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Genómica funcional: ontologías

Introducción a las Ontologías en Biología: GO y KEGG

Ver presentación.

Análisis de términos GO y rutas KEGG en Galaxy

ProteoRE

En esta práctica utilizaremos el servidor Galaxy ProteoRE, que dispone de las herramientas clusterProfiler, KEGGREST y pathview. Cree una cuenta en ProteoRE.

Proteínas mitocondriales

Como fichero de entrada utilizaremos una lista de genes (mitocondriales y nucleares) cuyos productos funcionales se localizan en la mitocondria. Suba el siguiente fichero a su cuenta de ProteoRE, indicando que su formato es tabular:

http://bioinfo2.ugr.es/Genomica/Ontologias/mitochondrial_proteins.txt

Análisis de términos GO

Busque la herramienta clusterProfiler, modifique las siguientes opciones y ejecute el trabajo:

  • Choose a file that contains your list of IDs: indique el fichero que ha subido
  • Does your input file contain header? No
  • The column number of IDs to map: c1
  • Select type/source of identifier of your list: Entrez Gene ID
  • Select a species: human
  • Please select GO terms category: select all

Obtendrá dos salidas:

  • clusterProfiler diagram outputs. Se trata de una lista de ficheros de salidas con diferentes gráficos de representación y enriquecimiento en términos GO. Por ejemplo, el fichero EGO.CC.dot.png representa el enriquecimiento en términos GO de la ontología de componentes celulares:

  • clusterProfiler text output. Detalla el contenido en términos GO de la lista de genes asociados a la mitocondria.

Análisis de rutas KEGG

Busque la herramienta KEGG pathways identification and coverage, modifique las siguientes opciones y ejecute el trabajo:

  • Select a file that contains your list of KEGG gene IDs: indique el fichero que ha subido
  • Does your input file contain header? No
  • The column number of KEGG genes IDs to map: c1
  • Select your identifiers type: Entrez Gene ID
  • Select species: human

Obtendrá un fichero de salida con las diez rutas KEGG con mayor cobertura, es decir, mayor porcentaje de genes de la ruta en la lista de genes asociados a la mitocondria.

Busque la herramienta KEGG pathways map visualisation (PathView), modifique las siguientes opciones y ejecute el trabajo:

  • Select species: human
  • Provide your pathway(s): KEGG pathway name(s)
  • Select pathway(s): Oxidative phosphorylation
  • Select your identifiers type: Entrez Gene ID
  • Enter your identifiers (Uniprot AC or Entrez gene ID): input file containing your identifiers
  • Select a file that contains your list of IDs: indique el fichero que ha subido
  • Does your input file contain header? No

Obtendrá dos salidas:

  • Una lista con de ficheros que contiene la imagen que representa la ruta seleccionada (Oxidative phosphorylation) y los genes asociados a la mitocondria que están presentes en la misma (en azul):

  • Un fichero de texto que detalla la representación de esa ruta KEGG en la lista de genes asociados a la mitocondria.

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Prueba: Lunes 16 de diciembre, 12h, aula C02

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Tutoría colectiva: Viernes 13 de diciembre, 11h, aula C01

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Práctica 2: Miércoles 30 de Octubre, 10h, aulas Inf O21/22


Práctica 1: Jueves 17 de Octubre, 10h, Laboratorio polivalente, sótano de matemáticas


Aula de teoría: C02

Practicas con ordenador: O21/O22

Comienzo de las clases: Las clases de Genómica comenzarán el martes 17 de septiembre a las 10h.

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Para un mayor aprovechamiento de la asignatura, se recomienda acudir a clase con ordenador portatil o tableta.