{"id":2243,"date":"2018-02-17T22:53:46","date_gmt":"2018-02-17T20:53:46","guid":{"rendered":"http:\/\/bioinfo2.ugr.es\/genomicafuncional\/?page_id=2243"},"modified":"2025-02-24T18:02:54","modified_gmt":"2025-02-24T16:02:54","slug":"perfiles-de-expresion","status":"publish","type":"page","link":"https:\/\/bioinfo2.ugr.es\/genomicafuncional\/perfiles-de-expresion\/","title":{"rendered":"Perfiles de expresi\u00f3n"},"content":{"rendered":"<p><b>Detectar los perfiles de expresi\u00f3n y expresi\u00f3n diferencial<\/b><\/p>\n<p>Para detectar los perfiles de expresi\u00f3n de los microRNAs y la posible expresi\u00f3n diferencial usaremos el programa <a href=\"https:\/\/arn.ugr.es\/srnatoolbox\/newbench\/\" target=\"_blank\" rel=\"noopener noreferrer\">sRNAbench<\/a><\/p>\n<p>Usaremos datos de miRNAs de la especie Ixodes ricinus (<a href=\"https:\/\/www.ncbi.nlm.nih.gov\/Traces\/study\/?acc=SRP094126&amp;o=acc_s%3Aa\" target=\"_blank\" rel=\"noopener noreferrer\">descripci\u00f3n<\/a>). Estos datos se han procesado mediante el kit de Illumina, y los nombres de los microRNAs empiezan con &#8216;iri&#8217;<\/p>\n<ul>\n<li>Cada estudiante escoge una muestra (SRR) del estudio<\/li>\n<li>En la aplicaci\u00f3n sRNAbench, introducimos los par\u00e1metros (Illumina, microRNA=Isc &#8211; Ixodes scapularis ya que <em>Ixodes ricinus<\/em> no dispone de una anotaci\u00f3n en la base de datos) y lanzamos el trabajo<\/li>\n<\/ul>\n<pre><b><i>Cuestiones:<\/i><\/b><\/pre>\n<ul>\n<li>\u00bfCu\u00e1l es el microRNA m\u00e1s frecuente en la muestra?<\/li>\n<li>\u00bf Cu\u00e1ntos microRNAs tienen al menos un nivel de expresi\u00f3n (RPM) por encima de 100?<\/li>\n<\/ul>\n<p>Mediante el programa <a href=\"https:\/\/arn.ugr.es\/srnatoolbox\/srnade\/\" target=\"_blank\" rel=\"noopener noreferrer\">sRNAde<\/a> podemos calcular la expresi\u00f3n diferencial. Para ello necesitamos a todas las IDs de los trabajos para definir los grupos (para ello necesitaremos esta <a href=\"https:\/\/docs.google.com\/document\/d\/1NXzh5DgybMzPqhzabvGVpWEz5ajlcp_V9dX019DM1X4\/edit?usp=sharing\" target=\"_blank\" rel=\"noopener\">hoja de calculo<\/a>). Para determinar expresi\u00f3n diferencial:<\/p>\n<ul>\n<li>foldchange: log2 (RPM1\/RPM2)<\/li>\n<li>valor p mediante la <a href=\"https:\/\/www.investopedia.com\/terms\/t\/t-test.asp\" target=\"_blank\" rel=\"noopener noreferrer\">t-test<\/a><\/li>\n<\/ul>\n<pre><b><i>Cuestiones:<\/i><\/b><\/pre>\n<ul>\n<li>\u00bfCuantos microRNAs se expresan diferencialmente entre el tubo digestivo y las gl\u00e1ndulas salivales?<\/li>\n<li>\u00bfCual son los 10 microRNAs m\u00e1s frecuentes en saliva?<\/li>\n<li>\u00bfCuantos microRNAs est\u00e1n al menos 4 veces m\u00e1s frecuentes en saliva comparado con las gl\u00e1ndulas salivales?<\/li>\n<li>\u00bfDe los 10 microRNAs mas espec\u00edficos en saliva, cuantos solamente est\u00e1n en protostomados? (Hint: blast en miRBase, <a href=\"http:\/\/bioinfo2.ugr.es\/genomicafuncional\/wp-content\/uploads\/2022\/03\/iri_mature.txt\">microRNAs maduros (I. ricinus)<\/a>)<\/li>\n<\/ul>\n<p>Mediante el programa Heatmapper podemos hacer un <a href=\"https:\/\/estrategiastrading.com\/clustering-jerarquico\/\" target=\"_blank\" rel=\"noopener noreferrer\">clustering jer\u00e1rquico<\/a>: <a href=\"http:\/\/heatmapper.ca\/\" target=\"_blank\" rel=\"noopener noreferrer\">heatmapper<\/a><\/p>\n<pre><b><i>Cuestiones:<\/i><\/b><\/pre>\n<ul>\n<li>Explorar los cambios usando solamente los microRNAs m\u00e1s expresados y los microRNAs con mayor coeficiente de variaci\u00f3n<\/li>\n<li>Explorar los cambios usando el logaritmo del valor de expresi\u00f3n RPM<\/li>\n<\/ul>\n<pre><\/pre>\n","protected":false},"excerpt":{"rendered":"<p>Detectar los perfiles de expresi\u00f3n y expresi\u00f3n diferencial Para detectar los perfiles de expresi\u00f3n de los microRNAs y la posible expresi\u00f3n diferencial usaremos el programa sRNAbench Usaremos datos de miRNAs de la especie Ixodes ricinus (descripci\u00f3n). 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