{"id":3181,"date":"2015-12-16T17:54:02","date_gmt":"2015-12-16T15:54:02","guid":{"rendered":"http:\/\/bioinfo2.ugr.es\/genomica\/?page_id=3181"},"modified":"2018-09-26T20:10:22","modified_gmt":"2018-09-26T18:10:22","slug":"workflows-2-ejecucion","status":"publish","type":"page","link":"https:\/\/bioinfo2.ugr.es\/genomica\/workflows-2-ejecucion\/","title":{"rendered":"Galaxy workflows 2: Ejecuci\u00f3n"},"content":{"rendered":"

Una vez programado un workflow, podemos aplicarlo a otros datos de entrada y repetir los c\u00e1lculos de manera autom\u00e1tica.<\/p>\n

Vamos a comenzar por aplicar WF1 a los datos de exones y SNPs a partir de los cuales fu\u00e9 extra\u00eddo el workflow.<\/p>\n

Cree una nueva historia, ll\u00e1mela Exons_SNPs_WF y copie (History options –> Copy datasests<\/strong>) en ella los datasets originales del cromosoma 22 (Exons y SNPs):<\/p>\n

\"\"<\/p>\n

Pinche en\u00a0Workflow<\/b>, pase el rat\u00f3n sobre “WF1”, pinche en la flecha y elija ‘Run’.<\/p>\n

El panel central cambiar\u00e1 para permitir ejecutar el workflow. Seleccione los dos conjuntos de datos (primero los exones, despu\u00e9s los SNPs) como se muestra abajo, vaya al final de la p\u00e1gina y pinche\u00a0Run workflow:<\/b><\/p>\n

\"\"<\/p>\n

Una vez que comience a ejecutarse el workflow, podr\u00e1 ir siguiendo todas sus etapas en el panel central:<\/p>\n

\"\"<\/p>\n

Resultados<\/h3>\n

Cuando el proceso acabe podr\u00e1 ver la salida final ( dataset #7), las etapas intermedias habr\u00e1n desaparecido:<\/p>\n

\"\"<\/p>\n

Ejercicios<\/h3>\n

Utilice WF1 para examinar las relaciones entre otros elementos gen\u00f3micos<\/span><\/h4>\n
    \n
  1. Obtenga los 5 exones del cromosoma 22 humano con m\u00e1s retrotransposones Alu (exonizaci\u00f3n).<\/li>\n
  2. Elija otros contenedores\/contenidos y ejecute WF1 sobre ellos.<\/li>\n<\/ol>\n

    Desarrollo de workflows con otra funcionalidades<\/span><\/h4>\n

    Sugerencias:<\/p>\n

      \n
    1. Elimine alguna etapa intermedia de forma que en vez de los Top5, el nuevo workflow sea capaz de extraer todos los exones humanos con alguna Alu.<\/li>\n
    2. Adem\u00e1s de contar elementos dentro de un contenedor, puede explorar tambi\u00e9n otras propiedades estad\u00edsticas de los elementos gen\u00f3micos. Por ejemplo, en el programa \u2018Group\u2019 puede usar la media, moda, mediana, m\u00e1x, min\u2026 de la longitud de los elementos dentro del contenedor.<\/li>\n<\/ol>\n

      Compartiendo historias y workflows<\/h3>\n

      History options –> Share or publish:<\/strong><\/p>\n

      \"\"<\/p>\n","protected":false},"excerpt":{"rendered":"

      Una vez programado un workflow, podemos aplicarlo a otros datos de entrada y repetir los c\u00e1lculos de manera autom\u00e1tica. Vamos a comenzar por aplicar WF1 a los datos de exones y SNPs a partir de los cuales fu\u00e9 extra\u00eddo el workflow. Cree […]<\/p>\n","protected":false},"author":1,"featured_media":0,"parent":0,"menu_order":0,"comment_status":"closed","ping_status":"closed","template":"","meta":[],"_links":{"self":[{"href":"https:\/\/bioinfo2.ugr.es\/genomica\/wp-json\/wp\/v2\/pages\/3181"}],"collection":[{"href":"https:\/\/bioinfo2.ugr.es\/genomica\/wp-json\/wp\/v2\/pages"}],"about":[{"href":"https:\/\/bioinfo2.ugr.es\/genomica\/wp-json\/wp\/v2\/types\/page"}],"author":[{"embeddable":true,"href":"https:\/\/bioinfo2.ugr.es\/genomica\/wp-json\/wp\/v2\/users\/1"}],"replies":[{"embeddable":true,"href":"https:\/\/bioinfo2.ugr.es\/genomica\/wp-json\/wp\/v2\/comments?post=3181"}],"version-history":[{"count":1,"href":"https:\/\/bioinfo2.ugr.es\/genomica\/wp-json\/wp\/v2\/pages\/3181\/revisions"}],"predecessor-version":[{"id":3722,"href":"https:\/\/bioinfo2.ugr.es\/genomica\/wp-json\/wp\/v2\/pages\/3181\/revisions\/3722"}],"wp:attachment":[{"href":"https:\/\/bioinfo2.ugr.es\/genomica\/wp-json\/wp\/v2\/media?parent=3181"}],"curies":[{"name":"wp","href":"https:\/\/api.w.org\/{rel}","templated":true}]}}