{"id":1600,"date":"2013-11-10T20:27:07","date_gmt":"2013-11-10T18:27:07","guid":{"rendered":"http:\/\/bioinfo2.ugr.es\/genomica\/?page_id=1600"},"modified":"2018-12-13T11:46:39","modified_gmt":"2018-12-13T09:46:39","slug":"elementostransponibles","status":"publish","type":"page","link":"https:\/\/bioinfo2.ugr.es\/genomica\/elementostransponibles\/","title":{"rendered":"DNA repetitivo"},"content":{"rendered":"<p>En esta sesi\u00f3n vamos a analizar el contenido en DNA repetitivo. En concreto, queremos determinar:<\/p>\n<p>1)\u00a0\u00a0\u00a0\u00a0\u00a0 El % del genoma que corresponde a DNA repetitivo<\/p>\n<p>2)\u00a0\u00a0\u00a0\u00a0\u00a0 La composici\u00f3n del repetido, considerando las siguientes clases: i) transposones de DNA, ii) retrotransposones, iii) repetido simple<\/p>\n<p>3)\u00a0\u00a0\u00a0\u00a0\u00a0 La distribuci\u00f3n del repetido: queremos saber d\u00f3nde el DNA repetido es m\u00e1s frecuente: en los promotores, en los exones, en los intrones o en el espacio interg\u00e9nico.<\/p>\n<p>&nbsp;<\/p>\n<p>Pasos<\/p>\n<p>1)\u00a0\u00a0\u00a0\u00a0\u00a0 Obtener los datos de la tabla \u2018RepeatMasker\u2019 (dentro del grupo \u2018Repeats\u2019) correspondientes a la especie. Como formato de salida excogemos \u2018selected fields from primary and related tables\u2019. Seleccionaremos: \u2018milliDiv\u2019, \u2018genoName\u2019, \u2018genoStart\u2019, \u2018genoEnd\u2019, \u00a0\u2018strand\u2019, \u2019repName\u2019, \u2019repClass\u2019, \u2019repFamily\u2019<\/p>\n<p>2)\u00a0\u00a0\u00a0\u00a0\u00a0 Vamos a determinar la composici\u00f3n de la secuencia cromos\u00f3mica en DNA repetitivo. Para ello, vamos a agrupar la columna \u2018repClass\u2019 calculando la longitud total de cada grupo (Join, Subtract and Group , Group). Los grupos que obtenenmos vamos a agrupar otra vez: i) LINE, SINE, LTR son los retrotransposones, ii) DNA los transposones de DNA, y iii) \u2018Low_complexity\u2019 y \u2018Simple_repeat\u2019 el repetido simple.<\/p>\n<p>3)\u00a0\u00a0\u00a0\u00a0\u00a0 Para determinar la longitud total del DNA repetitivo haremos primero un merge. Despues calcularemos la\u00a0 longitud y la estatistica b\u00e1scia de la longitud.<\/p>\n","protected":false},"excerpt":{"rendered":"<p>En esta sesi\u00f3n vamos a analizar el contenido en DNA repetitivo. En concreto, queremos determinar: 1)\u00a0\u00a0\u00a0\u00a0\u00a0 El % del genoma que corresponde a DNA repetitivo 2)\u00a0\u00a0\u00a0\u00a0\u00a0 La composici\u00f3n del repetido, considerando las siguientes clases: i) transposones de DNA, ii) retrotransposones, iii) repetido [&hellip;]<\/p>\n","protected":false},"author":1,"featured_media":0,"parent":0,"menu_order":0,"comment_status":"closed","ping_status":"closed","template":"","meta":[],"_links":{"self":[{"href":"https:\/\/bioinfo2.ugr.es\/genomica\/wp-json\/wp\/v2\/pages\/1600"}],"collection":[{"href":"https:\/\/bioinfo2.ugr.es\/genomica\/wp-json\/wp\/v2\/pages"}],"about":[{"href":"https:\/\/bioinfo2.ugr.es\/genomica\/wp-json\/wp\/v2\/types\/page"}],"author":[{"embeddable":true,"href":"https:\/\/bioinfo2.ugr.es\/genomica\/wp-json\/wp\/v2\/users\/1"}],"replies":[{"embeddable":true,"href":"https:\/\/bioinfo2.ugr.es\/genomica\/wp-json\/wp\/v2\/comments?post=1600"}],"version-history":[{"count":4,"href":"https:\/\/bioinfo2.ugr.es\/genomica\/wp-json\/wp\/v2\/pages\/1600\/revisions"}],"predecessor-version":[{"id":3791,"href":"https:\/\/bioinfo2.ugr.es\/genomica\/wp-json\/wp\/v2\/pages\/1600\/revisions\/3791"}],"wp:attachment":[{"href":"https:\/\/bioinfo2.ugr.es\/genomica\/wp-json\/wp\/v2\/media?parent=1600"}],"curies":[{"name":"wp","href":"https:\/\/api.w.org\/{rel}","templated":true}]}}