{"id":1006,"date":"2013-07-02T17:59:39","date_gmt":"2013-07-02T15:59:39","guid":{"rendered":"http:\/\/bioinfo2.ugr.es\/genomica\/?page_id=1006"},"modified":"2014-09-08T11:05:42","modified_gmt":"2014-09-08T09:05:42","slug":"exonizacion","status":"publish","type":"page","link":"https:\/\/bioinfo2.ugr.es\/genomica\/exonizacion\/","title":{"rendered":"Exonizaci\u00f3n de elementos transponibles"},"content":{"rendered":"<h3><b><span style=\"font-size: medium;\">Analisis de un evento de exonizaci\u00f3n<\/span><\/b><\/h3>\n<p>El gen <a href=\"http:\/\/www.ncbi.nlm.nih.gov\/gene\/55653\">BCAS4<\/a> presenta splicing alternativo dando lugar a al menos a tres transcritos diferentes. Uno de ellos, <a href=\"http:\/\/www.ncbi.nlm.nih.gov\/nuccore\/NM_017843.3\" target=\"_blank\">NM_017843.3<\/a> ha incorporado en su regi\u00f3n codificadora una Alu (AluSz) \u2013 el quinto exon codificador.<\/p>\n<p>A continuaci\u00f3n, vamos a analizar si algunas mutaciones especificas han facilitado la exonizaci\u00f3n de esta Alu<\/p>\n<ol>\n<li>Descargamos la anotaci\u00f3n de los exones de NM_017843 del \u2018<a href=\"http:\/\/genome.ucsc.edu\/cgi-bin\/hgTables?command=start\" target=\"_blank\">Table Browser<\/a>\u2019 de la UCSC (RefSeq Genes &#8211;&gt; Filter &#8211;&gt; output format: GTF)<\/li>\n<li>Las coordenadas del quinto CDS ex\u00f3n son chr20:49492534-49492630<\/li>\n<li>Visualizaremos la regi\u00f3n en el <a href=\"http:\/\/genome.ucsc.edu\/cgi-bin\/hgGateway\">Genome Browser<\/a> de este ex\u00f3n alternativo mas 2 bp, teniendo en cuenta de que el motif can\u00f3nico de splicing en la frontera ex\u00f3n\/intron es \u2018GT\u2019 (donor splice) y el de la frontera intron\/ex\u00f3n es \u2018AG\u2019 (acceptor splice).<\/li>\n<li>Descargamos la secuencia desde el Genome Browser (\u2018View\u2019 &#8211;&gt; \u2018DNA\u2019)<\/li>\n<li>Como hemos observado en el punto 3), el ex\u00f3n proviene de una AluSz. La secuencia consenso de esta Alu la podemos descargar aqu\u00ed.<\/li>\n<li>La AluSz se ubica en la hebra complementaria, es decir se ha exonizado en direcci\u00f3n \u2018anti-sense\u2019. Por lo tanto tenemos que generar la secuencia inversa complementaria mediante <a href=\"http:\/\/emboss.bioinformatics.nl\/cgi-bin\/emboss\/revseq\" target=\"_blank\">revseq<\/a><\/li>\n<li>Generamos un fichero multi-fasta que contiene la secuencia gen\u00f3mica &amp; la secuencia consenso (inversa complementaria) de la AluSz<\/li>\n<li>Ahora podemos alinear la secuencia gen\u00f3mica del ex\u00f3n (mas 2 bp del intron) frente a la secuencia consenso de la AluSz mediante <a href=\"http:\/\/www.ebi.ac.uk\/Tools\/msa\/clustalw2\/\" target=\"_blank\">ClustalW2<\/a><\/li>\n<\/ol>\n","protected":false},"excerpt":{"rendered":"<p>Analisis de un evento de exonizaci\u00f3n El gen BCAS4 presenta splicing alternativo dando lugar a al menos a tres transcritos diferentes. Uno de ellos, NM_017843.3 ha incorporado en su regi\u00f3n codificadora una Alu (AluSz) \u2013 el quinto exon codificador. A continuaci\u00f3n, vamos [&hellip;]<\/p>\n","protected":false},"author":1,"featured_media":0,"parent":0,"menu_order":8,"comment_status":"closed","ping_status":"closed","template":"","meta":[],"_links":{"self":[{"href":"https:\/\/bioinfo2.ugr.es\/genomica\/wp-json\/wp\/v2\/pages\/1006"}],"collection":[{"href":"https:\/\/bioinfo2.ugr.es\/genomica\/wp-json\/wp\/v2\/pages"}],"about":[{"href":"https:\/\/bioinfo2.ugr.es\/genomica\/wp-json\/wp\/v2\/types\/page"}],"author":[{"embeddable":true,"href":"https:\/\/bioinfo2.ugr.es\/genomica\/wp-json\/wp\/v2\/users\/1"}],"replies":[{"embeddable":true,"href":"https:\/\/bioinfo2.ugr.es\/genomica\/wp-json\/wp\/v2\/comments?post=1006"}],"version-history":[{"count":0,"href":"https:\/\/bioinfo2.ugr.es\/genomica\/wp-json\/wp\/v2\/pages\/1006\/revisions"}],"wp:attachment":[{"href":"https:\/\/bioinfo2.ugr.es\/genomica\/wp-json\/wp\/v2\/media?parent=1006"}],"curies":[{"name":"wp","href":"https:\/\/api.w.org\/{rel}","templated":true}]}}