{"id":4168,"date":"2024-09-23T12:33:13","date_gmt":"2024-09-23T10:33:13","guid":{"rendered":"https:\/\/bioinfo2.ugr.es\/genomica\/?page_id=4168"},"modified":"2024-09-26T11:48:07","modified_gmt":"2024-09-26T09:48:07","slug":"analisis-composicional","status":"publish","type":"page","link":"https:\/\/bioinfo2.ugr.es\/genomica\/analisis-composicional\/","title":{"rendered":"An\u00e1lisis Composicional"},"content":{"rendered":"\n<h3>Informaci\u00f3n b\u00e1sica de una secuencia<\/h3>\n\n\n\n<pre class=\"wp-block-code has-normal-font-size\"><code>La herramienta <strong>Fasta Statistics<\/strong> en el men\u00fa <strong>FASTA\/FASTQ<\/strong><\/code><\/pre>\n\n\n\n<p>Las herramientas en  Galaxy autom\u00e1ticamente detecta los conjuntos de datos que podemos usar y los muestra en un men\u00fa desplegable.<\/p>\n\n\n\n<div class=\"wp-block-image\"><figure class=\"aligncenter size-full\"><a href=\"https:\/\/bioinfo2.ugr.es\/genomica\/wp-content\/uploads\/2024\/09\/image-8.jpg\"><img loading=\"lazy\" width=\"848\" height=\"348\" src=\"https:\/\/bioinfo2.ugr.es\/genomica\/wp-content\/uploads\/2024\/09\/image-8.jpg\" alt=\"\" class=\"wp-image-4190\" srcset=\"https:\/\/bioinfo2.ugr.es\/genomica\/wp-content\/uploads\/2024\/09\/image-8.jpg 848w, https:\/\/bioinfo2.ugr.es\/genomica\/wp-content\/uploads\/2024\/09\/image-8-300x123.jpg 300w, https:\/\/bioinfo2.ugr.es\/genomica\/wp-content\/uploads\/2024\/09\/image-8-768x315.jpg 768w\" sizes=\"(max-width: 848px) 100vw, 848px\" \/><\/a><\/figure><\/div>\n\n\n\n<p>En los resultados del programa encontramos la longitud de la secuencia, el contenido G+C (incluyendo las Ns), la estad\u00edstica de los bloques de Ns (gaps) y el conteo de nucle\u00f3tidos.<\/p>\n\n\n\n<h3>Composici\u00f3n en dinucle\u00f3tidos<\/h3>\n\n\n\n<p>El an\u00e1lisis de la composici\u00f3n de dinucle\u00f3tidos es crucial para entender la funcionalidad y evoluci\u00f3n del genoma, as\u00ed como para identificar regiones cr\u00edticas en la regulaci\u00f3n g\u00e9nica y susceptibilidad a mutaciones.<\/p>\n\n\n\n<pre class=\"wp-block-code has-normal-font-size\"><code><strong>compseq<\/strong> del paquete <strong>EMBOSS<\/strong> nos permite cuantificar los dinucle\u00f3tidos<\/code><\/pre>\n\n\n\n<figure class=\"wp-block-image size-full\"><a href=\"https:\/\/bioinfo2.ugr.es\/genomica\/wp-content\/uploads\/2024\/09\/image-6.jpg\"><img loading=\"lazy\" width=\"848\" height=\"304\" src=\"https:\/\/bioinfo2.ugr.es\/genomica\/wp-content\/uploads\/2024\/09\/image-6.jpg\" alt=\"\" class=\"wp-image-4185\" srcset=\"https:\/\/bioinfo2.ugr.es\/genomica\/wp-content\/uploads\/2024\/09\/image-6.jpg 848w, https:\/\/bioinfo2.ugr.es\/genomica\/wp-content\/uploads\/2024\/09\/image-6-300x108.jpg 300w, https:\/\/bioinfo2.ugr.es\/genomica\/wp-content\/uploads\/2024\/09\/image-6-768x275.jpg 768w\" sizes=\"(max-width: 848px) 100vw, 848px\" \/><\/a><\/figure>\n\n\n\n<p>Para detectar la frecuencia de dinucle\u00f3tidos se desliza una ventana m\u00f3vil de tama\u00f1o 2 pbs a lo largo de la secuencia. En cada paso se anota el dinucle\u00f3tido detectado.&nbsp;&nbsp;<\/p>\n\n\n\n<p class=\"has-text-align-center\">Secuencia: ATTCCGTGAACTG&nbsp;<\/p>\n\n\n\n<p class=\"has-text-align-center\">Dinucle\u00f3tidos: AT, TT, TC, CG, GT\u2026&nbsp;<\/p>\n\n\n\n<div class=\"wp-block-image\"><figure class=\"aligncenter size-full\"><a href=\"https:\/\/bioinfo2.ugr.es\/genomica\/wp-content\/uploads\/2024\/09\/image-7.jpg\"><img loading=\"lazy\" width=\"621\" height=\"477\" src=\"https:\/\/bioinfo2.ugr.es\/genomica\/wp-content\/uploads\/2024\/09\/image-7.jpg\" alt=\"\" class=\"wp-image-4186\" srcset=\"https:\/\/bioinfo2.ugr.es\/genomica\/wp-content\/uploads\/2024\/09\/image-7.jpg 621w, https:\/\/bioinfo2.ugr.es\/genomica\/wp-content\/uploads\/2024\/09\/image-7-300x230.jpg 300w\" sizes=\"(max-width: 621px) 100vw, 621px\" \/><\/a><\/figure><\/div>\n\n\n\n<ul><li><strong>Word<\/strong>: el N-mero (el dinucle\u00f3tido en este caso)&nbsp;<\/li><\/ul>\n\n\n\n<ul><li><strong>Obs Count<\/strong>: el n\u00famero de veces que la secuencia contiene este N-mero&nbsp;<\/li><\/ul>\n\n\n\n<ul><li><strong>Obs. Frequency<\/strong>: La frecuencia observada (count &#8211; \u2019n\u00famero total de palabras\u2019). El n\u00famero de palabras existentes en este caso es \u2018longitud de la secuencia\u2019 -1.&nbsp;&nbsp;<\/li><\/ul>\n\n\n\n<ul><li><strong>Exp. Frequency<\/strong>: La frecuencia esperada seg\u00fan las frecuencias de los mononucle\u00f3tidos&nbsp;<\/li><\/ul>\n\n\n\n<ul><li><strong>Obs\/Exp Frequency<\/strong>: La ratio entre la frecuencia observada y la esperada. Un valor de 1 indica que la secuencia contiene exactamente el n\u00famero que hubi\u00e9ramos esperado. Una desviaci\u00f3n de 1 puede indicar la existencia de procesos biol\u00f3gicos que causan que observemos m\u00e1s o menos dinucle\u00f3tidos de cierto tipo.&nbsp;<\/li><\/ul>\n\n\n\n<blockquote class=\"wp-block-quote has-text-align-left is-style-default\"><p><\/p><p>\u00bfPor qu\u00e9 es falsa la asunci\u00f3n de que todas las palabras tienen la misma frecuencia esperada? \u00bfC\u00f3mo se calcula la frecuencias esperada correctamente? Usa valores de secuencia sin Ns para recalcular.<\/p><\/blockquote>\n\n\n\n<div class=\"wp-block-image\"><figure class=\"aligncenter size-full\"><a href=\"https:\/\/bioinfo2.ugr.es\/genomica\/wp-content\/uploads\/2024\/09\/image-9.png\"><img loading=\"lazy\" width=\"751\" height=\"665\" src=\"https:\/\/bioinfo2.ugr.es\/genomica\/wp-content\/uploads\/2024\/09\/image-9.png\" alt=\"\" class=\"wp-image-4189\" srcset=\"https:\/\/bioinfo2.ugr.es\/genomica\/wp-content\/uploads\/2024\/09\/image-9.png 751w, https:\/\/bioinfo2.ugr.es\/genomica\/wp-content\/uploads\/2024\/09\/image-9-300x266.png 300w\" sizes=\"(max-width: 751px) 100vw, 751px\" \/><\/a><\/figure><\/div>\n\n\n\n<blockquote class=\"wp-block-quote is-style-default\"><p><\/p><p>ANTES DE CONTINUAR COMPLETA EN LA TABLA COMPARTIDA:<\/p><p>La informaci\u00f3n composicional para todas tus secuencias<\/p><p>Busca una explicaci\u00f3n a los valores m\u00e1s extremos de las distribuciones de la relaci\u00f3n entre frecuencia observada y esperada<\/p><\/blockquote>\n","protected":false},"excerpt":{"rendered":"<p>Informaci\u00f3n b\u00e1sica de una secuencia Las herramientas en Galaxy autom\u00e1ticamente detecta los conjuntos de datos que podemos usar y los muestra en un men\u00fa desplegable. 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