{"id":2521,"date":"2024-02-26T10:15:00","date_gmt":"2024-02-26T08:15:00","guid":{"rendered":"https:\/\/bioinfo2.ugr.es\/genomicafuncional\/?page_id=2521"},"modified":"2024-03-04T09:57:55","modified_gmt":"2024-03-04T07:57:55","slug":"examen-2024","status":"publish","type":"page","link":"https:\/\/bioinfo2.ugr.es\/genomicafuncional\/examen-2024\/","title":{"rendered":"Examen 2024"},"content":{"rendered":"\n<p>Duraci\u00f3n: 1,5 horas<\/p>\n<p>Medios: Podemos usar todo\u00a0<strong>MENOS<\/strong>\u00a0al vecino, el m\u00f3vil, programas de chateo u otras formas de comunicar con terceros<\/p>\n<p>Las respuestas se dan en un fichero (txt, word o PDF) que se mandar\u00e1 a\u00a0<strong><span id=\"wpmt-993211-140696\"><span id=\"wpmt-825034-537762\">hackenberg@go.ugr.es<\/span><\/span><\/strong>\u00a0al finalizar la prueba poniendo \u2018prueba Gen\u00f3mica Funcional\u2019 en el asunto.\u00a0<strong>Si procede, mandar tambi\u00e9n las hojas de c\u00e1lculo.\u00a0<\/strong><\/p>\n<p>Tanto el nombre del fichero como el fichero como tal deber\u00edan indicar el nombre del alumno.<\/p>\n<p><strong>IMPORTANTE: \u00a1Razonar brevemente todas las respuestas!<\/strong><\/p>\n<p><strong>Trazar las soluciones mediante capturas de pantalla.<\/strong><\/p>\n<h4><strong>1) (7 puntos) Analizaremos el microRNA hsa-mir-10401<\/strong><\/h4>\n<ul>\n<li>(4 puntos) Reportar los nombres y las secuencias de los microRNAs\u00a0 maduros anotados en la base de datos miRBase<\/li>\n<li>(3 puntos) Discutir si se puede tratar de un microRNA real o de un falso positivo (entrada err\u00f3nea en la base de datos)<\/li>\n<\/ul>\n<h4>2) (7 puntos)Tenemos la <a href=\"http:\/\/bioinfo2.ugr.es\/genomicafuncional\/wp-content\/uploads\/2023\/03\/anonMiR.txt\">siguiente secuencia<\/a>\u00a0\u00a0an\u00f3nima extra\u00edda de un individuo que padece c\u00e1ncer. Se sospecha que se puede tratar de un microRNA maduro conocido<\/h4>\n<ul>\n<li>(4 puntos) \u00bfDe qu\u00e9 microRNA se trata? (Indicar el nombre del microRNA maduro y del precursor)<\/li>\n<li>(3 puntos) \u00bfEl microRNA podr\u00eda estar implicado en la aparici\u00f3n del c\u00e1ncer? (razonar)<\/li>\n<\/ul>\n<h4>\u00a03) (5 puntos) Tenemos la siguiente secuencia precursora:<\/h4>\n<pre>UGUCGGGUCGCUUGUCAGACUAAUGUUGACUGUUGAAUCUCAUGGCAACACUAGUCGACGGGCGGUCUGACA<\/pre>\n<p>y la secuencia del brazo 5&#8242;:<\/p>\n<pre>UCGCUUGUCAGACUAAUGUUGA<\/pre>\n<ul>\n<li>Determinar la secuencia del brazo 3&#8242;:<\/li>\n<\/ul>\n<h4>4) \u00bfCu\u00e1l de las siguientes secuencias puede corresponder a un pre-miR? Razonar brevemente (5 puntos).<\/h4>\n<pre>&gt;miR_cand1<br \/>GCAGAGUGCGUCUGGCGGCGGCGCAUCCUCUCCAUGGCCCUGUCGCUCCCUCUCGCACUCU<br \/>&gt;miR_cand2<br \/>AGUGCGUCUGGCACGAACGCAUCCUCUCCAUGGCCCUGUCGCUCCGUCUCACACACU<br \/>&gt;miR_cand3<br \/>AGUGCGUCUGGCGGCGGCGCAUCCUCUCCAUGGCCCUGUCGCUCCCUCUCGCACUCU<\/pre>\n<h4>5) Tenemos un gen con 3 isoformas. El\u00a0<a href=\"http:\/\/bioinfo2.ugr.es\/genomicafuncional\/wp-content\/uploads\/2022\/03\/iso_3utr.txt\">siguiente fichero<\/a>\u00a0contiene las 3\u2019UTR de estas isoformas que se expresan preferentemente en el h\u00edgado, cerebro y m\u00fasculo, respectivamente. Tenemos tambi\u00e9n el siguiente\u00a0<a href=\"http:\/\/bioinfo2.ugr.es\/genomicafuncional\/wp-content\/uploads\/2022\/03\/hsa-miR-X3-5p.txt\">microRNA<\/a>\u00a0que se expresa preferentemente en el cerebro (8 puntos).<\/h4>\n<ul>\n<li>Determinar las 3\u2019UTR para las que este microRNA tiene dianas (4 puntos)<\/li>\n<li>\u00bfQu\u00e9 funci\u00f3n podr\u00eda tener este microRNA? (4 puntos)<\/li>\n<\/ul>\n<p>Razonar brevemente.<\/p>\n<h4>6) Tenemos la siguiente <a href=\"http:\/\/bioinfo2.ugr.es\/genomicafuncional\/wp-content\/uploads\/2024\/03\/matrix_24.txt\">matrix_24<\/a> de expresi\u00f3n que contiene el n\u00famero de lecturas para 10 microRNAs. (8 puntos)<\/h4>\n<ul>\n<li>(4 puntos) Calcular los valores de expresi\u00f3n RPM para las 6 muestras (S1-S6) suponiendo que solamente se han detectado estos 10 microRNAs<\/li>\n<li>(4 puntos) Las muestras provienen de dos condiciones diferentes (grupo1 y grupo2). Asignar cada muestra a uno de los dos grupos. Razonar brevemente.\u00a0<\/li>\n<\/ul>\n","protected":false},"excerpt":{"rendered":"<p>Duraci\u00f3n: 1,5 horas Medios: Podemos usar todo\u00a0MENOS\u00a0al vecino, el m\u00f3vil, programas de chateo u otras formas de comunicar con terceros Las respuestas se dan en un fichero (txt, word o PDF) que se mandar\u00e1 a\u00a0hackenberg@go.ugr.es\u00a0al finalizar la prueba poniendo \u2018prueba Gen\u00f3mica Funcional\u2019 en el asunto.\u00a0Si procede, mandar tambi\u00e9n las hojas de c\u00e1lculo.\u00a0 Tanto el nombre &hellip; <a href=\"https:\/\/bioinfo2.ugr.es\/genomicafuncional\/examen-2024\/\">Continue reading <span class=\"meta-nav\">&rarr;<\/span><\/a><\/p>\n","protected":false},"author":1,"featured_media":0,"parent":0,"menu_order":0,"comment_status":"closed","ping_status":"closed","template":"","meta":[],"_links":{"self":[{"href":"https:\/\/bioinfo2.ugr.es\/genomicafuncional\/wp-json\/wp\/v2\/pages\/2521"}],"collection":[{"href":"https:\/\/bioinfo2.ugr.es\/genomicafuncional\/wp-json\/wp\/v2\/pages"}],"about":[{"href":"https:\/\/bioinfo2.ugr.es\/genomicafuncional\/wp-json\/wp\/v2\/types\/page"}],"author":[{"embeddable":true,"href":"https:\/\/bioinfo2.ugr.es\/genomicafuncional\/wp-json\/wp\/v2\/users\/1"}],"replies":[{"embeddable":true,"href":"https:\/\/bioinfo2.ugr.es\/genomicafuncional\/wp-json\/wp\/v2\/comments?post=2521"}],"version-history":[{"count":7,"href":"https:\/\/bioinfo2.ugr.es\/genomicafuncional\/wp-json\/wp\/v2\/pages\/2521\/revisions"}],"predecessor-version":[{"id":2532,"href":"https:\/\/bioinfo2.ugr.es\/genomicafuncional\/wp-json\/wp\/v2\/pages\/2521\/revisions\/2532"}],"wp:attachment":[{"href":"https:\/\/bioinfo2.ugr.es\/genomicafuncional\/wp-json\/wp\/v2\/media?parent=2521"}],"curies":[{"name":"wp","href":"https:\/\/api.w.org\/{rel}","templated":true}]}}