{"id":2487,"date":"2023-03-05T18:40:59","date_gmt":"2023-03-05T16:40:59","guid":{"rendered":"https:\/\/bioinfo2.ugr.es\/genomicafuncional\/?page_id=2487"},"modified":"2026-02-25T13:47:30","modified_gmt":"2026-02-25T11:47:30","slug":"examen-2023","status":"publish","type":"page","link":"https:\/\/bioinfo2.ugr.es\/genomicafuncional\/examen-2023\/","title":{"rendered":"Examen 2023"},"content":{"rendered":"\n<p>Duraci\u00f3n: 1,5 horas<\/p>\n<p>Medios: Podemos usar todo\u00a0<strong>MENOS<\/strong>\u00a0al vecino, el m\u00f3vil, programas de chateo u otras formas de comunicar con terceros<\/p>\n<p>Las respuestas se dan en un fichero (txt, word o PDF) que se mandar\u00e1 a\u00a0<strong><span id=\"wpmt-993211-140696\">hackenberg@go.ugr.es<\/span><\/strong>\u00a0al finalizar la prueba poniendo \u2018prueba Gen\u00f3mica Funcional\u2019 en el asunto. <strong>Si procede, mandar tambi\u00e9n las hojas de c\u00e1lculo.\u00a0<\/strong><\/p>\n<p>Tanto el nombre del fichero como el fichero como tal deber\u00edan indicar el nombre del alumno.<\/p>\n<p><strong>IMPORTANTE: \u00a1Razonar brevemente todas las respuestas!<\/strong><\/p>\n<p><strong>Trazar las soluciones mediante capturas de pantalla.<\/strong><\/p>\n<h4>1) (6 puntos)Tenemos la <a href=\"http:\/\/bioinfo2.ugr.es\/genomicafuncional\/wp-content\/uploads\/2023\/03\/anonMiR.txt\">siguiente secuencia<\/a> \u00a0an\u00f3nima extra\u00edda de un individuo que padece c\u00e1ncer. Se sospecha que se puede tratar de un microRNA maduro conocido<\/h4>\n<ul>\n<li>(3 puntos) \u00bfDe qu\u00e9 microRNA se trata? (Indicar el nombre del microRNA maduro y del precursor)<\/li>\n<li>(3 puntos) \u00bfEl microRNA podr\u00eda estar implicado en la aparici\u00f3n del c\u00e1ncer? (razonar)<\/li>\n<\/ul>\n<h4>2) (8 puntos) Analizaremos el microRNA miR-10400 en la especie <em>Homo sapiens\u00a0<\/em><\/h4>\n<p>Reportar seg\u00fan la entrada en la base de datos miRBase:<\/p>\n<ul>\n<li>(2 puntos) Los nombres de los microRNAs maduros\u00a0<\/li>\n<li>(3 puntos) El brazo funcional (Razonar brevemente)\u00a0<\/li>\n<li>(3 puntos) \u00bfPodr\u00eda tratarse de una entrada en la base de datos miRBase que en realidad no corresponde a un microRNA (un falso positivo)? (razonar brevemente)<\/li>\n<\/ul>\n<h4>3) \u00bfCu\u00e1l de las siguientes secuencias puede corresponder a un pre-miR? Razonar brevemente (4 puntos).<\/h4>\n<pre>&gt;miR_cand1<br \/>AGUGCGUCUGGCGGCGGCGCAUCCUCUCCAUGGCCCUGUCGCUCCCUCUCGCACUCU<br \/>&gt;miR_cand2<br \/>GCAGAGUGCGUCUGGCGGCGGCGCAUCCUCUCCAUGGCCCUGUCGCUCCCUCUCGCACUCU<br \/>&gt;miR_cand3<br \/>AGUGCGUCUGGCACGAACGCAUCCUCUCCAUGGCCCUGUCGCUCCGUCUCACACACU<\/pre>\n<h4>4) Tenemos las secuencias precursoras (hairpin) de un microRNA (<a href=\"http:\/\/bioinfo2.ugr.es\/genomicafuncional\/wp-content\/uploads\/2022\/03\/mirx2.txt\" target=\"_blank\" rel=\"noopener\" data-type=\"URL\">miRNA<\/a>) en 5 especies diferentes. Determinar a partir de un alineamiento m\u00faltiple: (6 puntos)<\/h4>\n<ul>\n<li>El brazo funcional m\u00e1s probable (3 puntos)<\/li>\n<li>La posici\u00f3n de la secuencia madura funcional (marcar dentro de alineamiento m\u00faltiple) (3 puntos) (Razonar)<\/li>\n<\/ul>\n<h4>5) Tenemos un gen con 3 isoformas. El\u00a0<a href=\"http:\/\/bioinfo2.ugr.es\/genomicafuncional\/wp-content\/uploads\/2022\/03\/iso_3utr.txt\">siguiente fichero<\/a>\u00a0contiene las 3\u2019UTR de estas isoformas que se expresan preferentemente en el h\u00edgado, cerebro y m\u00fasculo, respectivamente. Tenemos tambi\u00e9n el siguiente\u00a0<a href=\"http:\/\/bioinfo2.ugr.es\/genomicafuncional\/wp-content\/uploads\/2022\/03\/hsa-miR-X3-5p.txt\">microRNA<\/a> que se expresa preferentemente en el cerebro (8 puntos).<\/h4>\n<ul>\n<li>Determinar las 3\u2019UTR para las que este microRNA tiene dianas (4 puntos)<\/li>\n<li>\u00bfQu\u00e9 funci\u00f3n podr\u00eda tener este microRNA? (4 puntos)<\/li>\n<\/ul>\n<p>Razonar brevemente.<\/p>\n<h4>6) Tenemos la siguiente\u00a0<a href=\"http:\/\/bioinfo2.ugr.es\/genomicafuncional\/wp-content\/uploads\/2022\/03\/rcMatrix.txt\" target=\"_blank\" rel=\"noreferrer noopener\">matrix<\/a> de expresi\u00f3n que contiene el n\u00famero de lecturas para 10 microRNAs. (8 puntos)<\/h4>\n<ul>\n<li>(4 puntos) Calcular los valores de expresi\u00f3n RPM para las 6 muestras (S1-S6) suponiendo que solamente se han detectado estos 10 microRNAs<\/li>\n<li>(4 puntos) Las muestras provienen de dos condiciones diferentes (grupo1 y grupo2). Asignar cada muestra a uno de los dos grupos. Razonar brevemente.\u00a0<\/li>\n<\/ul>\n\n\n","protected":false},"excerpt":{"rendered":"<p>Duraci\u00f3n: 1,5 horas Medios: Podemos usar todo\u00a0MENOS\u00a0al vecino, el m\u00f3vil, programas de chateo u otras formas de comunicar con terceros Las respuestas se dan en un fichero (txt, word o PDF) que se mandar\u00e1 a\u00a0hackenberg@go.ugr.es\u00a0al finalizar la prueba poniendo \u2018prueba Gen\u00f3mica Funcional\u2019 en el asunto. 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