
{"id":1884,"date":"2024-02-08T17:38:56","date_gmt":"2024-02-08T15:38:56","guid":{"rendered":"https:\/\/bioinfo2.ugr.es\/bioinfo\/?page_id=1884"},"modified":"2024-02-09T13:28:21","modified_gmt":"2024-02-09T11:28:21","slug":"examen-24","status":"publish","type":"page","link":"https:\/\/bioinfo2.ugr.es\/bioinfo\/examen-24\/","title":{"rendered":"examen 24"},"content":{"rendered":"\n<p><b>Generalidades:<\/b><\/p>\n<p><span style=\"font-weight: 400;\">Duraci\u00f3n: 2 horas<\/span><\/p>\n<p><b>Medios:<\/b><span style=\"font-weight: 400;\"> Todos, MENOS el contacto con terceros mediante m\u00f3vil, programas de chateo u otras formas de comunicaci\u00f3n.<\/span><\/p>\n<p><span style=\"font-weight: 400;\">Las respuestas se dar\u00e1n en un fichero de texto (por ejemplo Word o PDF) que se mandar\u00e1 a <\/span><a href=\"mailto:hackenberg@go.ugr.es\"><span style=\"font-weight: 400;\">hackenberg@go.ugr.es<\/span><\/a><span style=\"font-weight: 400;\">\u00a0\u00a0<\/span><span style=\"font-weight: 400;\">al finalizar la prueba poniendo \u2018prueba bioinform\u00e1tica\u2019 en el asunto. Nombrar el fichero de texto usando nombre\/apellidos.<\/span><\/p>\n<p style=\"text-align: center;\"><span style=\"color: #ff0000;\">Razonar todas las respuestas. Indicar donde aplica los comandos o programas usados. Usar capturas de pantalla.<\/span><\/p>\n<p>En el servidor de docencia (alu.ugr.es \u2013 puerto 2212) se ha generado una carpeta\u00a0<strong>\/home\/biocomp\/examen24<\/strong><\/p>\n<p><strong>1) (1 punto) Crear una carpeta dentro de la carpeta \u2018\/home\/biocomp\/examen24\u2019 que tenga como nombre el primer apellido y nombre del estudiante. Incluir dentro un fichero de texto llamado \u2018Asistencia.txt\u2019 que contenga la frase \u2018He asistido al examen de Bioinform\u00e1tica\u2019 y el nombre completo del estudiante.<\/strong><\/p>\n<p>2) (6 puntos) Tenemos las siguientes coordenadas chr7:155,578,880-155,618,908 que se refieren al ensamblado hg19 de humano<\/p>\n<ul>\n<li>(3 puntos) Descargar la secuencia correspondiente y depositarla dentro del la carpeta del estudiante (\/home\/biocomp\/examen24\/nombre\/secuencia.txt)<\/li>\n<li>(3 puntos) Determinar la longitud y el G+C de la secuencia<\/li>\n<\/ul>\n<p>3) (8 puntos) La siguiente secuencia corresponde a una <a href=\"https:\/\/bioinfo2.ugr.es\/bioinfo\/wp-content\/uploads\/2024\/02\/AluYa8.txt\">AluYa8<\/a>, un retrotransposon j\u00f3ven que puede tener un alto n\u00famero de copias en el genoma humano.<\/p>\n<ul>\n<li>(3 puntos) Determinar el n\u00famero de copias exactas en el gen\u00f3ma humano<\/li>\n<\/ul>\n<p>Hay exactamente una posici\u00f3n en el genoma del rat\u00f3n con una similitud &gt;= 90% y un score &gt;= 80<\/p>\n<ul>\n<li>Indicar las coordenadas (3 puntos) y el nombre del elemento gen\u00f3mico anotado en la posici\u00f3n (2 puntos)<\/li>\n<\/ul>\n<p>4) (14 puntos) Tenemos la siguiente accession NM_001362494.1 de un transcrito codificante<\/p>\n<ul>\n<li>(4 puntos) Determinar la especie y el nombre del gen<\/li>\n<li>(4 puntos) Determinar el n\u00famero de exones y la longitud de la regi\u00f3n codificante<\/li>\n<li>El gen tiene asociado un transcrito no-codificante NR_155755.1\n<ul>\n<li>(3 puntos) Comparar las secuencias NR_155755.1 y NM_001362494.1 y cuantificar las diferencias<\/li>\n<li>(3 puntos) \u00bfPor que NR_155755.1 est\u00e1 anotado como un transcrito no-codificante?<\/li>\n<\/ul>\n<\/li>\n<\/ul>\n<p>5) (6 puntos) Cientificos han extraido el siguiente <a href=\"https:\/\/bioinfo2.ugr.es\/bioinfo\/wp-content\/uploads\/2024\/02\/secuencia_posibleCDS.txt\" target=\"_blank\" rel=\"noopener\">transcrito<\/a> de una muestra de tejido humano.\u00a0<\/p>\n<p>Determinar si se puede tratar de un transcrito codificante<\/p>\n<p>6) (9) Tenemos un fichero multi-fasta en la ubicaci\u00f3n \/home\/biocomp\/examen24\/mirna.fa<\/p>\n<ul>\n<li>(3 puntos) Determinar el n\u00famero de secuencias<\/li>\n<li>(3 puntos) Determinar el n\u00famero de secuencias que contienen la subsecuencia &#8216;TGTG&#8217;<\/li>\n<li>(3) Generar un fichero con las letras &#8216;T&#8217; sustituidas por &#8216;U&#8217; empleando una herramienta disponible en linea de comando (Linux). Indicar el comando y el nombre del fichero nuevo.\u00a0<\/li>\n<\/ul>\n<p>7) (6 puntos) El fichero &#8216;\/home\/biocomp\/examen24\/beta-gal.fa&#8217; contiene la secuencia del gen beta-galactosidasa. La base de datos &#8216;\/home\/biocomp\/examen24\/db\/all&#8217; contiene diferentes ensamblados de <em>Staphylococcus aureus.\u00a0<\/em><\/p>\n<p>\u00bfEn cuantos ensamblados podemos encontrar el gen con el 100% de su longitud alineado y con una similitud de secuencia &gt;= 99%?\u00a0<\/p>\n<p>\u00a0<\/p>\n","protected":false},"excerpt":{"rendered":"<p>Generalidades: Duraci\u00f3n: 2 horas Medios: Todos, MENOS el contacto con terceros mediante m\u00f3vil, programas de chateo u otras formas de comunicaci\u00f3n. Las respuestas se dar\u00e1n en un fichero de texto (por ejemplo Word o PDF) que se mandar\u00e1 a hackenberg@go.ugr.es\u00a0\u00a0al finalizar la prueba poniendo \u2018prueba bioinform\u00e1tica\u2019 en el asunto. 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