![\"\"](\"https:\/\/bioinfo2.ugr.es\/genomica\/wp-content\/uploads\/2024\/09\/image-19.jpg\")
<\/a><\/figure><\/div>\n\n\n\nEstos elementos suelen presentar un elevado %GC y una relaci\u00f3n de CpG observados\/esperados alta, al contrario que la mayor\u00eda del genoma.<\/p>\n\n\n\n
<\/a><\/figure><\/div>\n\n\n\nExisten 3 tipos de m\u00e9todos computacionales de detecci\u00f3n de islas CpG: m\u00e9todos de ventanas deslizantes, m\u00e9todos de adici\u00f3n y m\u00e9todos de agrupamiento (clustering<\/em>). Cada uno presenta sus ventajas y desventajas, y dependiendo de lo que busquemos utilizaremos unos u otros. El m\u00e9todo cl\u00e1sico de detecci\u00f3n de islas CpG es el de ventanas deslizantes (o m\u00f3viles), donde se deslizar\u00e1 una ventana de un tama\u00f1o determinado a lo largo de la secuencia, calculando en cada paso una serie de par\u00e1metros composicionales a los que se aplicar\u00e1n umbrales para determinar su pertenencia a una isla CpG.<\/p>\n\n\n\n Estos m\u00e9todos de ventana presentan m\u00faltiples par\u00e1metros, pero por motivos hist\u00f3ricos hay dos conjuntos de par\u00e1metros muy utilizados.<\/p>\n\n\n\n El programa cpgplot nos devuelve tres objetos: la localizaci\u00f3n de las islas en formato cpgplot, gr\u00e1ficos a lo largo de la secuencia de los par\u00e1metros utilizados y la localizaci\u00f3n de las islas en formato gff2. El que nos interesa es el formato gff2, que podremos convertir a formato BED y contabilizar el n\u00famero de elementos identificados.<\/p>\n\n\n\n El fichero BED obtenido puede ser descargado y representado visualmente en el UCSC Genome Browser.<\/a><\/p>\n\n\n\n Con un editor de texto introduciremos una primera l\u00ednea que comience por “track” como cabecero de nuestro fichero de anotaci\u00f3n, para m\u00e1s detalles consultad los detalles del formato BED<\/a>.<\/p>\n\n\n\n <\/p>\n\n\n\n Una vez subido el fichero podemos ver nuestra nueva anotaci\u00f3n generada en conjunto con todas las anotaciones disponibles para el ensamblado en cuesti\u00f3n en el buscador de la UCSC.<\/p>\n\n\n\n <\/p> ANTES DE CONTINUAR COMPLETA EN LA TABLA COMPARTIDA:<\/p> N\u00famero de islas CpG para cada combinaci\u00f3n de par\u00e1metros y cromosoma.<\/p><\/blockquote>\n","protected":false},"excerpt":{"rendered":" A pesar de la depleci\u00f3n generalizada de los dinucl\u00e9otidos CpG en el genoma de mam\u00edferos, esta depleci\u00f3n es asim\u00e9trica, encontrando regiones densas de estos dinucle\u00f3tidos conocidas como islas CpG. Las islas CpG se consideran la manifestaci\u00f3n en el genoma de mam\u00edferos del […]<\/p>\n","protected":false},"author":1,"featured_media":0,"parent":0,"menu_order":0,"comment_status":"closed","ping_status":"closed","template":"","meta":[],"_links":{"self":[{"href":"https:\/\/bioinfo2.ugr.es\/genomica\/wp-json\/wp\/v2\/pages\/4196"}],"collection":[{"href":"https:\/\/bioinfo2.ugr.es\/genomica\/wp-json\/wp\/v2\/pages"}],"about":[{"href":"https:\/\/bioinfo2.ugr.es\/genomica\/wp-json\/wp\/v2\/types\/page"}],"author":[{"embeddable":true,"href":"https:\/\/bioinfo2.ugr.es\/genomica\/wp-json\/wp\/v2\/users\/1"}],"replies":[{"embeddable":true,"href":"https:\/\/bioinfo2.ugr.es\/genomica\/wp-json\/wp\/v2\/comments?post=4196"}],"version-history":[{"count":44,"href":"https:\/\/bioinfo2.ugr.es\/genomica\/wp-json\/wp\/v2\/pages\/4196\/revisions"}],"predecessor-version":[{"id":4808,"href":"https:\/\/bioinfo2.ugr.es\/genomica\/wp-json\/wp\/v2\/pages\/4196\/revisions\/4808"}],"wp:attachment":[{"href":"https:\/\/bioinfo2.ugr.es\/genomica\/wp-json\/wp\/v2\/media?parent=4196"}],"curies":[{"name":"wp","href":"https:\/\/api.w.org\/{rel}","templated":true}]}}<\/a><\/figure><\/div>\n\n\n\nMediante el algoritmo cpgplot<\/strong> de EMBOSS<\/strong> calcularemos ambos conjuntos de islas CpG<\/code><\/pre>\n\n\n\n<\/a><\/figure>\n\n\n\nEn el men\u00fa Convert Formats<\/strong> usaremos la herramienta GFF-to-BED<\/strong> para transformar el fichero gff2 a bed<\/code><\/pre>\n\n\n\n<\/a><\/figure><\/div>\n\n\n\nAccedemos al buscador de nuestro ensamblado usando la pesta\u00f1a Genomes<\/strong>\n\nUna vez cargado entraremos en el men\u00fa My Data > Custom Tracks<\/strong><\/code><\/pre>\n\n\n\n<\/a><\/figure><\/div>\n\n\n\nSeleccionamos nuestro fichero *.bed\nSubimos el fichero presionando Submit<\/strong><\/code><\/pre>\n\n\n\n<\/a><\/figure>\n\n\n\nComprobamos que nuestro fichero sea el correcto\n\nPinchamos en Go to first annotation<\/strong><\/code><\/pre>\n\n\n\n<\/a><\/figure>\n\n\n\n<\/a><\/figure>\n\n\n\n