text-align: center; width: 363px;\" scope=\"col\" align=\"right\">Ejercicios<\/th>\n<\/tr>\n<tr>\n<td style=\"width: 306px;\">NetGene2<\/p>\n<ul>\n<li><a href=\"http:\/\/www.cbs.dtu.dk\/services\/NetGene2\/\" target=\"_blank\" rel=\"noopener\">CBS, DK<\/a><\/li>\n<\/ul>\n<\/td>\n<td style=\"width: 363px;\">\n<ul>\n<li>descargar la siguiente <a href=\"https:\/\/genome-euro.ucsc.edu\/cgi-bin\/hgc?hgsid=226600623_EcMYrC757dFyLJ6OyJROM4LHm80w&amp;o=72121019&amp;g=getDna&amp;i=mixed&amp;c=chr17&amp;l=72121019&amp;r=72126420&amp;db=hg38&amp;hgsid=226600623_EcMYrC757dFyLJ6OyJROM4LHm80w\" target=\"_blank\" rel=\"noopener\">secuencia\u00a0<\/a>(la correspondiente regi\u00f3n en el <a href=\"https:\/\/genome-euro.ucsc.edu\/cgi-bin\/hgTracks?db=hg38&amp;lastVirtModeType=default&amp;lastVirtModeExtraState=&amp;virtModeType=default&amp;virtMode=0&amp;nonVirtPosition=&amp;position=chr17%3A72121020-72126420&amp;hgsid=226600623_EcMYrC757dFyLJ6OyJROM4LHm80w\" target=\"_blank\" rel=\"noopener\">navegador gen\u00f3mico<\/a>)\u00a0 y analizar la predicci\u00f3n en el NetGene2<\/li>\n<li>usar la secuencia de <a href=\"http:\/\/www.ncbi.nlm.nih.gov\/nuccore\/254826740?report=fasta\" target=\"_blank\" rel=\"noopener\">SOX9<\/a>, comparando los resultados con su <a href=\"http:\/\/www.ncbi.nlm.nih.gov\/nuccore\/254826740?report=genbank\" target=\"_blank\" rel=\"noopener\">anotaci\u00f3n<\/a>.<a href=\"https:\/\/bioinfo2.ugr.es\/biocomp\/sec1.fa\" target=\"_blank\" rel=\"noopener\"><br \/>\n<\/a><\/li>\n<\/ul>\n<\/td>\n<\/tr>\n<tr>\n<td style=\"width: 306px;\" align=\"left\">GenScan<\/p>\n<ul>\n<li><a href=\"http:\/\/genes.mit.edu\/GENSCAN.html\" target=\"_blank\" rel=\"noopener\">MIT, USA<\/a><\/li>\n<\/ul>\n<\/td>\n<td style=\"width: 363px;\" align=\"left\">Utilizaremos para practicar la secuencia del gen <a href=\"http:\/\/genome.ucsc.edu\/cgi-bin\/hgc?hgsid=223291837&amp;g=htcGetDna2&amp;table=&amp;i=mixed&amp;o=181421796&amp;l=181421796&amp;r=181480885&amp;getDnaPos=chr1%3A181%2C421%2C797-181%2C480%2C885&amp;db=hg18&amp;hgSeq.cdsExon=1&amp;hgSeq.padding5=0&amp;hgSeq.padding3=0&amp;hgSeq.casing=upper&amp;boolshad.hgSeq.maskRepeats=0&amp;hgSeq.repMasking=lower&amp;boolshad.hgSeq.revComp=0&amp;submit=get+DNA\" target=\"_blank\" rel=\"noopener\">LAMC2 <\/a>(ver datos de ejemplo) y comparar la predicci\u00f3n obtenida con el <a href=\"http:\/\/genome.ucsc.edu\/cgi-bin\/hgTracks?clade=mammal&amp;org=Human&amp;db=hg18&amp;position=chr1%3A181421797-181480885&amp;hgt.suggest=&amp;pix=800&amp;Submit=submit&amp;hgsid=180879233\" target=\"_blank\" rel=\"noopener\">mapa en el navegador de la UCSC<\/a><\/td>\n<\/tr>\n<tr>\n<td style=\"width: 306px;\" align=\"left\">GeneID<\/p>\n<ul>\n<li><a href=\"http:\/\/genome.crg.es\/geneid.html\" target=\"_blank\" rel=\"noopener\">IMIM, Barcelona<\/a><\/li>\n<li><a href=\"http:\/\/genome.crg.es\/software\/geneid\/demo.html\" target=\"_blank\" rel=\"noopener\">Demo<\/a><\/li>\n<\/ul>\n<\/td>\n<td style=\"width: 363px;\" align=\"left\">Utilizaremos alguna de las secuencias de vertebrados que se muestran en los datos de ejemplo y comparar la predicci\u00f3n obtenida con su anotaci\u00f3n<\/td>\n<\/tr>\n<\/tbody>\n<\/table>\n<\/div>\n<\/div>\n<\/div>\n","protected":false},"excerpt":{"rendered":"<p>Estrategias para la b\u00fasqueda computacional de genes Directa Emparejamiento m\u00e1s o menos exacto con EST, \u00a0cDNA o prote\u00ednas del mismo organismo o de otros relacionados Indirecta Homolog\u00eda con otros genes conocidos B\u00fasqueda de algo que se parece a un modelo te\u00f3rico de gen (ab initio) H\u00edbrida, combinando homolog\u00eda y b\u00fasqueda ab initio (y quizas tambi\u00e9n &hellip; 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