{"id":2240,"date":"2018-02-17T22:53:24","date_gmt":"2018-02-17T20:53:24","guid":{"rendered":"http:\/\/bioinfo2.ugr.es\/genomicafuncional\/?page_id=2240"},"modified":"2026-02-16T14:03:27","modified_gmt":"2026-02-16T12:03:27","slug":"prediccion-de-dianas","status":"publish","type":"page","link":"https:\/\/bioinfo2.ugr.es\/genomicafuncional\/prediccion-de-dianas\/","title":{"rendered":"Predicci\u00f3n de dianas"},"content":{"rendered":"<div>\n<h3><strong>Visualizar la interacci\u00f3n entre un microRNA y su diana (parte 3\u2019UTR de un transcrito)<\/strong><\/h3>\n<p>Mediante el programa <a href=\"http:\/\/bibiserv.techfak.uni-bielefeld.de\/rnahybrid\/\" target=\"_blank\" rel=\"noopener noreferrer\">RNAhybrid<\/a>\u00a0analizaremos los h\u00edbridos que se pueden formar entre la secuencia del microRNA y la secuencia 3\u2019UTR del gen (<a href=\"http:\/\/bioinfo2.ugr.es\/genomica\/wp-content\/uploads\/2015\/12\/NM_001198993_3pUTR.txt\" target=\"_blank\" rel=\"noopener noreferrer\">NM_001198993<\/a>). Para ello usamos las siguientes secuencias: <a href=\"http:\/\/bioinfo2.ugr.es\/genomica\/wp-content\/uploads\/2015\/12\/hsa-miR-125a-5p.txt\" target=\"_blank\" rel=\"noopener noreferrer\">hsa-miR-125a-5p<\/a> and <a href=\"http:\/\/bioinfo2.ugr.es\/genomica\/wp-content\/uploads\/2015\/12\/NM_001198993_3pUTR.txt\" target=\"_blank\" rel=\"noopener noreferrer\">NM_001198993 (3pUTR)<\/a><\/p>\n<p>Por si RNAhybrid no funciona: <a href=\"http:\/\/rna.tbi.univie.ac.at\/\/cgi-bin\/RNAWebSuite\/RNAcofold.cgi\" target=\"_blank\" rel=\"noopener\">RNAcofold<\/a><\/p>\n<p><b><i>Cuestiones:<\/i><\/b><\/p>\n<ul>\n<li>\u00bfCual de las interacciones es m\u00e1s probablemente funcional?<\/li>\n<\/ul>\n<h3><b>Bases de datos<br \/>\n<\/b><\/h3>\n<p><b>Mediante base<\/b> de datos <a href=\"http:\/\/carolina.imis.athena-innovation.gr\/diana_tools\/web\/index.php?r=tarbasev8%2Findex\" target=\"_blank\" rel=\"noopener noreferrer\">TarBase<\/a> podemos buscar tanto las posibles dianas de un microRNA como los microRNAs que regulan un gen en concreto. Todas las interacciones listadas en TarBase tienen alg\u00fan tipo de verificaci\u00f3n experimental.<\/p>\n<p><em><strong>Cuestiones:<\/strong><\/em><\/p>\n<p>Escogemos un gen regulado por el miRNA asignado y analizamos mediante RNAhybrid el duplex. \u00bfPodemos observar una regi\u00f3n semilla?<\/p>\n<\/div>\n<h3>Impacto de variaci\u00f3n de secuencia en la interacci\u00f3n entre miRNA y transcrito<\/h3>\n<p>Frecuentemente, nos encontramos con la situaci\u00f3n de que queremos detectar las dianas de microRNAs que no est\u00e1n en la base de datos. Esta situaci\u00f3n tenemos para microRNAs nuevos, mutados o si queremos determinar el impacto de los microRNAs de una especie (un virus por ejemplo) en otra (el hu\u00e9sped).<\/p>\n<p><strong>Para analizar el impacto de mutaciones o SNPs, daremos los siguientes pasos:<\/strong><\/p>\n<ul>\n<li>Generar las secuencias de los microRNAs mediante &#8216;mutaci\u00f3n artificial&#8217;, i.e. una mutaci\u00f3n en la semilla y otra fuera de ella<\/li>\n<li>Descargamos un conjunto de aproximadamente 1000 regiones 3&#8217;UTR del\u00a0<a href=\"https:\/\/genome.ucsc.edu\/\" target=\"_blank\" rel=\"noopener noreferrer\">UCSC<\/a><\/li>\n<li>Predecimos las dianas para las 3 secuencias y analizamos el grado de coincidencia entre los transcritos regulados (usaremos el programa <strong><span style=\"color: #0000ff;\">miRNAconsTarget<\/span><\/strong> de la colecci\u00f3n de programas <a href=\"https:\/\/arn.ugr.es\/srnatoolbox\/amirconstarget\/\" target=\"_blank\" rel=\"noopener noreferrer\">sRNAtoolbox<\/a>.<\/li>\n<\/ul>\n<p>Datos de prueba: <a href=\"http:\/\/bioinfo2.ugr.es\/genomica\/wp-content\/uploads\/2015\/12\/microRNAs_125a.txt\">microRNAs (mir-125a)<\/a>\u00a0; <a href=\"http:\/\/bioinfo2.ugr.es\/genomica\/wp-content\/uploads\/2015\/12\/3_UTR_hsa_part.txt\">secuencias 3pUTR<\/a><\/p>\n<p><strong>Determinar el n\u00famero de dianas comunes<\/strong><\/p>\n<p>Para determinar el n\u00famero de dianas comunes daremos los siguientes pasos:<\/p>\n<ul>\n<li>descargamos la predicci\u00f3n de dianas<\/li>\n<li>extraemos las interacciones predichas por cada uno de dos programas<\/li>\n<li>separar las predicciones mediante Excel<\/li>\n<li>usar el siguiente programa para hacer un diagrama de Venn: <a href=\"http:\/\/bioinformatics.psb.ugent.be\/webtools\/Venn\/\">http:\/\/bioinformatics.psb.ugent.be\/webtools\/Venn\/<\/a><\/li>\n<\/ul>\n<div>\n<\/div>\n","protected":false},"excerpt":{"rendered":"<p>Visualizar la interacci\u00f3n entre un microRNA y su diana (parte 3\u2019UTR de un transcrito) Mediante el programa RNAhybrid\u00a0analizaremos los h\u00edbridos que se pueden formar entre la secuencia del microRNA y la secuencia 3\u2019UTR del gen (NM_001198993). 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