{"id":2250,"date":"2018-02-17T22:58:32","date_gmt":"2018-02-17T20:58:32","guid":{"rendered":"http:\/\/bioinfo2.ugr.es\/genomicafuncional\/?page_id=2250"},"modified":"2025-02-26T11:58:20","modified_gmt":"2025-02-26T09:58:20","slug":"analisis-funcional-mirnas","status":"publish","type":"page","link":"https:\/\/bioinfo2.ugr.es\/genomicafuncional\/analisis-funcional-mirnas\/","title":{"rendered":"An\u00e1lisis funcional (miRNAs)"},"content":{"rendered":"<p><strong>Datos<\/strong>: <a href=\"http:\/\/bioinfo2.ugr.es\/genomicafuncional\/wp-content\/uploads\/2022\/03\/iri_mature.txt\">secuencias<\/a> de microRNAs maduros de la garrapata Ixodes ricinus<\/p>\n<p><b>An\u00e1lisis Funcional<\/b><\/p>\n<p>Para detectar t\u00e9rminos funcionales sobre o infra-representado en los genes regulados podemos usar el programa <a href=\"http:\/\/62.217.122.229:3838\/app\/miRPathv4\" target=\"_blank\" rel=\"noopener noreferrer\">miRPath<\/a><br \/>\n<b><i>Cuestiones:<\/i><\/b><\/p>\n<ul>\n<li>\u00bfEn qu\u00e9 rutas los target genes est\u00e1n sobre-representados?<\/li>\n<li>\u00bfQu\u00e9 genes est\u00e1n regulados en estas rutas?<\/li>\n<\/ul>\n<h3>C\u00f3mo detectar posibles funciones si los microRNAs y los transcritos no son de la misma especie?<\/h3>\n<p>Objetivo:<\/p>\n<ul>\n<li>Determinar las dianas de 5 microRNAs espec\u00edficos de saliva + 5 microRNAs para un control negativo (abundantes en glandulas salivares y tubo digestivo) (<a href=\"http:\/\/bioinfo2.ugr.es\/genomicafuncional\/wp-content\/uploads\/2023\/02\/consenso_saliva_miRNA.txt\" target=\"_blank\" rel=\"noopener\">consenso 4 miRNAs espec\u00edficos de saliva<\/a>)<\/li>\n<li>Detectar dianas en el rat\u00f3n y humano usando RefSeqSelect: <a href=\"https:\/\/arn.ugr.es\/srnatoolbox\/amirconstarget\/\" target=\"_blank\" rel=\"noopener noreferrer\">https:\/\/arn.ugr.es\/srnatoolbox\/amirconstarget\/\u00a0<\/a>\u00a0 (<a href=\"http:\/\/bioinfo2.ugr.es\/genomicafuncional\/wp-content\/uploads\/2022\/03\/mir-8-3p_dianas_mmu.txt\" target=\"_blank\" rel=\"noopener\">dianas del iri-miR-3p en rat\u00f3n<\/a><\/li>\n<li>Visualizar interacciones prote\u00edna-prote\u00edna (PPI): <a href=\"https:\/\/string-db.org\/\" target=\"_blank\" rel=\"noopener noreferrer\">https:\/\/string-db.org\/<\/a> (para mapear los nombres de los transcritos: <a href=\"https:\/\/www.uniprot.org\/uploadlists\/\">https:\/\/www.uniprot.org\/uploadlists\/<\/a><\/li>\n<li>Determinar anotaciones funcionales enriquecidas: <a href=\"https:\/\/string-db.org\/\" target=\"_blank\" rel=\"noopener\">StringDB<\/a>, <a href=\"https:\/\/biit.cs.ut.ee\/gprofiler\/gost\" target=\"_blank\" rel=\"noopener\">g:Profiler<\/a> or <a href=\"http:\/\/cbl-gorilla.cs.technion.ac.il\/\" target=\"_blank\" rel=\"noopener noreferrer\">http:\/\/cbl-gorilla.cs.technion.ac.il\/<\/a> (obtener lista de transcritos &#8211; <a href=\"http:\/\/bioinfo2.ugr.es\/genomicafuncional\/wp-content\/uploads\/2022\/03\/ensembl_background.txt\">ensembl_background<\/a>: <a href=\"https:\/\/www.ensembl.org\/biomart\/martview\" target=\"_blank\" rel=\"noopener noreferrer\">https:\/\/www.ensembl.org\/biomart\/martview<\/a> )<\/li>\n<li>Detectar los genes regulados por al menos 3 de los 4 microRNAs (se puede hacer mediante un diagrama de Venn: <a href=\"https:\/\/bioinfogp.cnb.csic.es\/tools\/venny\/\" target=\"_blank\" rel=\"noopener noreferrer\">https:\/\/bioinfogp.cnb.csic.es\/tools\/venny\/\u00a0<\/a><\/li>\n<li>Analizar funcionalmente a estos genes<\/li>\n<\/ul>\n","protected":false},"excerpt":{"rendered":"<p>Datos: secuencias de microRNAs maduros de la garrapata Ixodes ricinus An\u00e1lisis Funcional Para detectar t\u00e9rminos funcionales sobre o infra-representado en los genes regulados podemos usar el programa miRPath Cuestiones: \u00bfEn qu\u00e9 rutas los target genes est\u00e1n sobre-representados? \u00bfQu\u00e9 genes est\u00e1n regulados en estas rutas? 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