Home » Predicción computacional de genes

Predicción computacional de genes

Estrategias para la búsqueda computacional de genes

Directa

  • Emparejamiento más o menos exacto con EST,  cDNA o proteínas del mismo organismo o de otros relacionados

Indirecta

  • Homología con otros genes conocidos
  • Búsqueda de algo que se parece a un modelo teórico de gen (ab initio)
  • Híbrida, combinando homología y búsqueda ab initio (y quizas también evidencia experimental)

¿Qué podemos medir para predecir genes?

No existe aún la herramienta perfecta para predecir genes: todo se basa en ‘señales débiles’.

Genes codificadores de proteínas:

  • ORFs (Open Reading Frames)
  • Uso de codones
  • Frecuencias de nucleótidos y correlaciones

Sitios funcionales:

  • Sitios de splicing, promotores, UTRs, sitios de poliadenilación

Datos de ejemplo

Predicción de ORFs

La primera tarea para predecir genes en una secuencia anónima es localizar los marcos abiertos de lectura, es decir segmentos de ADN libres de codones de stop en alguna de las fases (Open Reading Frames, ORFs).

Para practicar con estos programas, utilizaremos las primeras 10 kbp de E. coli. Compararemos los resultados con la propia anotación de este genoma.

Genes procarióticos

Para practicar con este programa, utilizaremos las primeras 10 kbp de E. coli. Posteriormente, podemos explorar otras regiones.

Genes eucarióticos

Programas Ejercicios
NetGene2

Para practicar podemos utilizar la secuencia de SOX9, comparando los resultados con su anotación.
GenScan

 

Utilizaremos para practicar la secuencia del gen LAMC2 (ver datos de ejemplo) y comparar la predicción obtenida con el mapa en el navegador de la UCSC
GeneID

 

Utilizaremos alguna de las secuencias de vertebrados que se muestran en los datos de ejemplo y comparar la predicción obtenida con su anotación

 

Anuncios

Prueba: Lunes 16 de diciembre, 12h, aula C02

__________________________________

Tutoría colectiva: Viernes 13 de diciembre, 11h, aula C01

__________________________________

Práctica 2: Miércoles 30 de Octubre, 10h, aulas Inf O21/22


Práctica 1: Jueves 17 de Octubre, 10h, Laboratorio polivalente, sótano de matemáticas


Aula de teoría: C02

Practicas con ordenador: O21/O22

Comienzo de las clases: Las clases de Genómica comenzarán el martes 17 de septiembre a las 10h.

—————————

Para un mayor aprovechamiento de la asignatura, se recomienda acudir a clase con ordenador portatil o tableta.