{"id":1930,"date":"2025-02-13T09:13:18","date_gmt":"2025-02-13T07:13:18","guid":{"rendered":"https:\/\/bioinfo2.ugr.es\/bioinfo\/?page_id=1930"},"modified":"2025-02-14T13:21:19","modified_gmt":"2025-02-14T11:21:19","slug":"examen25","status":"publish","type":"page","link":"https:\/\/bioinfo2.ugr.es\/bioinfo\/examen25\/","title":{"rendered":"examen25"},"content":{"rendered":"\n<p>Duraci\u00f3n: 2 horas<\/p>\n\n\n\n<p><strong>Medios:<\/strong>&nbsp;Todos, MENOS el contacto con terceros mediante m\u00f3vil, programas de chateo u otras formas de comunicaci\u00f3n.<\/p>\n\n\n\n<p>Las respuestas se dar\u00e1n en un fichero de texto (por ejemplo Word o PDF) que se mandar\u00e1 a&nbsp;<a href=\"javascript:;\">*protected email*<\/a>&nbsp;&nbsp;al finalizar la prueba poniendo \u2018prueba bioinform\u00e1tica\u2019 en el asunto. Nombrar el fichero de texto usando nombre\/apellidos.<\/p>\n\n\n\n<p>Razonar todas las respuestas. Indicar donde aplica los comandos o programas usados. Usar capturas de pantalla.<\/p>\n\n\n\n<p>En el servidor de docencia (donau.ugr.es \u2013 puerto 2212) se ha generado una carpeta&nbsp;<strong>\/home\/biocomp\/bioinfo2<\/strong>5<\/p>\n\n\n\n<p><strong>1) (1 punto) Crear una carpeta dentro de la carpeta \u2018\/home\/biocomp\/bioinfo25\u2019 que tenga como nombre el primer apellido y nombre del estudiante. Incluir dentro un fichero de texto llamado \u2018Asistencia.txt\u2019 que contenga la frase \u2018He asistido al examen de Bioinform\u00e1tica\u2019 y el nombre completo del estudiante.<\/strong><\/p>\n\n\n\n<p>2) (6 puntos) Tenemos las siguientes coordenadas chr11:5385913-5439249 que se refieren al ensamblado hg19 de&nbsp;<em>Homo sapiens<\/em><\/p>\n\n\n\n<ul><li>(3 puntos) Descargar la secuencia correspondiente y depositarla dentro del la carpeta del estudiante bajo el nombre &#8216;secuencia.fa&#8217; <\/li><li>(3 puntos) Determinar la longitud y el G+C de la secuencia<\/li><\/ul>\n\n\n\n<p>3) (9 puntos) tenemos la siguiente&nbsp;<a href=\"https:\/\/bioinfo2.ugr.es\/bioinfo\/wp-content\/uploads\/2025\/02\/anon1.txt\">secuencia an\u00f3nim<\/a>a<\/p>\n\n\n\n<ul><li>(2 puntos) Determinar la coordenadas de la secuencia en el ensamblado hg38 del genoma humano<\/li><li>(2 puntos) \u00bfA que elemento gen\u00f3mico corresponde esta secuencia?<\/li><li>(2 puntos)\u00bfCuantas regiones ininterumpidas existen en el genoma humano que comparten una similitud de secuencia >= 95% con la secuencia an\u00f3nima?<\/li><li>(3 puntos) Determinar si la secuencia an\u00f3nima presenta marcos abiertos de lectura (ORF) que podr\u00edan corresponder a regiones codificantes<\/li><\/ul>\n\n\n\n<p><strong>4) (12 puntos) Tenemos la siguiente accession NM_001310462.2 de un transcrito codificante<\/strong><\/p>\n\n\n\n<ul><li>(2 puntos) Determinar la especie y el nombre del gen<\/li><li>(2 puntos) Determinar el n\u00famero de exones y la longitud de la regi\u00f3n codificante<\/li><li>El gen tiene asociado un transcrito no-codificante NR_132318.2<ul><li>(2 puntos) Descargar las secuencias de NR_132318.2 y NM_001310462.2 y depositarlas en la carpeta del estudiante<\/li><li>(3 puntos) Comparar las secuencias NR_132318.2 y NM_001310462.2 y cuantificar las diferencias<\/li><li>(3 puntos) \u00bfPor que NR_132318.2 est\u00e1 anotado como un transcrito no-codificante?<\/li><\/ul><\/li><\/ul>\n\n\n\n<p><strong>5) (6 puntos) Seg\u00fan los criterios publicados por Takai y Jones en 2002, una isla CpG es una secuencia que tiene que cumplir 3 criterios:<\/strong><\/p>\n\n\n\n<ul><li>contenido en G+C &gt;= 55%<\/li><li>ratio entre frecuencia observada de CpGs y frecuencia esperada &gt;= 0.65<\/li><li>longitud &gt;= 500 nt<\/li><\/ul>\n\n\n\n<p>\u00bfLa siguiente secuencia cumple estos criterios?:&nbsp;<a href=\"http:\/\/bioinfo2.ugr.es\/biocomputacion\/wp-content\/uploads\/2018\/12\/secuencia_problema_3.txt\">secuencia_problema_2<\/a><\/p>\n\n\n\n<p>6) (10) Tenemos un fichero multi-fasta en la ubicaci\u00f3n \/home\/biocomp\/bioinfo25\/hofstenia.PRE.fasta<\/p>\n\n\n\n<p>\u00a1Indicar comandos (ordenes) de Linux necesarios para obtener los resultados!<\/p>\n\n\n\n<ul><li>(2 puntos) Determinar el n\u00famero de secuencias<\/li><li>(2 puntos) Determinar el n\u00famero de secuencias predichas con alta fidelidad (indicado por &#8216;HIGHconf&#8217; en el nombre de la secuencia)<\/li><li>(3) Generar un fichero con las letras \u2018T\u2019 sustituidas por \u2018U\u2019 empleando una herramienta disponible en linea de comando (Linux). Indicar el comando y el nombre del fichero nuevo.\u00a0<\/li><li>(3) Determinar el n\u00famero de microRNAs diferentes en el fichero (la ID de las secuencias empiezan con el nombre del microRNA <strong>Mir-1992<\/strong>.PRE)<\/li><\/ul>\n\n\n\n<p>7) (6 puntos) El fichero \u2018\/home\/biocomp\/beta-gal.fa\u2019 contiene la secuencia del gen beta-galactosidasa. La base de datos \u2018<strong>all<\/strong>&#8216; se ubica en la siguiente localizacion &#8216;<strong>\/opt\/datos<\/strong>\u2019 contiene diferentes ensamblados de\u00a0<em>Staphylococcus aureus.\u00a0<\/em><\/p>\n\n\n\n<p>\u00bfEn cuantos ensamblados podemos encontrar el gen con el 100% de su longitud alineado y con una similitud de secuencia &gt;= 98%?&nbsp;<\/p>\n","protected":false},"excerpt":{"rendered":"<p>Duraci\u00f3n: 2 horas Medios:&nbsp;Todos, MENOS el contacto con terceros mediante m\u00f3vil, programas de chateo u otras formas de comunicaci\u00f3n. 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