{"id":1046,"date":"2014-10-10T12:55:33","date_gmt":"2014-10-10T10:55:33","guid":{"rendered":"http:\/\/bioinfo2.ugr.es\/secuencias\/?page_id=1046"},"modified":"2025-10-28T14:44:22","modified_gmt":"2025-10-28T12:44:22","slug":"alineamiento-multiple-y-filogenias","status":"publish","type":"page","link":"https:\/\/bioinfo2.ugr.es\/secuencias\/alineamiento-multiple-y-filogenias\/","title":{"rendered":"Filogenia molecular"},"content":{"rendered":"<div class=\"entry-content clearfix\">\n<div class=\"entry-content clearfix\">\n<p>Los alineamientos m\u00faltiples tambi\u00e9n pueden utilizarse para inferir relaciones evolutivas entre diferentes secuencias. Para ello, una vez alineadas correctamente las secuencias debes inferir las distancias evolutivas en base a las similitudes entre las secuencias y representar estas distancias por medio de \u00e1rboles filogen\u00e9ticos.<\/p>\n<h4><span id=\"The_Newick_tree_format\"><a href=\"https:\/\/phylipweb.github.io\/phylip\/newicktree.html\" target=\"_blank\" rel=\"noopener noreferrer\">The Newick tree format<\/a><\/span><\/h4>\n<p><a href=\"https:\/\/www.megasoftware.net\/\">MEGA<\/a><\/p>\n<h2 class=\"entry-content clearfix\"><span id=\"Programa_CLUSTAL\">Programas de alineamiento m\u00faltiple<br \/>\n<\/span><\/h2>\n<ul>\n<li><a href=\"http:\/\/www.ebi.ac.uk\/Tools\/msa\/muscle\/\" target=\"_blank\" rel=\"noopener noreferrer\">MUSCLE<\/a><\/li>\n<li><a href=\"https:\/\/www.ebi.ac.uk\/Tools\/msa\/tcoffee\/\">T-Coffee<\/a><\/li>\n<li><a href=\"https:\/\/www.ebi.ac.uk\/Tools\/msa\/clustalo\/\">Clustal Omega<\/a><\/li>\n<\/ul>\n<\/div>\n<h2><span id=\"Otros_programas_para_representar_filogenias\">Programas para generar filogenias<\/span><\/h2>\n<div class=\"entry-content clearfix\">\n<ul>\n<li><a href=\"http:\/\/www.ebi.ac.uk\/Tools\/phylogeny\/clustalw2_phylogeny\/\" target=\"_blank\" rel=\"noopener noreferrer\">CLUSTALW2<\/a><\/li>\n<li><a href=\"http:\/\/atgc.lirmm.fr\/phyml\/\">PhyML<\/a><\/li>\n<li><a href=\"http:\/\/etetoolkit.org\/treeview\/\">Phylogenetic tree (newick) viewer<\/a><\/li>\n<\/ul>\n<div>\n<hr \/>\n<h2>Ejercicio<\/h2>\n<p>A partir de tres conjuntos de prote\u00ednas hom\u00f3logas en primates, determinaremos cu\u00e1l de ellas es mejor estimador de la filogenia entre estas especies. Las prote\u00ednas a estudiar ser\u00e1n la <a href=\"http:\/\/bioinfo2.ugr.es\/SecuenciasDatasets\/Exercises.Sequences\/COL22A1_phylo.fa\">cadena alfa del col\u00e1geno tipo XXIII<\/a>, <a href=\"http:\/\/bioinfo2.ugr.es\/SecuenciasDatasets\/Exercises.Sequences\/ATP6_phylo.fa\">ATP sintetasa 6<\/a>,\u00a0la <a href=\"http:\/\/bioinfo2.ugr.es\/SecuenciasDatasets\/Exercises.Sequences\/Myo_phylo.fa\">myoglobina<\/a> y el <a href=\"http:\/\/bioinfo2.ugr.es\/SecuenciasDatasets\/Exercises.Sequences\/CytoC_phylo.fa\">citocromo c<\/a>.<\/p>\n<ol>\n<li>Descarga los 4 ficheros con los multifasta<\/li>\n<li>Utilizaremos <a href=\"https:\/\/www.ebi.ac.uk\/Tools\/msa\/tcoffee\/\">T-Coffee<\/a> para inferir los alineamientos m\u00faltiples. Recuerde seleccionar la opci\u00f3n de alineamiento de prote\u00ednas y el uso de matrices BLOSUM. La salida la obtendremos en formato ClustalW. Inspeccione los resultados obtenidos, n\u00famero de sustituciones en cada prote\u00edna estudiada, \u00e1rbol filogen\u00e9tico proporcionado por T-Coffee y descargue los alineamientos en ficheros. \u00bfExisten diferencias en el n\u00famero de sustituciones entre prote\u00ednas? \u00bfPor qu\u00e9?<\/li>\n<li>Utilizando los alineamiento en formato ClustalW y mediante la herramienta <a href=\"http:\/\/www.ebi.ac.uk\/Tools\/phylogeny\/clustalw2_phylogeny\/\">CLUSTALW2<\/a> inferiremos los \u00e1rboles filogen\u00e9ticos utilizando el m\u00e9todo de Neighbor-joining. Recuerde activar la correcci\u00f3n de distancias y la exclusi\u00f3n de huecos del alineamiento. Observe los \u00e1rboles filogen\u00e9ticos, \u00bfson diferentes a los obtenidos mediante T-Coffee? Revise sus alineamiento y determine a qu\u00e9 se puede deber.<\/li>\n<li>Para inferir \u00e1rboles basados en el m\u00e9todo de m\u00e1xima verosimilitud deberemos alinear de nuevo nuestras secuencias con <a href=\"https:\/\/www.ebi.ac.uk\/Tools\/msa\/tcoffee\/\">T-Coffee<\/a>, pero esta vez seleccionando la salida PHYLIP. Guarde la salidas en diferentes ficheros.<\/li>\n<li>Las salidas PHYLIP se utilizar\u00e1n para inferir los \u00e1rboles con la herramienta <a href=\"http:\/\/atgc.lirmm.fr\/phyml\/\">PhyML<\/a>.<\/li>\n<li>A\u00f1ada una secuencia &#8220;outgroup&#8221; a las secuencias de primates y repita el ejercicio. Para obtener dicha secuencia puede utilizar el programa <a href=\"https:\/\/blast.ncbi.nlm.nih.gov\/Blast.cgi?PAGE=Proteins\">blastp<\/a> para buscar secuencias similares de otras especies mediante la pesta\u00f1a taxonomy en los resultados o directamente buscar la prote\u00edna para el &#8220;outgroup&#8221; de elecci\u00f3n en el <a href=\"https:\/\/www.ncbi.nlm.nih.gov\/protein\/\">buscador del NCBI<\/a>.<\/li>\n<\/ol>\n<\/div>\n<div>\n<ul>\n<li>\u00bfCu\u00e1l de las prote\u00ednas seleccionadas arroja un resultado m\u00e1s robusto? \u00bfPor qu\u00e9?<\/li>\n<li>\u00bfY en cuanto al m\u00e9todo? \u00bfPueden observarse diferencias?<\/li>\n<li>\u00bfPuedes dar una explicaci\u00f3n a los resultados observados?<\/li>\n<li>\u00bfC\u00f3mo cambian los resultados al a\u00f1adir una secuencia &#8220;outgroup&#8221;?<\/li>\n<\/ul>\n<\/div>\n<\/div>\n<\/div>\n","protected":false},"excerpt":{"rendered":"<p>Los alineamientos m\u00faltiples tambi\u00e9n pueden utilizarse para inferir relaciones evolutivas entre diferentes secuencias. 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