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Solapamiento de genes

Para una versión completa del protocolo de Galaxy, pinche aquí.

Obtención de datos

  1. Conecte a Galaxy (mirror) y entre en su cuenta (regístrese si es necesario).
  2. En el panel izquierdo de Galaxy, abra Get Data  UCSC Main 
  3. Usando los selectores del Table Browser, seleccione los genes (Genes and Gene Predictions, NCBI refseq) del chromosoma 22, assembly hg38 en formato BED. Envíe el resultado a Galaxy seleccionando “Whole Gene”.

Separa los genes en las dos hebras

  1. Utiliza la herramienta “Filter” para obtener los genes de la hebra positiva (+). Presta atención a qué columna contiene esta información. Comprueba que has obtenido el resultado esperado.
  2. Utiliza la herramienta “Filter” para obtener los genes de la hebra negativa (-). Usa la misma columna que en el punto anterior.

Encuentra los fragmentos que solapan entre los dos conjuntos

  1. Con Intersect de Operate on Genomic Intervals obtén los genes de la hebra positiva que solapan con los de la hebra negativa y viceversa. Considera los solapamientos a partir de 1 posición.
  2. Calcula el porcentaje de Genes que solapan en alguna de las dos hebras.

Visualiza los fragmentos en UCSC Genome Browser

  1. Despliega el cuadro de las regiones que has obtenido y pincha en display at UCSC main.
  2. Usando Genome Browser, comprueba algunas de las regiones obtenidas y observa si corresponden a genes que solapan en las dos hebras (p.ej: chr22:36,652,002-36,984,079).

Genera un workflow con el análisis realizado

  1. Utilizando el protocolo correspondiente, genera un workflow para poder repetir el análisis

Ejercicio

  1. Utiliza el workflow que has generado para calcular el solapamiento entre exones.

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Prueba: Lunes 16 de diciembre, 12h, aula C02

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Tutoría colectiva: Viernes 13 de diciembre, 11h, aula C01

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Práctica 2: Miércoles 30 de Octubre, 10h, aulas Inf O21/22


Práctica 1: Jueves 17 de Octubre, 10h, Laboratorio polivalente, sótano de matemáticas


Aula de teoría: C02

Practicas con ordenador: O21/O22

Comienzo de las clases: Las clases de Genómica comenzarán el martes 17 de septiembre a las 10h.

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Para un mayor aprovechamiento de la asignatura, se recomienda acudir a clase con ordenador portatil o tableta.