Home » Ejercicio: exones con más SNPs (1)

Ejercicio: exones con más SNPs (1)

Suponga que nos planteamos la siguiente pregunta:

¿Cuales son los 5 exones con un mayor número de SNPs en el cromosoma 22?

Probablemte conozcamos donde encontrar los datos necesarios para responder a esta cuestión: UCSC, Ensembl… Pero nos falta una herramienta para responder con precisión. Galaxy puede ser la herramienta adecuada.


Extracción de datos del servidor de la UCSC (table browser)

Obtención de los exones

Get Data -> UCSC Main“:

El panel central de Galaxy’s cambiará a este:

Asegúrese de elegir exactamente las opciones que se muestran en la imagen de arriba (en particular, position –> “chr22″, output format –> “BED – browser extensible data”, y “Galaxy” –> Send output to ). Cuando pinche en get output obtendrá la siguiente pantalla:

Asegúrese de que en el bloque Create one BED record per elija “Coding Exons” y pinche en Send Query to Galaxy. Después de eso, le aparecerá un nuevo elemento en su Historia (panel derecho). Aparecerá primero en gris (en espera), luego en amarillo (en ejecución) y finalmente en verde:

Obtención de los SNPs

Get Data -> UCSC Main“:

pero cambie ahora group a “Variation”:

Obtendrá una pantalla parecida a esta (algunos campos pueden contener datos más actualizados que los que se muestran en la imagen):

Cuando pinche en get output obtendrá esto:

Asegúrese de seleccionar Whole Gene y pinche Send Query to Galaxy. Obtendrá un segundo item en su historia:

Pinchando en el icono de lápiz que hay a la derecha de cada item en la historia, renombre los dos items a “Exons” and “SNPs”:

Utilice el boton ‘Ojo’ (situado a la derecha de cada item) para examinar los listados de exones y de SNPs.

 

Anuncios

Prueba: Lunes 16 de diciembre, 12h, aula C02

__________________________________

Tutoría colectiva: Viernes 13 de diciembre, 11h, aula C01

__________________________________

Práctica 2: Miércoles 30 de Octubre, 10h, aulas Inf O21/22


Práctica 1: Jueves 17 de Octubre, 10h, Laboratorio polivalente, sótano de matemáticas


Aula de teoría: C02

Practicas con ordenador: O21/O22

Comienzo de las clases: Las clases de Genómica comenzarán el martes 17 de septiembre a las 10h.

—————————

Para un mayor aprovechamiento de la asignatura, se recomienda acudir a clase con ordenador portatil o tableta.