Si queremos acceder desde un sistema Linux o Mac, no necesitamos instalar el cliente ya que estos SO ya traen una terminal que podemos usar.\u00a0<\/p>\n
- \n
- Descargar putty<\/a> y instalarlo siguiendo las instrucciones<\/li>\n
- Alternativamente podemos descargar un ejecutable<\/a> que no requiere instalaci\u00f3n:<\/li>\n<\/ul>\n
Datos de conexi\u00f3n:<\/h3>\n
- \n
- Nombre del servidor (Host Name): alu.ugr.es<\/li>\n
- Puerto (Port): 2212<\/li>\n
- Nombre del usuario: primera letra del nombre + primer apellido: Jorge Perez
Jim\u00e9nez \u2014> jperez. La contrase\u00f1a se comunicar\u00e1 en clase.<\/strong>\n![\"\"](\"https:\/\/bioinfo2.ugr.es\/bioinfo\/wp-content\/uploads\/2024\/01\/captura_putty-300x284.png\")
<\/a><\/h3>\n<\/li>\n<\/ol>\nConexi\u00f3n desde una terminal Linux\/Mac:<\/h3>\n
ssh -p 2212 alu.ugr.es<\/pre>\n
Objetivo:<\/h2>\n- \n
- Generar dentro del home del usuario una carpeta para la secuencia humana y otra para la bacteriana<\/li>\n
- Descargar la dos secuencias (anon2<\/a> y anon3<\/a>)<\/li>\n
- Copiar las secuencias asignadas a cada estudiante<\/li>\n
- Visualizar su contenido<\/li>\n
- Copiar ficheros del ordenador local al servidor de docencia<\/li>\n<\/ul>\n
CONCEPTOS CLAVE<\/strong><\/h2>\n
+Ruta o PATH<\/strong>:<\/h3>\n
es la localizaci\u00f3n \u00fanica que tiene un fichero o un directorio (carpeta) en el ordenador. Igual que en un entorno visual, los distintos ficheros y carpetas est\u00e1n dentro de otras carpetas. Para separarlos se usa el s\u00edmbolo \/ Dentro de la terminal, a la izquierda, suele aparecer la ruta o path en el que el usuario se encuentra en ese momento<\/p>\n
\u00a0<\/p>\n
+Comandos o ordenes<\/strong>:<\/h3>\n
Puesto que no podemos \u201cpinchar\u201d para abrir, copiar, mover o interactuar con los ficheros o carpetas, tendremos que usar comandos. Un comando es una \u201corden\u201d que se le da al ordenador para que haga algo. Por ejemplo podemos pedirle la hora al sistema escribiendo\u00a0date\u00a0y pulsando Enter. Cada vez que introduzcamos un comando debemos pulsar Enter para \u201cenviar\u201d la orden. A continuaci\u00f3n vamos a ver un ejemplo sencillo de comandos que podemos usar.<\/p>\n
Movernos a un directorio<\/strong><\/p>\n
Cada usuario cuenta con una carpeta propia en el directorio \/home\/. As\u00ed, un usuario con nombre\u00a0pepe\u00a0<\/em>, tendr\u00eda una carpeta con la ruta \/home\/pepe. Normalmente, al iniciar sesi\u00f3n nos encontraremos directamente en esta carpeta. Para movernos a otra carpeta podemos hacer:<\/p>\n
cd [nombre_de_la_carpeta_destino]<\/b><\/pre>\n
Crear una carpeta<\/strong><\/p>\n
Como de momento nuestro directorio est\u00e1 vac\u00edo, vamos a crear una carpeta para posteriormente acceder:<\/p>\n
mkdir carpeta_de_prueba\ncd carpeta_de_prueba\n\n<\/strong><\/b><\/pre>\n
Ahora estamos dentro de la nueva carpeta que hemos creado. Prueba un poco este comando, puedes hacer otra carpeta en el interior o una con otro nombre. Para volver a nuestra carpeta personal podemos usar simplemente el comando cd sin a\u00f1adir nada m\u00e1s:<\/p>\n
cd\n<\/strong><\/b><\/pre>\n
Ahora volvemos a estar en nuestra carpeta personal.<\/p>\n
Ver los contenidos de un directorio<\/strong><\/h3>\n
Mediante el comando ls, mostraremos los contenidos de un directorio. Si creamos carpetas dentro tambi\u00e9n aparecer\u00e1n. Por ejemplo para ver qu\u00e9 hay en nuestro directorio:<\/p>\n
cd\nls\nmkdir prueba2\nls<\/strong><\/b><\/pre>\n
Podemos ver c\u00f3mo aparecen las carpetas que hemos creado<\/p>\n
Rutas absolutas\/rutas relativas<\/strong><\/p>\n
Podemos referirnos a cada fichero o carpeta usando rutas relativas (relativas al directorio en el que nos encontramos) o absolutas. Por ejemplo, si nos encontramos en nuestra carpeta, podremos crear un directorio en su interior usando la ruta absoluta o relativa:<\/p>\n
mkdir prueba3\nmkdir \/home\/pepe\/prueba4\n<\/strong><\/b><\/pre>\n
*reemplaza pepe por tu nombre de usuario<\/p>\n
Esta misma l\u00f3gica se aplica a todos los comandos.<\/p>\n
Encadenar dos (o m\u00e1s) comandos<\/strong><\/p>\n
Hasta ahora hemos ido mostrando c\u00f3mo lanzar comandos uno a uno pero se pueden lanzar de forma sucesiva m\u00e1s de uno separ\u00e1ndolos con\u00a0;<\/strong><\/p>\n
mkdir prueba;cd prueba<\/strong><\/b><\/pre>\n
Podemos volver a la carpeta personal usando el comando cd<\/p>\n
Descargar un fichero de internet<\/strong><\/p>\n
En muchas ocasiones nos ser\u00e1 de utilidad descargar un fichero disponible p\u00fablicamente en internet a trav\u00e9s de un enlace. Vamos a ver un ejemplo de c\u00f3mo podr\u00edamos descargar la secuencia de este ejercicio usando el comando\u00a0wget<\/strong>:<\/p>\n
mkdir ejercicio_linux\ncd ejercicio_linux\nwget -c https:\/\/bioinfo2.ugr.es\/bioinfo\/wp-content\/uploads\/2024\/01\/anon2.txt\nls<\/strong><\/b><\/pre>\n
Y ya tenemos la secuencia descargada. Ahora echemos un ojo al contenido.<\/p>\n
Visualizar el contenido de un fichero<\/strong><\/p>\n
more 'nombre del fichero'<\/pre>\n
less 'nombre del fichero'\n\nless ejercicio_linux\/sequence_blast_cmd.txt\n\nCon less podemos abrir un fichero e ir bajando usando la flecha hacia abajo y para salir pulsamos Q. Podemos ver que se trata de un fichero fasta<\/a>.<\/pre>\n
Extra:\u00a0<\/strong>Investigar el uso de los comandos head y tail tambi\u00e9n para visualizaci\u00f3n de ficheros.<\/p>\n
\u00a0<\/p>\n
C<\/strong>ambiar el nombre a un fichero<\/strong><\/p>\n
con el comando mv podemos tanto mover un fichero como renombrarlo<\/p>\n
mv 'nombre_old' 'nombre_new'\n\n<\/pre>\n
Copiar un fichero<\/strong><\/p>\n
cp origen\u00a0destino
<\/pre>\n\n\n\nSubir ficheros al servidor desde el ordenador:<\/strong><\/p>\n\n\n\n
Hasta ahora hemos visto c\u00f3mo pod\u00edamos descargar ficheros de internet pero tambi\u00e9n es posible subir ficheros desde nuestro ordenador. Aunque existen muchas alternativas, vamos a explicar el uso del programa FileZilla<\/a>, disponible para los 3 sistemas operativos. Visita la p\u00e1gina, descarga la versi\u00f3n oportuna e inst\u00e1lalo https:\/\/filezilla-project.org\/download.php<\/a>.<\/p>\n\n\n\n
Puedes seguir este tutorial https:\/\/wiki.filezilla-project.org\/FileZilla_Client_Tutorial_(es)<\/a>. Recuerda los datos que usaste con PuTTY para acceder al servidor:<\/p>\n\n\n\n
<\/p>\n\n\n\n
<\/p>\n\n\n\n
<\/p>\n\n\n\n
<\/p>\n\n\n\n
<\/p>\n","protected":false},"excerpt":{"rendered":"
El servidor de docencia Todos los programas que vamos a necesitar est\u00e1n ya instalados en nuestro servidor de docencia. Para acceder, solamente necesitamos un cliente o una terminal.\u00a0 Instalar el cliente Si usamos Windows, la mejor opci\u00f3n es usar putty, un cliente ssh libre.\u00a0 Si queremos acceder desde un sistema Linux o Mac, no necesitamos … Continue reading
- Alternativamente podemos descargar un ejecutable<\/a> que no requiere instalaci\u00f3n:<\/li>\n<\/ul>\n