Contexto
La genómica es un campo interdisciplinario que se centra en el estudio de la estructura, función, evolución y anotación de los genomas. Un genoma es todo el ADN contenido en un organismo, incluyendo todos los genes necesarios para su desarrollo, diferenciación y funcionamiento. Los genes de un organismo dirigen la producción de proteínas a través de su interacción con enzimas específicas y moléculas mensajeras. La genómica se diferencia de la genética en cuanto a su alcance: mientras que la genética se enfoca en el estudio de genes individuales y su papel en la herencia, la genómica estudia y cuantifica los genes de manera colectiva.
La genómica es un campo en constante crecimiento, con múltiples líneas de investigación destacadas, tales como la secuenciación genómica a escala poblacional, el estudio de la regulación de elementos no codificantes (como en la epigenómica), la genómica a nivel de célula única y su integración en la práctica clínica.
En estas prácticas llevaremos acabo un análisis comparado entre diferentes organismos eucariotas que podemos englobar dentro de la genómica evolutiva o comparada.
Objetivo
El objetivo de estas prácticas es proporcionar a los alumnos las herramientas y conocimientos necesarios para analizar y comparar la composición de genomas secuenciados, así como sus anotaciones funcionales.
Desarrollo
A cada alumno se le asignará una especie eucariota, de la cual seleccionará 4 cromosomas, preferentemente 2 autosómicos y 2 sexuales, cuya información composicional y funcional deberá analizar utilizando las herramientas de las plataformas Galaxy y UCSC Genome Browser. Los resultados obtenidos se resumirán en una tabla de cálculo. Todos los datos recabados se compartirán entre los alumnos. Una vez revisados, cada alumno deberá realizar un trabajo de investigación comparativa entre especies. Los resultados de dicho trabajo deberán presentarse en un archivo PDF con una extensión máxima de 4 páginas, incluyendo figuras y referencias, para que pueda ser evaluado por el profesor de la asignatura.
Tabla de resultados
Trabajaremos sobre una tabla compartida entre todos los alumnos de la asignatura, por lo que debemos ser cuidadosos añadiendo, eliminado y modificando valores de la tabla.