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Navegadores genómicos

Los navegadores genómicos permiten explorar genomas completos, mostrando las diferentes anotaciones en pistas apiladas unas sobre otras. Esto permite resumir de manera gráfica una ingente cantidad de información sobre una determinada región del genoma.

UCSC Genome Browser

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Algunos genes interesantes

Table Browser

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El formato BED

Coordenadas UCSC

Operaciones sencillas con Table Browser

Obtener los exones de los genes RefSeq del cromosoma 21 humano

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output-refgene-as-bed-2016-09-23-12-23-46

Tras pulsar ‘getBED’ obtendrá la tabla:

chr21	5026479	5026630	NM_001283052_cds_2_0_chr21_5026480_f	0	+
chr21	5027934	5028225	NM_001283052_cds_3_0_chr21_5027935_f	0	+
chr21	5032052	5032217	NM_001283052_cds_4_0_chr21_5032053_f	0	+
---

Puede guardar la tabla a disco (desde el menú Archivo del navegador -> Guardar como: ‘chr21_exons.txt’) e importarla en una hoja de cálculo para obtener una estadística básica de la longitud de los exones del cromosoma 21 (longitud media, mínima y máxima, desviación standard, histograma de frecuencias, etc.).

Si repite la operación con los intrones puede hacer un estudio comparado de las longitudes de exones e intrones.

Uso de filtros: Obtener los retrotransposones de la familia Alu en el cromosoma 21 humano

table-browser-2016-09-23-12-47-52

Pinche en filter -> create:

filter-on-fields-from-hg38-rmsk-2016-09-23-12-50-52

Tras presionar sobre ‘Submit’ -> ‘Get output’ -> get BED obtendrá la tabla con las Alus del cromosoma 21 humano:

chr21	5010000	5010061	AluYk11	465	-
chr21	5010563	5010892	AluY	2392	-
chr21	5010955	5011213	AluJb	1590	+
---

Si importa esta tabla en una hoja de cálculo, puede obtener una estadística básica de las longitudes de los retrotransposones Alu en el cromosoma 21, compararla con la de otros cromosomas, etc.

BLAT

Secuencia anónima de ejemplo

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Horario: L, X y V: 12-14h

Calendario: 21 de octubre al 27 de noviembre, 2019

Aula: OS1 (Sótano de matemáticas)


Comienzo de las clases: lunes 21 de octubre, 12h.


Para un mayor aprovechamiento de la asignatura, se recomienda acudir a clase con ordenador portatil o tableta.