{"id":14,"date":"2013-05-29T20:30:48","date_gmt":"2013-05-29T18:30:48","guid":{"rendered":"https:\/\/bioinfo2.ugr.es\/bioinfo\/?page_id=14"},"modified":"2020-02-09T12:30:59","modified_gmt":"2020-02-09T10:30:59","slug":"islas-cpg-y-metilacion","status":"publish","type":"page","link":"https:\/\/bioinfo2.ugr.es\/bioinfo\/islas-cpg-y-metilacion\/","title":{"rendered":"Islas CpG y metilaci\u00f3n"},"content":{"rendered":"<div class=\"entry-content clearfix\">\n<h2>Predicci\u00f3n de islas<\/h2>\n<p>Regi\u00f3n de inter\u00e9s: chr1:889,454-928,416 (Ensamblado hg19)<\/p>\n<p><strong>M\u00e9todos de ventanas deslizantes: <a title=\"CpGplot\" href=\"http:\/\/emboss.bioinformatics.nl\/cgi-bin\/emboss\/cpgplot\" target=\"_blank\" rel=\"noopener noreferrer\">CpGplot<\/a>\u00a0y <a href=\"http:\/\/emboss.bioinformatics.nl\/cgi-bin\/emboss\/newcpgreport\">Newcpgreport<\/a> (EMBOSS)<\/strong><\/p>\n<p>Mediante el programa CpGplot podemos tanto detectar las islas como visualizar el porcentaje G+C y la proporci\u00f3n observados\/esperados (frecuencia de CpG observada\/frecuencia de CpG esperada) a lo largo de la secuencia.<\/p>\n<ol>\n<li>Introducir la secuencia de ejemplo en el programa y realizar la predicci\u00f3n con los par\u00e1metros por defecto.\n<ul>\n<li>Aumentar el tama\u00f1o de la ventana, \u00bfc\u00f3mo cambia la predicci\u00f3n?<\/li>\n<li>Si cambiamos los umbrales de G+C y O\/E, \u00bfqu\u00e9 efecto tienen en el tama\u00f1o de las islas predichas?<\/li>\n<\/ul>\n<\/li>\n<li><b><i>CpGplot<\/i><\/b>, nos facilita las coordenadas relativas de las islas CpG pero no calcula las propiedades de la secuencia (G+C, O\/E). Para ello, extraeremos las secuencias correspondientes a las islas CpG mediante el programa <a href=\"http:\/\/emboss.bioinformatics.nl\/cgi-bin\/emboss\/extractseq\" target=\"_blank\" rel=\"noopener noreferrer\">extractseq<\/a> y calcularemos la composici\u00f3n mediante el programa <a href=\"http:\/\/emboss.bioinformatics.nl\/cgi-bin\/emboss\/compseq\" target=\"_blank\" rel=\"noopener noreferrer\">compseq<\/a>.<\/li>\n<li>Repetir la predicci\u00f3n con el programa <a href=\"http:\/\/emboss.bioinformatics.nl\/cgi-bin\/emboss\/newcpgreport\" target=\"_blank\" rel=\"noopener noreferrer\">newcpgreport <\/a>para comprobar los valores composicionales de las islas.<\/li>\n<\/ol>\n<p>Cuestiones:<\/p>\n<ol>\n<li>Cuantas islas existen utilizando los par\u00e1metros definidos por Gardiner-Garden &amp; Frommer 1987 (length \u2265 200 bp, Obs<sub>CpG<\/sub>\/Exp<sub>CpG<\/sub>\u00a0\u2265 0.6, and %GC \u2265 50%).<\/li>\n<li>Cuantas islas existen utilizando los par\u00e1metros definidos por Takai &amp; Jones 2002 (length \u2265 500 bp, Obs<sub>CpG<\/sub>\/Exp<sub>CpG<\/sub>\u00a0\u2265 0.65, and %GC \u2265 55%).<\/li>\n<\/ol>\n<ol>\n<li>Realizar el proceso de predicci\u00f3n de islas para la secuencia an\u00f3nima.<\/li>\n<\/ol>\n<\/div>\n<p>&nbsp;<\/p>\n<div class=\"entry-content clearfix\">\n<p><strong>M\u00e9todos de clusterizaci\u00f3n:\u00a0<a href=\"https:\/\/bioinfo2.ugr.es\/CpGcluster\/\">CpGcluster<\/a><\/strong><\/p>\n<ol>\n<li>El programa <a href=\"https:\/\/bioinfo2.ugr.es\/CpGcluster\/\" target=\"_blank\" rel=\"noopener noreferrer\">CpGcluster <\/a>se basa en otro m\u00e9todo (clusterizaci\u00f3n de dinucle\u00f3tidos CpG) para predecir islas. Podemos usar tanto el repositorio para determinar las islas CpG como la secuencia para predecirlas.<\/li>\n<li>Para ello, seleccionamos en el software el ensamblado y cromosoma al que corresponde nuestra secuencia an\u00f3nima. De las islas obtenidas, seleccionamos las que correspondan a nuestra secuencia.<\/li>\n<li>Acceder las predicciones mediante <a href=\"https:\/\/bioinfo2.ugr.es:8888\/NGSmethDB\/single-cytosine-methylation\/\" target=\"_blank\" rel=\"noopener noreferrer\">NGSmethDB<\/a>. Podemos usar el &#8216;Table Browser&#8217; &#8211;&gt; Group: &#8216;CpG islands&#8217;; track: &#8216;CGIs strict set&#8217;<\/li>\n<\/ol>\n<p><strong>Cuestiones:<\/strong><\/p>\n<ul>\n<li>\u00bfQu\u00e9 diferencias observamos en la predicci\u00f3n de islas entre los m\u00e9todos de ventanas y el de clusterizaci\u00f3n?<\/li>\n<\/ul>\n<p>&nbsp;<\/p>\n<hr \/>\n<h2>An\u00e1lisis de metilaci\u00f3n<\/h2>\n<div class=\"entry-content clearfix\">\n<div id=\"id120\">\n<div>\n<div id=\"ta120_1\">\n<ol>\n<li>Visualizaremos los niveles de metilaci\u00f3n de la regi\u00f3n chr1:889,454-928,416 (Ensamblado hg19) mediante los Track Hubs de la base de datos <a href=\"https:\/\/bioinfo2.ugr.es\/NGSmethDB\/single-cytosine-methylation\/\" target=\"_blank\" rel=\"noopener noreferrer\">NGSmethDB<\/a>.\n<ul>\n<li>\u00bfQu\u00e9 observamos?<\/li>\n<li>\u00bfQu\u00e9 relaci\u00f3n hay entre los niveles de metilaci\u00f3n y la predicci\u00f3n de las islas?<\/li>\n<li>\u00bfEn qu\u00e9 regiones g\u00e9nicas se ubican las zonas no-metiladas?<\/li>\n<li>\u00bfHay alguna regi\u00f3n con metilaci\u00f3n diferencial?<\/li>\n<\/ul>\n<\/li>\n<li><\/li>\n<\/ol>\n<\/div>\n<\/div>\n<\/div>\n<\/div>\n<\/div>\n","protected":false},"excerpt":{"rendered":"<p>Predicci\u00f3n de islas Regi\u00f3n de inter\u00e9s: chr1:889,454-928,416 (Ensamblado hg19) M\u00e9todos de ventanas deslizantes: CpGplot\u00a0y Newcpgreport (EMBOSS) Mediante el programa CpGplot podemos tanto detectar las islas como visualizar el porcentaje G+C y la proporci\u00f3n observados\/esperados (frecuencia de CpG observada\/frecuencia de CpG esperada) a lo largo de la secuencia. 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