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  1. Introducción a la Genómica. Genes y genomas. Grandes proyectos genómicos. Bases de datos genómicas y navegadores genómicos.
  2. Genómica de poblaciones. Dinámica de los genes en las poblaciones. Darwinismo y genética de poblaciones. Conceptos básicos. Equilibrio Hardy-Weinberg.
  3. El papel de la mutación y de la migración. Apareamientos no aleatorios. El papel del azar y de la necesidad en la evolución. Selección natural. Deriva genética.
  4. Evolución del tamaño y de la complejidad de los genomas. Duplicación parcial de los genes. Barajamiento de exones/dominios.
  5. Evolución del número de genes. Duplicación génica. Retrotranscripción. Genes solapados. Splicing y edición del ARN. Genes compartidos.
  6. Evolución genómica. Tamaño y contenido de los genomas. Duplicación genómica. Duplicación cromosómica. Duplicación génica. Transposición genética. Transferencia horizontal de genes. Otros mecanismos de amplificación. La evolución concertada.
  7. Estructura composicional del genoma. Variaciones inter- e intragenómicas del contenido en G+C. Dominios composicionales y superestructuras genómicas. Sesgo en el uso de codones: dialectos genéticos.
  8. Alineamientos de secuencias de DNA y proteínas. Método de la matriz de puntos. Alineamientos global y local. Alineamiento múltiple.
  9. Evolución de secuencias de proteínas. Estimación del número de sustituciones de aminoácidos. Corrección de Poisson para la divergencia evolutiva. Tasa evolutiva de distintas proteínas. Relación entre funcionalidad y tasa de evolución.
  10. Evolución de secuencias genómicas. Estimación de las tasas de sustitución de nucleótidos: diferentes modelos. Estimación de la divergencia evolutiva entre dos secuencias de DNA. Sustituciones sinónimas y no-sinónimas. Variaciones de las tasas de sustitución en diferentes regiones del DNA. Evolución del DNA mitocondrial y cloroplástico.
  11. Filogenómica. Reconstrucción de filogenias. Señal filogenética. Métodos basados en matrices de distancia. Métodos de máxima parsimonia. Fiabilidad de las reconstrucciones filogenéticas. Alineamiento de genomas completos. Redes filogenéticas.
  12. Análisis bioinformático de genomas completos. Estudio de la relación espacial entre distintos elementos genómicos. Programación y uso de flujos de trabajo (workflows) para analizar genomas completos.
  13. Procesado de datos de secuenciación masiva (NGS). Diferentes protocolos de secuenciación masiva. Ensamblado de genomas. Expresión génica diferencial: RNA-seq.
  14. Variabilidad genética en genoma completo. Detección de variantes (SNPs). Efectos fenotípicos de las distintas clases de SNPs. Asociación de SNPs con enfermedades genéticas.
  15. Regulación génica por microRNAs. Regulación postranscripcional. Predicción de genes de microRNAs. Predicción de dianas de microRNAs.
  16. Epigenómica. Metilación del DNA, modificaciones de histonas y microARNs. Metilación diferencial y expresión génica.
  17. Genómica funcional. Ontologías y descubrimiento de función biológica. Términos funcionales.
  18. Predicción computacional de genes. Diferencias entre eucariotas y procariotas. Algoritmos para la predicción computacional de genes. Evaluación de la calidad de la predicción. Predicción computacional de otros elementos funcionales. Islas CpG y el impacto de la metilación en la regulación de la expresión génica.

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Prueba: Lunes 16 de diciembre, 12h, aula C02

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Tutoría colectiva: Viernes 13 de diciembre, 11h, aula C01

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Práctica 2: Miércoles 30 de Octubre, 10h, aulas Inf O21/22


Práctica 1: Jueves 17 de Octubre, 10h, Laboratorio polivalente, sótano de matemáticas


Aula de teoría: C02

Practicas con ordenador: O21/O22

Comienzo de las clases: Las clases de Genómica comenzarán el martes 17 de septiembre a las 10h.

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Para un mayor aprovechamiento de la asignatura, se recomienda acudir a clase con ordenador portatil o tableta.