{"id":2558,"date":"2025-03-02T18:20:12","date_gmt":"2025-03-02T16:20:12","guid":{"rendered":"https:\/\/bioinfo2.ugr.es\/genomicafuncional\/?page_id=2558"},"modified":"2025-03-04T09:52:28","modified_gmt":"2025-03-04T07:52:28","slug":"examen-2025","status":"publish","type":"page","link":"https:\/\/bioinfo2.ugr.es\/genomicafuncional\/examen-2025\/","title":{"rendered":"examen 2025"},"content":{"rendered":"\n<p>Duraci\u00f3n: 1,5 horas<\/p>\n<p>Medios: Podemos usar todo MENOS al vecino, el m\u00f3vil, programas de chateo u otras formas de comunicar con terceros<\/p>\n<p>Las respuestas se dan en un fichero (txt, word o PDF) que se mandar\u00e1 a hackenberg@go.ugr.es al finalizar la prueba poniendo \u2018prueba Gen\u00f3mica Funcional\u2019 en el asunto. Si procede, mandar tambi\u00e9n las hojas de c\u00e1lculo.<\/p>\n<p>Tanto el nombre del fichero como el fichero como tal deber\u00edan indicar el nombre del alumno.<\/p>\n<p>IMPORTANTE: \u00a1Razonar brevemente todas las respuestas!<\/p>\n<p>Trazar las soluciones mediante capturas de pantalla.<\/p>\n<p>\u00a0<\/p>\n<p>1) (5 puntos) Tenemos la siguiente entrada en la base de datos miRBase: <a href=\"https:\/\/www.mirbase.org\/hairpin\/MI0040629\" target=\"_blank\" rel=\"noopener\">MI0040629<\/a><\/p>\n<p>Discutir si se puede tratar de un verdadero microRNA o un falso positivo.<\/p>\n<p>\u00a0<\/p>\n<p>2) (8 puntos) Tenemos este fichero <a href=\"http:\/\/bioinfo2.ugr.es\/genomicafuncional\/wp-content\/uploads\/2025\/03\/multifasta_x4.txt\" target=\"_blank\" rel=\"noopener\">multifasta<\/a> que contiene las secuencias precursoras (hairpin) del microRNA x4 en 5 especies diferentes.\u00a0<\/p>\n<ol style=\"list-style-type: lower-alpha;\">\n<li>Determinar el brazo funcional\u00a0<\/li>\n<li>Indicar la posici\u00f3n (marcando la posici\u00f3n en una captura de pantalla o mediante coordenadas) m\u00e1s probable del microRNA funcional dentro de la secuencia humana<\/li>\n<\/ol>\n<p>3) (11 puntos) Se sospecha que el microRNA hsa-miR-34a-5p podr\u00eda regular al gen MYCN<\/p>\n<ol style=\"list-style-type: lower-alpha;\">\n<li>(3 puntos) Reportar la secuencia de hsa-miR-34a-5p y confirmar que se trata del brazo funcional (es suficiente reportar una l\u00ednea de evidencia)<\/li>\n<li>(2 puntos) Demostrar (mediante el uso de una base de datos) que existe evidencia experimental que avala esta interacci\u00f3n<\/li>\n<li>En un paciente con c\u00e1ncer se ha encontrado el hsa-miR-34a-5p <a href=\"http:\/\/bioinfo2.ugr.es\/genomicafuncional\/wp-content\/uploads\/2025\/03\/hsa-miR-34a-5p_mutado.txt\" target=\"_blank\" rel=\"noopener\">mutado<\/a>. En\u00a0 <a href=\"http:\/\/bioinfo2.ugr.es\/genomicafuncional\/wp-content\/uploads\/2025\/03\/duplex.txt\" target=\"_blank\" rel=\"noopener\">este fichero<\/a> tenemos 4 posibles regiones de uni\u00f3n frente a la 3&#8217;UTR de MYCN, dos para la secuencia can\u00f3nica y dos para la mutada.\u00a0\u00a0\n<ul>\n<li>(2 puntos) \u00bfQue cambios en la estructura del duplex y energ\u00eda libre podemos observar?<\/li>\n<li>(2 puntos) \u00bfQue impacto puede tener la mutaci\u00f3n en la regulaci\u00f3n del gen MYCN?<\/li>\n<li>(2 puntos) \u00bfQue consecuencia puede tener la p\u00e9rdida de regulaci\u00f3n de miR-34a-5p sobre MYCN si tenemos en cuenta que \u00e9ste es un importante proto-oncogen?<\/li>\n<\/ul>\n<\/li>\n<\/ol>\n<p>\u00a0<\/p>\n<p>4) (12 puntos) Se ha secuenciado un total de 7 muestras de la garrapata <em>Ixodes scapularis <\/em>de dos tejidos diferentes, 4 del tejido_1 y 3 del tejido_2.\u00a0 Hemos obtenido la <a href=\"http:\/\/bioinfo2.ugr.es\/genomicafuncional\/wp-content\/uploads\/2025\/03\/matriz_RC.txt\">siguiente matriz <\/a> que contiene el n\u00famero total de lecturas asignadas a cada microRNA en las diferentes muestras.\u00a0\u00a0<\/p>\n<ol style=\"list-style-type: lower-alpha;\">\n<li>(4 puntos) Normalizar los valores de la matriz (RPM, lecturas por million)\u00a0<\/li>\n<li>(2 puntos) \u00bfExisten muestras con un perf\u00edl de expresi\u00f3n muy diferente, es decir que podr\u00edan haber sufrido alg\u00fan tipo de problema (extracci\u00f3n de muestra, generaci\u00f3n de librer\u00eda, secuenciaci\u00f3n, etc)?\u00a0<\/li>\n<li>(2 puntos ) Agrupar las muestras y cuando es posible asignar cada una a un tejido<\/li>\n<li>(4 puntos) Calcular los <em>foldchanges<\/em> (FC, magnitud de cambio) entre las muestras S1+S3 y S4 + S5. \u00bfCuantos microRNAs cambian sus niveles de expresi\u00f3n al menos un factor 4 entre S1+S3 y S4+S5?<\/li>\n<\/ol>\n<p>\u00a0<\/p>\n<p>5) (4 puntos) Tenemos 3 secuencias de microRNAs; la secuencia \u2018wild type\u2019 y dos que contienen una mutaci\u00f3n cada una.\u00a0 Despu\u00e9s de detectar los genes dianas de cada una de las 3 secuencias, se representan los conjuntos de genes en forma de un diagrama Venn (v\u00e9ase abajo).\u00a0 \u00bfCu\u00e1l de las dos secuencias mutadas tendr\u00e1 la mutaci\u00f3n dentro de la regi\u00f3n semilla? Razonar brevemente.\u00a0<\/p>\n<h4><img loading=\"lazy\" class=\"wp-image-2460\" src=\"http:\/\/bioinfo2.ugr.es\/genomicafuncional\/wp-content\/uploads\/2022\/03\/venn_result18832.png\" sizes=\"(max-width: 376px) 100vw, 376px\" srcset=\"https:\/\/bioinfo2.ugr.es\/genomicafuncional\/wp-content\/uploads\/2022\/03\/venn_result18832.png 376w, https:\/\/bioinfo2.ugr.es\/genomicafuncional\/wp-content\/uploads\/2022\/03\/venn_result18832-298x300.png 298w, https:\/\/bioinfo2.ugr.es\/genomicafuncional\/wp-content\/uploads\/2022\/03\/venn_result18832-150x150.png 150w\" alt=\"\" width=\"376\" height=\"379\" \/><\/h4>\n<p>\u00a0<\/p>\n<p>\u00a0<\/p>\n<p>\u00a0<\/p>\n<p>\u00a0<\/p>\n\n\n","protected":false},"excerpt":{"rendered":"<p>Duraci\u00f3n: 1,5 horas Medios: Podemos usar todo MENOS al vecino, el m\u00f3vil, programas de chateo u otras formas de comunicar con terceros Las respuestas se dan en un fichero (txt, word o PDF) que se mandar\u00e1 a hackenberg@go.ugr.es al finalizar la prueba poniendo \u2018prueba Gen\u00f3mica Funcional\u2019 en el asunto. 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