{"id":1991,"date":"2026-02-12T22:57:22","date_gmt":"2026-02-12T20:57:22","guid":{"rendered":"https:\/\/bioinfo2.ugr.es\/bioinfo\/?page_id=1991"},"modified":"2026-02-13T13:25:07","modified_gmt":"2026-02-13T11:25:07","slug":"examen-26","status":"publish","type":"page","link":"https:\/\/bioinfo2.ugr.es\/bioinfo\/examen-26\/","title":{"rendered":"Examen 26"},"content":{"rendered":"\n<p>\u00a0<\/p>\n<table width=\"476\">\n<tbody>\n<tr>\n<td width=\"476\">\n<table width=\"729\">\n<tbody>\n<tr>\n<td>\u00a0<\/td>\n<\/tr>\n<\/tbody>\n<\/table>\n<\/td>\n<\/tr>\n<\/tbody>\n<\/table>\n<p><strong>Medios:<\/strong>\u00a0Todos, MENOS el contacto con terceros mediante m\u00f3vil, programas de chateo u otras formas de comunicaci\u00f3n.<\/p>\n<p><strong>Duraci\u00f3n: 2 horas<\/strong><\/p>\n<p>Las respuestas se dar\u00e1n en un fichero Word o PDF que se mandar\u00e1 a <a href=\"mailto:hackenberg@go.ugr.es\">hackenberg@go.ugr.es<\/a>\u00a0\u00a0al finalizar la prueba poniendo \u2018prueba bioinform\u00e1tica\u2019 en el asunto. Nombrar el fichero de texto usando nombre\/apellidos.<\/p>\n<p><strong>Razonar todas las respuestas. Indicar los comandos o programas usados. Usar capturas de pantalla.<\/strong><\/p>\n<p>En el servidor de docencia (<a href=\"http:\/\/alu.ugr.es\/\">alu.ugr.es<\/a>\u00a0\u2013 puerto 2212) se ha generado una carpeta\u00a0<strong>\/opt\/bioinfo\/ex_26<\/strong><\/p>\n<p><strong>1) (1 punto) Crear una carpeta dentro de la carpeta \u2018\/opt\/bioinfo\/ex_26\u00a0que tenga como nombre el primer apellido y nombre del estudiante. Incluir dentro un fichero de texto llamado \u2018Asistencia.txt\u2019 que contenga la frase \u2018He asistido al examen de Bioinform\u00e1tica\u2019 y el nombre completo del estudiante.<\/strong><\/p>\n<p>\u00a0<\/p>\n<p><strong>2) (6 puntos) Tenemos las siguientes coordenadas chr12:56,645,901-56,763,680 que se refieren al ensamblado mm10 de\u00a0<em>Mus musculus<\/em><\/strong><\/p>\n<ul>\n<li>(3 puntos) Descargar la secuencia correspondiente y depositarla dentro del la carpeta del estudiante (\/opt\/bioinfo\/nombre\/secuencia.txt)<\/li>\n<li>(3 puntos) Determinar la longitud y el G+C de la secuencia<\/li>\n<\/ul>\n<p>\u00a0<\/p>\n<p><strong>3) (18 puntos) Tenemos la siguiente secuencia an\u00f3nima: <a href=\"https:\/\/bioinfo2.ugr.es\/bioinfo\/wp-content\/uploads\/2026\/02\/sequence.txt\" target=\"_blank\" rel=\"noopener\">secuencia<\/a><\/strong><\/p>\n<ul>\n<li>(2) Determinar el nombre del gen y la ID del transcrito en la base de datos RefSeq<\/li>\n<li>(3) \u00bfLa secuencia corresponde exactamente a la entrada en la base de datos?<\/li>\n<\/ul>\n<p>Hemos obtenido una secuencia mutada del mismo gen: <a href=\"https:\/\/bioinfo2.ugr.es\/bioinfo\/wp-content\/uploads\/2026\/02\/sequence_mutada.txt\">secuencia mutada<\/a><\/p>\n<ul>\n<li>(6) Determinar las posiciones mutadas y el tipo de mutaci\u00f3n (base en el transcrito de referencia -&gt; base en el transcrito mutado)<\/li>\n<li>(6) \u00bfQue impacto tienen las mutaciones a nivel de prote\u00edna?<\/li>\n<\/ul>\n<p><strong>4) (5 puntos) Tenemos la\u00a0<\/strong><a href=\"https:\/\/bioinfo2.ugr.es\/bioinfo\/wp-content\/uploads\/2023\/02\/AluYb9.txt\"><strong>siguiente secuencia<\/strong><\/a><strong>\u00a0consenso de un retrotransposon Alu (AluYb9).<\/strong><\/p>\n<p>Determinar el n\u00famero de posiciones en el genoma humano en las que esta secuencia alinea perfectamente en toda su longitud.<\/p>\n<p>\u00a0<\/p>\n<p><strong>5)<\/strong><strong> (5 puntos) Tenemos las siguientes secuencias an\u00f3nimas:\u00a0<a href=\"http:\/\/bioinfo2.ugr.es\/biocomputacion\/wp-content\/uploads\/2020\/01\/anonSeq_1.txt\" data-cya11y-org-font-size=\"16\">sec1<\/a>\u00a0y\u00a0<a href=\"http:\/\/bioinfo2.ugr.es\/biocomputacion\/wp-content\/uploads\/2020\/01\/anonSeq_2.txt\" data-cya11y-org-font-size=\"16\">sec2<\/a>\u00a0<\/strong><\/p>\n<p data-cya11y-org-font-size=\"16\">\u00bfCual de las dos secuencias proviene mas probablemente de un mam\u00edfero?\u00a0<\/p>\n<p>\u00a0<\/p>\n<p><strong>6) Linux (15 puntos)<\/strong><\/p>\n<p>Dentro de la carpeta del examen tenemos el fichero blast_output.txt (<a href=\"https:\/\/www.metagenomics.wiki\/tools\/blast\/blastn-output-format-6\" target=\"_blank\" rel=\"noopener\">formato del fichero<\/a>)<\/p>\n<ul>\n<li>(3 puntos) \u00bfCuantas l\u00edneas tiene el fichero?\u00a0<\/li>\n<li>(4 puntos) \u00bfCuantas secuencias dianas diferentes (secuencias de la base de datos) se han detectado en estos resultados?<\/li>\n<li>(4 puntos) \u00bfCuantos resultados tienen una longitud de alineamiento por encima de 1000 pares de bases?<\/li>\n<li>(4 puntos) \u00bfCuantos resultados tiene una &#8216;query coverage&#8217; (cobertura de la secuencia de entrada) &gt;= 95%<\/li>\n<\/ul>\n<p>\u00a0<\/p>\n","protected":false},"excerpt":{"rendered":"<p>\u00a0 \u00a0 Medios:\u00a0Todos, MENOS el contacto con terceros mediante m\u00f3vil, programas de chateo u otras formas de comunicaci\u00f3n. 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