{"id":1763,"date":"2024-01-19T15:58:47","date_gmt":"2024-01-19T13:58:47","guid":{"rendered":"https:\/\/bioinfo2.ugr.es\/bioinfo\/?page_id=1763"},"modified":"2024-02-06T09:03:42","modified_gmt":"2024-02-06T07:03:42","slug":"buscar-genes-conocidos-en-ensamblado","status":"publish","type":"page","link":"https:\/\/bioinfo2.ugr.es\/bioinfo\/buscar-genes-conocidos-en-ensamblado\/","title":{"rendered":"Buscar genes conocidos en ensamblado"},"content":{"rendered":"\n

\u00a0<\/p>\n

Objetivo:<\/h2>\n

Determinar si existen genes asociados a la resistencia a antibioticos en el ensamblado\u00a0<\/p>\n

https:\/\/www.ncbi.nlm.nih.gov\/bioproject\/PRJNA313047<\/a><\/p>\n

(313047[BioProject]) AND Staphylococcus aureus<\/p>\n

Soluci\u00f3n<\/h2>\n

1.Generar una base de datos local para Blast<\/p>\n

makeblastdb -in a26_1000.fa -parse_seqids -title \"26_1000\" -out a26_1000 -dbtype nucl<\/pre>\n

2. Descargar genes de resistencia<\/a> en el servidor
3. Llevar a cabo una busqueda mediante un Blast local<\/p>\n
blastn -query SA_resistance_genes.txt -db a26_1000 -max_target_seqs 1 -outfmt 6 -evalue 1E-5<\/pre>\n
\u00a0<\/p>\n
Trabajar sobre el resultado del blast<\/h3>\n
Problema 1: Los identificadores no permiten identificar el gen ‘directamente’\u00a0<\/p>\n
\"\"<\/a><\/p>\n
Soluci\u00f3n: Convertir las IDs (como NG_048135.1) a nombres de genes<\/p>\n
M\u00e9todos:<\/p>\n
    \n
  1. NCBI gene<\/li>\n
  2. ID-mapping<\/a> tool de UniProt\u00a0<\/li>\n<\/ol>\n
    Para usar el ID-mapping de UniProt, necesitamos una lista de IDs.\u00a0<\/p>\n
    Mediante el comando cut en linux podemos extraer una columna<\/p>\n
    cut -f 1 SA_resistance_genes_blastn.txt
    indicando -f la columna que queremos extraer (en este caso la primera)

    <\/pre>\n
    La lista la introducimos en el cuadro de texto de la p\u00e1gina ID-mapping<\/a><\/p>\n
    Seleccionamos como ‘From database’ RefSeq Nucleotide<\/p>\n
    \"\"<\/a><\/p>\n
    \u00a0<\/p>\n
    Obtendremos\u00a0<\/p>\n
    \"\"<\/a><\/p>\n
    \u00a0<\/p>\n\n\n","protected":false},"excerpt":{"rendered":"
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