{"id":1584,"date":"2023-02-06T20:00:04","date_gmt":"2023-02-06T18:00:04","guid":{"rendered":"https:\/\/bioinfo2.ugr.es\/bioinfo\/?page_id=1584"},"modified":"2023-02-06T20:35:04","modified_gmt":"2023-02-06T18:35:04","slug":"simulacro-2023","status":"publish","type":"page","link":"https:\/\/bioinfo2.ugr.es\/bioinfo\/simulacro-2023\/","title":{"rendered":"Simulacro 2023"},"content":{"rendered":"\n<p>Generalidades<\/p>\n\n\n\n<p>Duraci\u00f3n: 2 horas<\/p>\n\n\n\n<p><strong>Medios:<\/strong> Todo MENOS el contacto con terceros mediante m\u00f3vil, programas de chateo u otras formas de comunicaci\u00f3n<\/p>\n\n\n\n<p>Las respuestas se dar\u00e1n en un fichero de texto (por ejemplo Word o PDF) que se mandar\u00e1 a <a href=\"mailto:hackenberg@go.ugr.es\">hackenberg@go.ugr.es<\/a> al finalizar la prueba poniendo \u2018prueba bioinform\u00e1tica\u2019 en el asunto. Nombrar el fichero de texto usando nombre\/apellidos.<\/p>\n\n\n\n<h3>1) (10 puntos) Dadas estas dos secuencias gen\u00f3micas: <a rel=\"noreferrer noopener\" href=\"https:\/\/bioinfo2.ugr.es\/bioinfo\/wp-content\/uploads\/2023\/02\/Seq1.txt\" target=\"_blank\">secuencia 1<\/a> y <a rel=\"noreferrer noopener\" href=\"https:\/\/bioinfo2.ugr.es\/bioinfo\/wp-content\/uploads\/2023\/02\/Seq2.txt\" target=\"_blank\">secuencia 2<\/a>. <\/h3>\n\n\n\n<h3>Determinar cu\u00e1l de estas secuencias pertenece a un mam\u00edfero y cual a un organismo invertebrado.<\/h3>\n\n\n\n<h2>2) (5 puntos) La siguiente <a href=\"https:\/\/bioinfo2.ugr.es\/bioinfo\/wp-content\/uploads\/2022\/07\/anonSeq_2.txt\">secuencia <\/a>cromos\u00f3mica puede ser de <em>Mus musculus<\/em> (Rat\u00f3n), <em>Rattus norvegicus<\/em> o de <em>Cavia Porcellus<\/em> (Guinea pig, cobaya)<\/h2>\n\n\n\n<ul><li>Determinar la especie y las coordenadas cromos\u00f3micas.&nbsp;<\/li><\/ul>\n\n\n\n<h2>3) (12 puntos) Se ha obtenido la secuencia de un transcrito <a href=\"https:\/\/bioinfo2.ugr.es\/bioinfo\/wp-content\/uploads\/2022\/07\/RB1.txt\">NM_000321.3 <\/a>del gen RB1 que posiblemente presente mutaciones.<\/h2>\n\n\n\n<ul><li>(4 puntos) Determinar la longitud del mRNA y de su CDS seg\u00fan la entrada en base de datos<\/li><li>(4&nbsp; puntos) Determinar el n\u00famero de mutaciones comparado con la secuencia de referencia<\/li><li>(4 puntos) Averiguar el posible impacto en la secuencia proteica de estas mutaciones<\/li><\/ul>\n\n\n\n<h2>4) (14 puntos) Hemos obtenido la secuencia de un <a href=\"https:\/\/bioinfo2.ugr.es\/bioinfo\/wp-content\/uploads\/2021\/02\/anonTrans_ind1.txt\">transcrito<\/a> y una <a href=\"https:\/\/bioinfo2.ugr.es\/bioinfo\/wp-content\/uploads\/2021\/02\/anonTrans_genome.txt\">secuencia gen\u00f3mica<\/a> que contiene a este transcrito.<\/h2>\n\n\n\n<ul><li>(4 puntos) Determinar el gen y nombre del transcrito<\/li><li>(3 puntos) Determinar si el transcrito coincide exactamente con la entrada de la base de datos<\/li><li>(3 puntos) Determinar el n\u00famero de exones&nbsp;<\/li><li>(4 puntos) Determinar la coordenada de inicio del primer intr\u00f3n en la secuencia gen\u00f3mica y en el transcrito<\/li><\/ul>\n\n\n\n<h2>5) (9 puntos) Determinar el uso de codones del <a href=\"https:\/\/www.ncbi.nlm.nih.gov\/nuccore\/NC_045512.2\">genoma del virus SARS-CoV-2<\/a>&nbsp;<\/h2>\n\n\n\n<ul><li>Cuantas regiones codificantes hay<\/li><li>Determinar el contenido en G+C en funci\u00f3n de la posici\u00f3n en el cod\u00f3n<\/li><li>\u00bfExiste sesgo en el uso de codones? Razonar brevemente<\/li><\/ul>\n\n\n\n<p>Extra:<\/p>\n<p>La cascada de se\u00f1alizaci\u00f3n RAS\/RAF\/ERK es una de las rutas de se\u00f1alizaci\u00f3n m\u00e1s<br \/>conservadas en todos los organismos. Esta ruta es parte de la se\u00f1alizaci\u00f3n molecular de las<br \/>MAP cinasas, ruta que regula m\u00faltiples procesos celulares como la proliferaci\u00f3n, la<br \/>diferenciaci\u00f3n y la progresi\u00f3n del ciclo celular en respuesta a diferentes se\u00f1ales<br \/>extracelulares. Uno de los genes aguas abajo de esta ruta de se\u00f1alizaci\u00f3n es el MAPK3 o<br \/>ERK-1, gen cuya funci\u00f3n se encuentra ampliamente conservada. En un estudio de pez cebra<br \/>(D. renio) se pretende determinar el grado de similitud de secuencia de este gen con<br \/>humanos para lo que se ha clonado el RNA mensajero del gen ERK1\/2 de D. renio<br \/>(<a href=\"https:\/\/bioinfo2.ugr.es\/bioinfo\/wp-content\/uploads\/2023\/02\/zf.mRNA_.txt\">mRNA_zf<\/a>). La isoforma canonica en humanos de este gen es la NM_00276.3<br \/>(identificador de RefSeq).<\/p>\n<ol>\n<li>Determinar el grado de similitud de secuencia entre los mensajeros del pez cebra y humano?<\/li>\n<li>La isoforma NM_00276.3 de humano tiene 9 exones. Determinar<br \/>cu\u00e1les y cu\u00e1ntos exones humanos se encuentran total o parcialmente conservados<br \/>en el mensajero clonado del pez cebra<\/li>\n<\/ol>\n","protected":false},"excerpt":{"rendered":"<p>Generalidades Duraci\u00f3n: 2 horas Medios: Todo MENOS el contacto con terceros mediante m\u00f3vil, programas de chateo u otras formas de comunicaci\u00f3n Las respuestas se dar\u00e1n en un fichero de texto (por ejemplo Word o PDF) que se mandar\u00e1 a hackenberg@go.ugr.es al finalizar la prueba poniendo \u2018prueba bioinform\u00e1tica\u2019 en el asunto. 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