{"id":1791,"date":"2014-02-13T11:04:22","date_gmt":"2014-02-13T09:04:22","guid":{"rendered":"http:\/\/bioinfo2.ugr.es\/genomicafuncional\/?page_id=1791"},"modified":"2026-02-16T13:53:39","modified_gmt":"2026-02-16T11:53:39","slug":"micrornas","status":"publish","type":"page","link":"https:\/\/bioinfo2.ugr.es\/genomicafuncional\/micrornas\/","title":{"rendered":"microRNA: nomenclatura, bases de datos y biog\u00e9nesis"},"content":{"rendered":"<div><\/div>\n<div>\n<h3><b>Bases de datos<\/b><\/h3>\n<p>La base de datos de referencia se llama <a href=\"http:\/\/www.mirbase.org\/\">miRBase<\/a>. Podemos descargar todas las secuencias de los microRNA, buscar informaci\u00f3n acerca de uno en concreto o en funci\u00f3n de la especie.<\/p>\n<p>Una base de datos mas depurada y limitada a animales es <a href=\"https:\/\/mirgenedb.org\/\" target=\"_blank\" rel=\"noopener\">MirGeneDB<\/a>.<\/p>\n<p><b><i>Cuestiones:<\/i><\/b><\/p>\n<ul>\n<li>Los nombres de las secuencias maduras del microRNA asignado<\/li>\n<li>Los nombres en la base de datos MirGeneDB<\/li>\n<li>Secuencias del pre-microRNA y de los microRNAs maduros<\/li>\n<li>Confirmar que la secuencias son las mismas en MirGeneDB<\/li>\n<li>\u00bfCual de los microRNAs maduros es el funcional (5p o 3p)?<\/li>\n<li>\u00bfCual es el nodo de origen del miRNA asignado?<\/li>\n<\/ul>\n<h3><b>El microRNA en el contexto gen\u00f3mico (hsa-mir-125a)<\/b><\/h3>\n<p>Hay dos posibilidades de determinar las coordenadas de un microRNA:<\/p>\n<ol>\n<li>En la base de datos <a href=\"http:\/\/www.mirbase.org\/\">miRBase<\/a> podemos obtener las <a href=\"ftp:\/\/mirbase.org\/pub\/mirbase\/CURRENT\/genomes\/hsa.gff3\">coordenadas cromos\u00f3micas<\/a><\/li>\n<li>Podemos usar <a href=\"https:\/\/genome.ucsc.edu\/cgi-bin\/hgBlat\" target=\"_blank\" rel=\"noopener\">BLAT<\/a> para ubicar la secuencia en el genoma humano<\/li>\n<\/ol>\n<p>Mediante el <a href=\"http:\/\/genome.ucsc.edu\/cgi-bin\/hgGateway\">GenomeBrowser<\/a> podemos analizar el gen de microRNA en su contexto gen\u00f3mico<\/p>\n<p><b><i>Cuestiones:<\/i><\/b><\/p>\n<ul>\n<li>Las coordenadas cromos\u00f3micas del pre-microRNA<\/li>\n<li>Co-localizaci\u00f3n con los genes (intr\u00f3nico\/inter-g\u00e9nico)<\/li>\n<li>Formaci\u00f3n de un cluster con otros microRNAs<\/li>\n<li>\u00bfEl pre-microRNA solapa con alg\u00fan elemento gen\u00f3mico o una variaci\u00f3n de secuencia anotada (SNPs)?<\/li>\n<li>Determinar la posici\u00f3n relativa de los SNPs dentro del pre-microRNA y si procede dentro del microRNA maduro<\/li>\n<\/ul>\n<p><strong>Diferencias entre la base de datos <a href=\"https:\/\/www.mirbase.org\/\" target=\"_blank\" rel=\"noopener\">miRBase<\/a> y <a href=\"https:\/\/mirgenedb.org\/\" target=\"_blank\" rel=\"noopener\">MirGeneDB<\/a><\/strong><\/p>\n<ul>\n<li>Buscar el microRNA asignado en MirGeneDB<\/li>\n<li>Discutir esta <a href=\"https:\/\/www.mirbase.org\/hairpin\/MI0016889\" target=\"_blank\" rel=\"noopener\">entrada<\/a><\/li>\n<li>Buscar una entrada posiblemente falsa en miRBase<\/li>\n<\/ul>\n<\/div>\n","protected":false},"excerpt":{"rendered":"<p>Bases de datos La base de datos de referencia se llama miRBase. Podemos descargar todas las secuencias de los microRNA, buscar informaci\u00f3n acerca de uno en concreto o en funci\u00f3n de la especie. Una base de datos mas depurada y limitada a animales es MirGeneDB. Cuestiones: Los nombres de las secuencias maduras del microRNA asignado &hellip; <a href=\"https:\/\/bioinfo2.ugr.es\/genomicafuncional\/micrornas\/\">Continue reading <span class=\"meta-nav\">&rarr;<\/span><\/a><\/p>\n","protected":false},"author":1,"featured_media":0,"parent":0,"menu_order":0,"comment_status":"closed","ping_status":"closed","template":"","meta":[],"_links":{"self":[{"href":"https:\/\/bioinfo2.ugr.es\/genomicafuncional\/wp-json\/wp\/v2\/pages\/1791"}],"collection":[{"href":"https:\/\/bioinfo2.ugr.es\/genomicafuncional\/wp-json\/wp\/v2\/pages"}],"about":[{"href":"https:\/\/bioinfo2.ugr.es\/genomicafuncional\/wp-json\/wp\/v2\/types\/page"}],"author":[{"embeddable":true,"href":"https:\/\/bioinfo2.ugr.es\/genomicafuncional\/wp-json\/wp\/v2\/users\/1"}],"replies":[{"embeddable":true,"href":"https:\/\/bioinfo2.ugr.es\/genomicafuncional\/wp-json\/wp\/v2\/comments?post=1791"}],"version-history":[{"count":11,"href":"https:\/\/bioinfo2.ugr.es\/genomicafuncional\/wp-json\/wp\/v2\/pages\/1791\/revisions"}],"predecessor-version":[{"id":2616,"href":"https:\/\/bioinfo2.ugr.es\/genomicafuncional\/wp-json\/wp\/v2\/pages\/1791\/revisions\/2616"}],"wp:attachment":[{"href":"https:\/\/bioinfo2.ugr.es\/genomicafuncional\/wp-json\/wp\/v2\/media?parent=1791"}],"curies":[{"name":"wp","href":"https:\/\/api.w.org\/{rel}","templated":true}]}}